t/AlignIO/largemultifasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: largemultifasta.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
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   4 use strict;
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   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 7);
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  11         use_ok('Bio::AlignIO::largemultifasta');
  12 }
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  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
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  18 # LARGEMULTIFASTA
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20    '-file' => test_input_file('little.largemultifasta'),
  21                          '-format' => 'largemultifasta');
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Human:/1-81', "fasta input test ";
  25 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description,
  26     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
  27     "fasta input test for description");
  28 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->display_id, 'Rat:',
  29     "fasta input test for id");
  30
  31 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->description,
  32     '72.0:1018606-3386002; 73.0:0-14850845; 74.0:0-83355922; SPECIAL_hsApr2003_3.0:0-414023;',
  33     "fasta input test for description");
  34
  35 $strout = Bio::AlignIO->new(
  36    '-file' => ">".test_output_file(),
  37                             '-format' => 'largemultifasta');
  38 $status = $strout->write_aln($aln);
  39 is $status, 1,"fasta output test";
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