t/LocalDB/Qual.t

   1 BEGIN {
   2     use Bio::Root::Test;
   3
   4     test_begin( -tests => 56,
   5                 -requires_module => 'Bio::DB::Qual');
   6
   7     use_ok('Bio::Root::IO');
   8     use_ok('File::Copy');
   9 }
  10
  11 my $DEBUG = test_debug();
  12
  13 {
  14
  15 my $test_dbdir = setup_temp_dir('dbqual');
  16
  17 # now use this temporary dir for the db file
  18 ok my $db = Bio::DB::Qual->new($test_dbdir, -reindex => 1);
  19 is $db->glob, '*.{qual,QUAL,qa,QA}';
  20 isa_ok $db, 'Bio::DB::Qual';
  21 ok my @ids = $db->ids;
  22 is scalar(@ids), 15;
  23 @ids = sort {$a <=> $b} @ids;
  24 is $ids[0] , '17601976';
  25 is $ids[14], '17601991';
  26 my $seqid = '17601979';
  27
  28 # direct indexed qual file database access
  29 is ref($db->qual($seqid)), 'ARRAY';
  30 is_deeply $db->qual($seqid), [23, 32, 24, 27, 26, 27, 27, 27, 28, 23, 28, 31, 23, 27];
  31 is $db->length($seqid), 14;
  32 is $db->length($seqid, -1000, 1000), 14; # length() ignores start and stop
  33 is $db->header($seqid), '17601979';
  34 is_deeply $db->qual($seqid, 2, 11), [32, 24, 27, 26, 27, 27, 27, 28, 23, 28];
  35 is_deeply $db->qual($seqid, 2, 11, 1), [32, 24, 27, 26, 27, 27, 27, 28, 23, 28];
  36 is_deeply $db->qual($seqid, 11, 2), [28, 23, 28, 27, 27, 27, 26, 27, 24, 32];
  37 is_deeply $db->qual($seqid, 2, 11, -1), [28, 23, 28, 27, 27, 27, 26, 27, 24, 32];
  38 is_deeply $db->qual($seqid, 11, 2, -1), [32, 24, 27, 26, 27, 27, 27, 28, 23, 28];
  39
  40 # the bioperl  way
  41 is $db->get_Qual_by_id('foobarbaz'), undef;
  42 ok my $obj = $db->get_Qual_by_id($seqid);
  43 isa_ok $obj, 'Bio::Seq::PrimaryQual::Qual';
  44 isa_ok $obj, 'Bio::Seq::QualI';
  45 is ref($obj->qual($seqid)), 'ARRAY';
  46 is $obj->length, 14;
  47 is $obj->id, '17601979';
  48 is $obj->display_id, '17601979';
  49 is $obj->accession_number, 'unknown';
  50 like $obj->primary_id, qr/^Bio::Seq::PrimaryQual::Qual=HASH/;
  51 is $obj->validate_qual( join(' ', @{$obj->qual($seqid)}) ), 1;
  52 is $obj->translate, 0;
  53 is $obj->qualat(12), 31;
  54 is_deeply $obj->subqual(2, 11), [32, 24, 27, 26, 27, 27, 27, 28, 23, 28];
  55 is $obj->header, undef;
  56 is $obj->desc, undef;
  57 ok my $truncobj = $obj->trunc(1,3);
  58 isa_ok $truncobj, 'Bio::Seq::PrimaryQual::Qual';
  59 isa_ok $obj, 'Bio::Seq::QualI';
  60 is ref($truncobj->qual($seqid)), 'ARRAY';
  61 is $truncobj->length, 3;
  62 ok my $revobj = $obj->revcom;
  63 isa_ok $revobj, 'Bio::Seq::PrimaryQual::Qual';
  64 isa_ok $revobj, 'Bio::Seq::PrimaryQual';
  65 is ref($revobj->qual), 'ARRAY';
  66 is $revobj->length, 14;
  67 undef $obj;
  68 undef $truncobj;
  69 undef $revobj;
  70
  71 # using get_PrimarySeq_stream streaming
  72 ok my $stream = $db->get_PrimaryQual_stream;
  73 ok $stream = $db->get_PrimarySeq_stream;
  74 isa_ok $stream, 'Bio::DB::Indexed::Stream';
  75 ok my $streamqual = $stream->next_seq;
  76 isa_ok $streamqual, 'Bio::Seq::PrimaryQual';
  77
  78 # using newFh streaming
  79 ok my $fh = Bio::DB::Qual->newFh($test_dbdir);
  80 my $fhqual = <$fh>;
  81 isa_ok $fhqual, 'Bio::Seq::PrimaryQual';
  82 undef $fh;
  83
  84 # tied-hash access
  85 my (%h,$dna1,$dna2);
  86 ok tie(%h,'Bio::DB::Qual',$test_dbdir);
  87 ok $h{$seqid};
  88 ok $dna1 = $h{"$seqid:1,10"};
  89 ok $dna2 = $h{"$seqid:10,1"};
  90
  91 }
  92
  93
  94
  95 sub setup_temp_dir {
  96     # this obfuscation is to deal with lockfiles by GDBM_File which can
  97     # only be created on local filesystems apparently so will cause test
  98     # to block and then fail when the testdir is on an NFS mounted system
  99
 100     my $data_dir = shift;
 101
 102     my $io = Bio::Root::IO->new();
 103     my $tempdir = test_output_dir();
 104     my $test_dbdir = $io->catfile($tempdir, $data_dir);
 105     mkdir($test_dbdir); # make the directory
 106     my $indir = test_input_file($data_dir);
 107     opendir(my $INDIR,$indir) || die("cannot open dir $indir");
 108     # effectively do a cp -r but only copy the files that are in there, no subdirs
 109     for my $file ( map { $io->catfile($indir,$_) } readdir($INDIR) ) {
 110         next unless (-f $file );
 111         copy($file, $test_dbdir);
 112     }
 113     closedir($INDIR);
 114     return $test_dbdir
 115 }