t/RemoteDB/SeqRead_fail.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 12,
  10                -requires_modules => [qw(IO::String
  11                                         LWP::UserAgent
  12                                         HTTP::Request::Common)],
  13                -requires_networking => 1);
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 sub fetch {
  19     my ($id, $class) = @_;
  20     print "###################### $class  ####################################\n" if $verbose;
  21     my $seq;
  22     ok defined( my $gb = $class->new('-verbose'       => $verbose,
  23                                      '-delay'         => 0,
  24                                      '-retrievaltype' => 'tempfile') ), "defined for $class";
  25
  26     if ($class eq 'Bio::DB::SwissProt') {
  27         test_skip(-tests => 1, -requires_module => 'Data::Stag');
  28         next if $@;
  29     }
  30
  31     eval { $seq = $gb->get_Seq_by_id($id) };
  32     if ($@ || !defined $seq) {
  33         ok 1, "error or undef for $class";
  34         return;
  35     }
  36     ok 0, "failure for $class";
  37 }
  38
  39 my @classes = qw( Bio::DB::BioFetch Bio::DB::GenBank Bio::DB::GenPept
  40                   Bio::DB::SwissProt Bio::DB::RefSeq Bio::DB::EMBL );
  41
  42 my $id = 'XXX111';  # nonsense id
  43
  44 ## This is really stupid since many of this modules are not longer
  45 ## part of this distribution.  However, they are split over many
  46 ## distributions and we don't want to have this test code duplicated
  47 ## all over the place.  We should instead have this a Bio::Test module
  48 ## but that's work.  See bioperl-live issue #290
  49 for my $class (@classes) {
  50     SKIP: {
  51         eval "require $class";
  52         skip "failed to use $class (guessing it's not available)", 2 if $@;
  53         fetch($id, $class);
  54     }
  55 }