t/Ontology/GOterm.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 62,
  11                -requires_module => 'Graph::Directed');
  12
  13     use_ok('Bio::Ontology::GOterm');
  14     use_ok('Bio::Ontology::Ontology');
  15         use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  16 }
  17
  18 my $obj = Bio::Ontology::GOterm->new();
  19
  20 # note that all *dblink* methods are now deprecated...
  21
  22 isa_ok( $obj,"Bio::Ontology::GOterm");
  23
  24 $obj->init();
  25
  26 like( $obj->to_string(), qr'-- GO id:' );
  27
  28 is( $obj->GO_id( "GO:0003947" ), "GO:0003947" );
  29 is( $obj->GO_id(), "GO:0003947" );
  30
  31
  32 is( $obj->get_dbxrefs(), 0 );
  33
  34 my @dblinks = (Bio::Annotation::DBLink->new(-primary_id => 'dAA'),
  35                                  Bio::Annotation::DBLink->new(-primary_id => 'dAB'));
  36
  37 $obj->add_dbxref( -dbxrefs => \@dblinks );
  38 is( scalar($obj->get_dbxrefs()), 2 );
  39 my @df1 = $obj->get_dbxrefs();
  40 is( $df1[ 0 ]->display_text, "dAA" );
  41 is( $df1[ 1 ]->display_text, "dAB" );
  42 is( $obj->get_dbxrefs(), 2 );
  43
  44 my @df2 = $obj->remove_dbxrefs();
  45 is( $df2[ 0 ]->display_text, "dAA" );
  46 is( $df2[ 1 ]->display_text, "dAB" );
  47
  48 is( $obj->get_dbxrefs(), 0 );
  49 is( $obj->remove_dbxrefs(), 0 );
  50
  51
  52 is( $obj->get_secondary_GO_ids(), 0 );
  53
  54 $obj->add_secondary_GO_id( ( "GO:0000000", "GO:1234567" ) );
  55 is( scalar($obj->get_secondary_GO_ids()), 2 );
  56 my @si1 = $obj->get_secondary_GO_ids();
  57 is( $si1[ 0 ], "GO:0000000" );
  58 is( $si1[ 1 ], "GO:1234567" );
  59 is( $obj->get_secondary_GO_ids(), 2 );
  60
  61 my @si2 = $obj->remove_secondary_GO_ids();
  62 is( $si2[ 0 ], "GO:0000000" );
  63 is( $si2[ 1 ], "GO:1234567" );
  64
  65 is( $obj->get_secondary_GO_ids(), 0 );
  66 is( $obj->remove_secondary_GO_ids(), 0 );
  67
  68
  69
  70 is( $obj->identifier( "0003947" ), "0003947" );
  71 is( $obj->identifier(), "0003947" );
  72
  73 is( $obj->name( "N-acetylgalactosaminyltransferase" ), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  74 is( $obj->name(), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  75
  76 is( $obj->definition( "Catalysis of ..." ), "Catalysis of ..." );
  77 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
  78
  79 is( $obj->version( "666" ), "666" );
  80 is( $obj->version(), "666" );
  81
  82 ok( $obj->ontology( "category 1 name" ) );
  83 is( $obj->ontology()->name(), "category 1 name" );
  84
  85 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new();
  86 ok( $ont->name( "category 2 name" ) );
  87
  88 ok( $obj->ontology( $ont ) );
  89 is( $obj->ontology()->name(), "category 2 name" );
  90
  91 is( $obj->is_obsolete( 1 ), 1 );
  92 is( $obj->is_obsolete(), 1 );
  93
  94 is( $obj->comment( "Consider the term ..." ), "Consider the term ..." );
  95 is( $obj->comment(), "Consider the term ..." );
  96
  97 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
  98
  99 $obj->add_synonym( ( "AA", "AB" ) );
 100 my @al1 = $obj->get_synonyms();
 101 is( scalar(@al1), 2 );
 102 is( $al1[ 0 ], "AA" );
 103 is( $al1[ 1 ], "AB" );
 104
 105 my @al2 = $obj->remove_synonyms();
 106 is( $al2[ 0 ], "AA" );
 107 is( $al2[ 1 ], "AB" );
 108
 109 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
 110 is( $obj->remove_synonyms(), 0 );
 111
 112 $obj->add_synonym( ( "AA", "AB" ) );
 113 $obj->add_dbxref( -dbxrefs => \@dblinks );
 114 $obj->add_secondary_GO_id( ( "GO:1234567", "GO:1234567" ) );
 115
 116 $obj->init();
 117 is( $obj->identifier(), undef ); # don't make up identifiers
 118 is( $obj->name(), undef );
 119 is( $obj->definition(), undef );
 120 is( $obj->is_obsolete(), 0 );
 121 is( $obj->comment(), undef );
 122
 123
 124 $obj = Bio::Ontology::GOterm->new( -go_id       => "0016847",
 125                                    -name        => "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase",
 126                                    -definition  => "Catalysis of ...",
 127                                    -is_obsolete => 0,
 128                                    -version     => "6.6.6",
 129                                    -ontology    => "cat",
 130                                    -comment     => "X" );
 131
 132 is( $obj->identifier(), "GO:0016847" );
 133 is( $obj->name(), "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase" );
 134 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
 135 is( $obj->is_obsolete(), 0 );
 136 is( $obj->comment(), "X" );
 137 is( $obj->version(), "6.6.6" );
 138 is( $obj->ontology()->name(), "cat" );