t/AlignIO/msf.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: msf.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 4);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::msf');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
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  18 # MSF
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20     '-file' => test_input_file("testaln.msf"));
  21 $aln = $str->next_aln();
  22 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  23 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246', "msf input test";
  24
  25 $strout = Bio::AlignIO->new(
  26    '-file' => ">".test_output_file(),
  27                             '-format' => 'msf');
  28 $status = $strout->write_aln($aln);
  29 is $status, 1, "msf output test";
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