t/Matrix/Matrix.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 77);
  10
  11         use_ok('Bio::Matrix::Generic');
  12         use_ok('Bio::Matrix::IO');
  13 }
  14
  15 my $raw = [ [ 0, 10, 20],
  16             [ 2, 17,  4],
  17             [ 3,  4,  5] ];
  18
  19 my $matrix = Bio::Matrix::Generic->new(-values => $raw,
  20                                       -matrix_id  => 'fakeid00',
  21                                       -matrix_name=> 'matname',
  22                                       -rownames   => [qw(A B C)],
  23                                       -colnames   => [qw(D E F)] );
  24
  25 is($matrix->matrix_name, 'matname');
  26 is($matrix->matrix_id,   'fakeid00');
  27 is($matrix->entry('A','F'), $raw->[0]->[2]);
  28 my @colE = $matrix->get_column('E');
  29 is($colE[0], $raw->[0]->[1]);
  30 is($colE[1], $raw->[1]->[1]);
  31 is($colE[2], $raw->[2]->[1]);
  32
  33 my @rowC = $matrix->get_row('C');
  34 is($rowC[0], $raw->[2]->[0]);
  35 is($rowC[1], $raw->[2]->[1]);
  36 is($rowC[2], $raw->[2]->[2]);
  37
  38 is($matrix->row_num_for_name('A'),0);
  39 is($matrix->column_num_for_name('D'),0);
  40
  41 is($matrix->row_header(1),'B');
  42 is($matrix->column_header(0),'D');
  43
  44 is($matrix->add_row(1, 'b', [qw(21 13 14)]),4);
  45 is($matrix->add_column(2, 'f', [qw(71 81 14 3)]),4);
  46
  47 is($matrix->add_row(4, 'c', [qw(22 11 17)]),5);
  48 is($matrix->remove_row(4),4);
  49
  50 is($matrix->add_column(4, 'g', [qw(11 10 100 71)]),5);
  51 is($matrix->remove_column(4),4);
  52
  53 is($matrix->row_num_for_name('B'),2);
  54 is($matrix->row_num_for_name('b'),1);
  55
  56 is($matrix->column_num_for_name('D'),0);
  57 is($matrix->column_num_for_name('F'),3);
  58 is($matrix->column_num_for_name('f'),2);
  59
  60 is($matrix->row_header(2),'B');
  61
  62 is($matrix->column_header(3),'F');
  63
  64 is($matrix->get_entry('b', 'f'), 81);
  65
  66
  67 # read in a scoring matrix
  68
  69 my $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'scoring',
  70                               -file   => test_input_file('BLOSUM50'));
  71 my $blosum_matrix = $io->next_matrix;
  72 isa_ok($blosum_matrix,'Bio::Matrix::Scoring');
  73 is($blosum_matrix->entropy, 0.4808);
  74 is($blosum_matrix->expected_score, -0.3573);
  75 is($blosum_matrix->scale, '1/3');
  76 is($blosum_matrix->get_entry('*','A'), -5);
  77 is($blosum_matrix->get_entry('V','Y'), -1);
  78 is($blosum_matrix->get_entry('Y','V'), -1);
  79 is($blosum_matrix->get_entry('L','I'), 2);
  80 my @diag = $blosum_matrix->get_diagonal;
  81 is($diag[2],7);
  82 my @row = $blosum_matrix->get_row('D');
  83 is($row[5], $blosum_matrix->get_entry('D','Q'));
  84 is($blosum_matrix->num_rows,24);
  85 is($blosum_matrix->num_columns,24);
  86
  87 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'scoring',
  88                            -file   => test_input_file('PAM250'));
  89 my $pam_matrix = $io->next_matrix;
  90 isa_ok($pam_matrix, 'Bio::Matrix::Scoring');
  91 is($pam_matrix->entropy, 0.354);
  92 is($pam_matrix->expected_score, -0.844);
  93 is($pam_matrix->scale, 'ln(2)/3');
  94 is($pam_matrix->num_rows,24);
  95 is($pam_matrix->get_entry('G','*'), -8);
  96 is($pam_matrix->get_entry('V','Y'), -2);
  97 is($pam_matrix->get_entry('Y','V'), -2);
  98 is($pam_matrix->get_entry('L','I'), 2);
  99 @diag = $pam_matrix->get_diagonal;
 100 is($diag[2],2);
 101 @row = $pam_matrix->get_row('D');
 102 is($row[5], $pam_matrix->get_entry('D','Q'));
 103
 104 # test Phylip parsing
 105
 106 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format  => 'phylip',
 107                           -program => 'phylipdist',
 108                           -file    => test_input_file('phylipdist.out'));
 109
 110 my $phy = $io->next_matrix;
 111 is $phy->program, 'phylipdist';
 112 is $phy->get_entry('Alpha','Beta'), '4.23419';
 113 is $phy->get_entry('Gamma','Alpha'),'3.63330';
 114
 115 my @column =  $phy->get_column('Alpha');
 116 is $column[0], '0.00000';
 117 is $column[1], '4.23419';
 118 is $column[2], '3.63330';
 119 is $column[3], '6.20865';
 120 is $column[4], '3.45431';
 121
 122 @row    = $phy->get_row('Gamma');
 123 is $row[0], '3.63330';
 124 is $row[1], '3.49289';
 125 is $row[2], '0.00000';
 126 is $row[3], '3.68733';
 127 is $row[4], '5.84929';
 128
 129 @diag   = $phy->get_diagonal;
 130
 131 is $diag[0], '0.00000';
 132 is $diag[1], '0.00000';
 133 is $diag[2], '0.00000';
 134 is $diag[3], '0.00000';
 135 is $diag[4], '0.00000';
 136
 137
 138 # test mlagan parsing
 139
 140 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'mlagan',
 141                                                   -file   => test_input_file('nucmatrix.txt'));
 142
 143 my $mlag = $io->next_matrix;
 144 is $mlag->get_entry('A', 'C'), -150;
 145 is $mlag->get_entry('.', 'A'), 0;
 146 is $mlag->gap_open, -300;
 147 is $mlag->gap_continue, -25;
 148
 149 # test output round-trip
 150 $mlag->entry('A', 'C', -149);
 151 $mlag->gap_open(-150);
 152 $mlag->gap_continue(-5);
 153
 154 my $out = test_output_file();
 155 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'mlagan',
 156                                                   -file   => ">$out");
 157 $io->write_matrix($mlag);
 158
 159 $io = Bio::Matrix::IO->new(-format => 'mlagan',
 160                                                   -file   => $out);
 161 $mlag = $io->next_matrix;
 162 is $mlag->get_entry('A', 'C'), -149;
 163 is $mlag->gap_open, -150;
 164 is $mlag->gap_continue, -5;