t/Annotation/AnnotationAdaptor.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 23);
  10
  11         use_ok('Bio::SeqFeature::Generic');
  12         use_ok('Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor');
  13         use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  14         use_ok('Bio::Annotation::Comment');
  15         use_ok('Bio::Annotation::SimpleValue');
  16 }
  17
  18
  19 my $feat = Bio::SeqFeature::Generic->new();
  20 $feat->add_tag_value("tag1", "value of tag1");
  21 $feat->add_tag_value("tag1", "another value of tag1");
  22 $feat->add_tag_value("tag2", "some value for a tag");
  23
  24 my $link1 = Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'TSC',
  25                                         -primary_id => 'TSC0000030',
  26                                         -tagname => "tag2"
  27                                        );
  28 $feat->annotation->add_Annotation($link1);
  29
  30 my $anncoll = Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor->new(-feature => $feat);
  31
  32 is($anncoll->get_num_of_annotations(), 4);
  33 is(scalar($anncoll->get_all_annotation_keys()), 2);
  34
  35 my @anns = $anncoll->get_Annotations("tag1");
  36 my @vals = $feat->get_tag_values("tag1");
  37
  38 is (scalar(@anns), scalar(@vals));
  39 for(my $i = 0; $i < @anns; $i++) {
  40   is ($anns[$i]->value(), $vals[$i]);
  41 }
  42
  43 @anns = $anncoll->get_Annotations("tag2");
  44 my @fanns = $feat->annotation->get_Annotations("tag2");
  45 @vals = $feat->get_tag_values("tag2");
  46
  47 is (scalar(@fanns), 1);
  48 is (scalar(@anns), 2);
  49 is (scalar(@vals), 1);
  50 is ($anns[0]->value(), $vals[0]);
  51
  52 is ($anns[1]->primary_id(), $fanns[0]->primary_id());
  53
  54 my $comment = Bio::Annotation::Comment->new( '-text' => 'sometext');
  55 $anncoll->add_Annotation('comment', $comment);
  56
  57 @fanns = $feat->annotation->get_Annotations("comment");
  58 is (scalar(@fanns), 1);
  59 is ($fanns[0]->text(), "sometext");
  60
  61 my $tagval = Bio::Annotation::SimpleValue->new(-value => "boring value",
  62                                                -tagname => "tag2");
  63 $anncoll->add_Annotation($tagval);
  64
  65 @anns = $anncoll->get_Annotations("tag2");
  66 @fanns = $feat->annotation->get_Annotations("tag2");
  67 @vals = $feat->get_tag_values("tag2");
  68
  69 is (scalar(@fanns), 1);
  70 is (scalar(@anns), 3);
  71 is (scalar(@vals), 2);
  72 is ($anns[0]->value(), $vals[0]);
  73 is ($anns[1]->value(), $vals[1]);
  74 is ($anns[2]->primary_id(), $fanns[0]->primary_id());