t/Matrix/SiteMatrix.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8   use Bio::Root::Test;
   9
  10   test_begin(-tests => 14);
  11
  12   use_ok('Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix');
  13 }
  14
  15 my $score;
  16 my $A='a0501';
  17 my $C='014a0';
  18 my $G='01103';
  19 my $T='08006';
  20 my $eval=0.0001;
  21 my %param=(pA=>$A,pC=>$C,pG=>$G,pT=>$T,e_val=>$eval, correction =>0);
  22 ok my $matrix=Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix->new(%param);
  23
  24 #Simple methods here
  25 is $matrix->IUPAC,'ABVCD';
  26
  27 is $matrix->consensus,'ATACT';
  28
  29 is $matrix->width,5;
  30
  31 is $matrix->curpos,0;
  32
  33 is $matrix->get_string('A'),$A;
  34
  35 my %x= (base=>'A',pA=>1,pC=>0,pG=>0,pT=>0,prob=>10,rel=>0,
  36         lA=>undef,lC=>undef,lG=>undef,lT=>undef);
  37 my %pos = $matrix->next_pos;
  38 my ($all) = 1;
  39 while(my ($k,$v) = each %x ) {
  40     my $r =$pos{$k};
  41     if( ! defined $v && ! defined $r) {
  42     } elsif($pos{$k} ne $v ) {
  43         $all = 0;
  44         last;
  45     }
  46 }
  47 ok($all);
  48
  49 is $matrix->curpos,1;
  50
  51 ok $matrix->e_val(0.0001);
  52
  53 is $matrix->e_val,0.0001;
  54
  55 #Now some PSM specific methods like regexp and matrix info
  56 is $matrix->regexp,'[Aa][CcGgTtBb][AaCcGgVv][Cc][AaGgTtDd]';
  57
  58 my @x=(1,0,0.5,0,0.1);
  59 is_deeply [$matrix->get_array('A')], \@x;
  60
  61 @x=qw([Aa] [CcGgTtBb] [AaCcGgVv] [Cc] [AaGgTtDd]);
  62 is_deeply [$matrix->regexp_array], \@x;