t/AlignIO/bl2seq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: bl2seq.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 7);
  10
  11     use_ok('Bio::AlignIO::bl2seq');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # BL2SEQ
  19 $str = Bio::AlignIO->new(-file        => test_input_file("bl2seq.out"),
  20                          -format      => 'bl2seq',
  21                          -report_type => 'blastp');
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'ALEU_HORVU/60-360', "BLAST bl2seq format test";
  25
  26 # Bug 2978, test report_type guessing for TBLASTN and correct Frame assignment to HitFrame
  27 $str = Bio::AlignIO->new(-file   => test_input_file("bl2seq.tblastn.out"),
  28                          -format => 'bl2seq');
  29 $aln = $str->next_aln();
  30 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  31 foreach my $seq ( $aln->each_seq_with_id('WAN03UHTX_1') ) {
  32     is $seq->start(),  946;
  33     is $seq->end(),    990;
  34     is $seq->strand(),  -1;
  35 }