t/SeqFeature/Gene.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 28);
  10
  11     use_ok('Bio::SeqIO');
  12     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::Transcript');
  13     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::UTR');
  14     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::Exon');
  15     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site');
  16     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure');
  17     use_ok('Bio::Location::Fuzzy');
  18 }
  19
  20
  21 my ( $seqio, $geneseq, $gene, $transcript, $poly_A_site1, $poly_A_site2,
  22      $fiveprimeUTR, $exon);
  23
  24 # tests for Bio::SeqFeature::Gene::* objects
  25 # using information from acc: AB077698 as a guide
  26
  27 ok $seqio = Bio::SeqIO->new(
  28     -format => 'genbank',
  29     -file   => test_input_file('AB077698.gb'),
  30 );
  31
  32 ok $geneseq = $seqio->next_seq();
  33
  34 ok $gene = Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure->new(
  35     -primary => 'gene',
  36     -start   => 1,
  37     -end     => 2701,
  38     -strand  => 1,
  39 );
  40
  41 ok $transcript = Bio::SeqFeature::Gene::Transcript->new(
  42     -primary => 'CDS',
  43     -start   => 80,
  44     -end     => 1144,
  45     -tag     => {
  46         'gene' => "CHCR",
  47         'note' => "Cys3His CCG1-Required Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310) The human CHCR (Cys3His CCG1-Required) protein is highly related to EXP/MBNL (Y13829, NM_021038, AF401998) and MBLL (NM_005757,AF061261), which together comprise the human Muscleblind family",
  48        'codon_start' => 1,
  49        'protein_id'  => 'BAB85648.1',
  50     }
  51 );
  52
  53 ok $poly_A_site1 = Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site->new(
  54     -primary => 'polyA_site',
  55     -start => 2660,
  56     -end   => 2660,
  57     -tag   => {
  58         'note' => "Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310); PolyA_site#2 used by CHCR EST clone DKFZp434G2222 (AL133625)"
  59     }
  60 );
  61
  62 ok $poly_A_site2 = Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site->new(
  63     -primary => 'polyA_site',
  64     -start => 1606,
  65     -end   => 1606,
  66     -tag   => {
  67         'note' => "Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310); PolyA_site#1 used by CHCR EST clone PLACE1010202 (AK002178)",
  68     }
  69 );
  70
  71 ok $fiveprimeUTR = Bio::SeqFeature::Gene::UTR->new(-primary => "utr5prime");
  72 ok $fiveprimeUTR->location(
  73     Bio::Location::Fuzzy->new(
  74         -start => "<1",
  75         -end   => 79,
  76     )
  77 );
  78 ok my $threeprimeUTR = Bio::SeqFeature::Gene::UTR->new(
  79     -primary => "utr3prime",
  80     -start   => 1145,
  81     -end     => 2659,
  82 );
  83
  84 # Did a quick est2genome against genomic DNA (this is on Chr X) to
  85 # get the gene structure by hand since it is not in the file
  86 # --Jason
  87
  88 ok $exon = Bio::SeqFeature::Gene::Exon->new(
  89     -primary => 'exon',
  90     -start => 80,
  91     -end   => 177,
  92 );
  93 ok $geneseq->add_SeqFeature($exon);
  94
  95 ok $geneseq->add_SeqFeature($fiveprimeUTR);
  96 ok $geneseq->add_SeqFeature($threeprimeUTR);
  97 ok $geneseq->add_SeqFeature($poly_A_site1);
  98 ok $geneseq->add_SeqFeature($poly_A_site2);
  99
 100 ok $transcript->add_utr($fiveprimeUTR, 'utr5prime');
 101 ok $transcript->add_utr($threeprimeUTR, 'utr3prime');
 102
 103 ok $transcript->add_exon($exon);
 104
 105 # API only supports a single poly-A site per transcript at this point
 106 $transcript->poly_A_site($poly_A_site2);
 107 $geneseq->add_SeqFeature($transcript);
 108 $gene->add_transcript($transcript);
 109 $geneseq->add_SeqFeature($gene);
 110
 111 my ($t) = $gene->transcripts(); # get 1st transcript
 112 ok(defined $t);
 113 is($t->mrna->length, 1693, 'mRNA spliced length');
 114 is($gene->utrs, 2, 'has 2 UTRs');
 115
 116