t/AlignIO/maf.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: maf.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 11);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::maf');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # MAF
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20           '-file' => test_input_file("humor.maf"));
  21 $aln = $str->next_aln();
  22 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  23 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'NM_006987/5000-1', "maf input test";
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, -1;
  25
  26 # MAF - bug 2453
  27 $str = Bio::AlignIO->new(
  28           '-file' => test_input_file("bug2453.maf"));
  29 $aln = $str->next_aln();
  30 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  31 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'hg16.chr7/27578829-27578866', "maf input test";
  32 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, 1;
  33 $aln = $str->next_aln();
  34 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'hg16.chr7/27699740-27699745', "maf input test";
  35 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, 1;
  36 $aln = $str->next_aln();
  37 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'hg16.chr7/27707222-27707234', "maf input test";
  38 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, 1;
  39