t/Ontology/Ontology.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(
  10         -tests           => 55,
  11         -requires_module => 'Graph'
  12     );
  13
  14     use_ok('Bio::OntologyIO');
  15     use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  16 }
  17
  18 my $IS_A    = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("IS_A");
  19 my $PART_OF = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("PART_OF");
  20
  21 my $parser = Bio::OntologyIO->new(
  22     -format => "soflat",
  23     -file   => test_input_file('sofa.ontology')
  24 );
  25
  26 my $ont = $parser->next_ontology();
  27 isa_ok( $ont, 'Bio::Ontology::Ontology' );
  28 is( $ont->name, "Sequence Feature Ontology" );
  29
  30 my @roots = $ont->get_root_terms();
  31 is( scalar(@roots),          1 );
  32 is( $roots[0]->name(),       "Sequence_Feature_Ontology" );
  33 is( $roots[0]->identifier(), "SO:0000000" );
  34
  35 my @terms = $ont->get_child_terms( $roots[0] );
  36 is( scalar(@terms),    1 );
  37 is( $terms[0]->name(), "sofa" );
  38 @terms = $ont->get_child_terms( $terms[0] );
  39 is( scalar(@terms),    1 );
  40 is( $terms[0]->name(), "feature" );
  41 my $featterm = $terms[0];
  42 @terms = $ont->get_child_terms($featterm);
  43 is( scalar(@terms), 10 );
  44
  45 # oligonucleotide has two parents, see whether this is handled
  46 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  47 my ($term) = grep { $_->name() eq "oligonucleotide"; } @terms;
  48 ok $term;
  49
  50 #TODO: {
  51 #       local $TODO = '$term->identifier()';
  52 is( $term->identifier(), "SO:0000696" );
  53
  54 #}
  55
  56 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
  57 is( scalar(@terms), 7 );
  58 is( scalar( grep { $_->name() eq "remark"; } @terms ),  1 );
  59 is( scalar( grep { $_->name() eq "reagent"; } @terms ), 1 );
  60
  61 # processed_transcript has part-of and is-a children
  62 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  63 ($term) = grep { $_->name() eq "processed_transcript"; } @terms;
  64 ok $term;
  65
  66 #TODO: {
  67 #       local $TODO = '$term->identifier()';
  68 is( $term->identifier(), "SO:0000233" );
  69
  70 #}
  71
  72 @terms = $ont->get_child_terms($term);
  73 is( scalar(@terms), 4 );
  74 @terms = $ont->get_child_terms( $term, $PART_OF );
  75 is( scalar(@terms), 2 );
  76 @terms = $ont->get_child_terms( $term, $IS_A );
  77 is( scalar(@terms), 2 );
  78 @terms = $ont->get_child_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
  79 is( scalar(@terms), 4 );
  80
  81 # now all descendants:
  82 @terms = $ont->get_descendant_terms($term);
  83 is( scalar(@terms), 13 );
  84 @terms = $ont->get_descendant_terms( $term, $PART_OF );
  85 is( scalar(@terms), 2 );
  86 @terms = $ont->get_descendant_terms( $term, $IS_A );
  87 is( scalar(@terms), 5 );
  88 @terms = $ont->get_descendant_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
  89 is( scalar(@terms), 13 );
  90
  91 # TF_binding_site has 2 parents and different relationships in the two
  92 # paths up (although the relationships to its two parents are of the
  93 # same type, namely is-a)
  94 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  95 ($term) = grep { $_->name() eq "TF_binding_site"; } @terms;
  96 ok $term;
  97
  98 #TODO: {
  99 #       local $TODO = '$term->identifier()';
 100 is( $term->identifier(), "SO:0000235" );
 101
 102 #}
 103
 104 @terms = $ont->get_parent_terms($term);
 105 is( scalar(@terms), 2 );
 106 my ($pterm) = grep { $_->name eq "regulatory_region"; } @terms;
 107 ok $pterm;
 108 @terms = $ont->get_parent_terms( $term, $PART_OF );
 109 is( scalar(@terms), 0 );
 110 @terms = $ont->get_parent_terms( $term, $IS_A );
 111 is( scalar(@terms), 2 );
 112 @terms = $ont->get_parent_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
 113 is( scalar(@terms), 2 );
 114
 115 # now all ancestors:
 116 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
 117 is( scalar(@terms), 6 );
 118 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $term, $PART_OF );
 119 is( scalar(@terms), 0 );
 120 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $pterm, $PART_OF );
 121 is( scalar(@terms), 1 );
 122 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $term, $IS_A );
 123 is( scalar(@terms), 5 );
 124 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $pterm, $IS_A );
 125 is( scalar(@terms), 0 );
 126 @terms = $ont->get_ancestor_terms( $term, $PART_OF, $IS_A );
 127 is( scalar(@terms), 6 );
 128
 129 # pull out all relationships
 130 my @rels = $ont->get_relationships();
 131 my @relset = grep { $_->object_term->name eq "sofa"; } @rels;
 132 is( scalar(@relset), 1 );
 133 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "sofa"; } @rels;
 134 is( scalar(@relset), 1 );
 135 @relset = grep { $_->object_term->name eq "feature"; } @rels;
 136 is( scalar(@relset), 10 );
 137 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "feature"; } @rels;
 138 is( scalar(@relset), 1 );
 139 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000233"; } @rels;
 140 is( scalar(@relset), 4 );
 141 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A" } @relset;
 142 is( scalar(@relset), 2 );
 143
 144 # relationships for a specific term only
 145 ($term) = $ont->find_terms( -identifier => "SO:0000233" );
 146 ok($term);
 147 is( $term->identifier, "SO:0000233" );
 148 is( $term->name,       "processed_transcript" );
 149 @rels = $ont->get_relationships($term);
 150 is( scalar(@rels), 5 );
 151 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A"; } @rels;
 152 is( scalar(@relset), 3 );
 153 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000233"; } @rels;
 154 is( scalar(@relset), 4 );
 155
 156 SKIP: {
 157     test_skip(-tests    => 3, -requires_module => 'XML::Parser::PerlSAX');
 158     for my $file (qw/interpro.xml interpro_sample.xml interpro_relationship.xml/) {
 159         my $parser = Bio::OntologyIO->new(
 160             -format => "interpro",
 161             -file   => test_input_file($file),
 162         );
 163         ok( $parser->next_ontology, "Interpro XML file $file can be parsed" );
 164     }
 165 }
 166