t/AlignIO/arp.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: arp.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests           => 48,
  10                -requires_module => 'Data::Stag');
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::arp');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # ARP format
  20 $str  = Bio::AlignIO ->new(
  21     '-file'     => test_input_file("testaln.arp"),
  22     -verbose => 1,
  23     '-format'   => 'arp');
  24 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  25 $aln = $str->next_aln();
  26 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  27 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '01/1-399','ARP get_nse()');
  28 is($aln->get_seq_by_pos(1)->length, '407');
  29 is($aln->num_sequences, 60,'ARP num_sequences()');
  30 is($aln->id, 'Mandenka', 'ARP id()');
  31 is($aln->description, 'mtDNA sequences in the Senegalese Mandenka (hypervariable region 1)', 'ARP description()');
  32 my $coll = $aln->annotation;
  33 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  34 my ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  35 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  36 my %nodes = $ann->pairs;
  37 is(keys %nodes, 60);
  38 is($nodes{'03'}, 10);
  39 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value,'DNA');
  40 is(($coll->get_Annotations('MissingData'))[0]->value,'?');
  41
  42 $str  = Bio::AlignIO->new(
  43     '-file'     => test_input_file("testaln2.arp"),
  44     '-format'   => 'arp');
  45 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  46 $aln = $str->next_aln();
  47 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  48 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '000/1-29','ARP get_nse()');
  49 is($aln->num_sequences, 3,'ARP num_sequences()');
  50 is($aln->id, 'Population 1', 'ARP id()');
  51 is($aln->description, 'An example of DNA sequence data', 'ARP description()');
  52 $coll = $aln->annotation;
  53 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  54 ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  55 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  56 %nodes = $ann->pairs;
  57 is(keys %nodes, 3);
  58 is($nodes{'001'}, 1);
  59 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value, 'DNA');
  60 is(($coll->get_Annotations('SampleSize'))[0]->value, 6);
  61
  62 $aln = $str->next_aln();
  63 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  64 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, '001/1-29','ARP get_nse()');
  65 is($aln->num_sequences, 8,'ARP num_sequences()');
  66 is($aln->id, 'Population 2', 'ARP id()');
  67 is($aln->description, 'An example of DNA sequence data', 'ARP description()');
  68 $coll = $aln->annotation;
  69 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  70 ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  71 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  72 %nodes = $ann->pairs;
  73 is(keys %nodes, 8);
  74 is($nodes{'001'}, 1);
  75 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value, 'DNA');
  76 is(($coll->get_Annotations('SampleSize'))[0]->value, 8);
  77
  78 $aln = $str->next_aln();
  79 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  80 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, '024/1-29','ARP get_nse()');
  81 is($aln->num_sequences, 6,'ARP num_sequences()');
  82 is($aln->id, 'Population 3', 'ARP id()');
  83 is($aln->description, 'An example of DNA sequence data', 'ARP description()');
  84 $coll = $aln->annotation;
  85 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  86 ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  87 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  88 %nodes = $ann->pairs;
  89 is(keys %nodes, 6);
  90 is($nodes{'024'}, 1);
  91 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value, 'DNA');
  92 is(($coll->get_Annotations('SampleSize'))[0]->value, 6);