t/AlignIO/meme.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7
   8     test_begin(-tests => 20);
   9
  10         use_ok('Bio::AlignIO::meme');
  11 }
  12
  13 my $DEBUG = test_debug();
  14
  15 # MEME
  16 # this file has no Strand column, and it's version 3.0
  17 my $str = Bio::AlignIO->new(
  18                 -file => test_input_file('test-3.0-1.meme'),
  19                 -format => 'meme');
  20 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  21 my $aln = $str->next_aln();
  22 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,25;
  23 is $aln->num_sequences,4;
  24 is $aln->get_seq_by_pos(3)->seq(),"CCTTAAAATAAAATCCCCACCACCA";
  25 is $aln->get_seq_by_pos(3)->strand,"1";
  26
  27 # this file has a Strand column, also version 3.0
  28 $str = Bio::AlignIO->new(
  29                 -file => test_input_file('test-3.0-2.meme'),
  30                 -format => 'meme');
  31 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  32 $aln = $str->next_aln();
  33 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,20;
  34 is $aln->num_sequences,8;
  35 is $aln->get_seq_by_pos(8)->seq(),"CCAGTCTCCCCTGAATACCC";
  36 is $aln->get_seq_by_pos(7)->strand,"-1";
  37 is $aln->get_seq_by_pos(6)->strand,"1";
  38
  39 # version 4.9
  40 $str = Bio::AlignIO->new(
  41                 -file => test_input_file('test-4.9.meme'),
  42                 -format => 'meme');
  43 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  44 $aln = $str->next_aln();
  45 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');is $aln->length,21;
  46 is $aln->num_sequences,47;
  47 is $aln->get_seq_by_pos(3)->seq(),"AGAGAAACAAGAGGCCTCTTT";
  48 is $aln->get_seq_by_pos(3)->strand,"1";