t/SeqFeature/Generic.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 364);
  10
  11     use_ok 'Bio::Seq';
  12     use_ok 'Bio::SeqIO';
  13     use_ok 'Bio::SeqFeature::Generic';
  14 }
  15
  16
  17 my ($feat, $str, $feat2, $pair, @sft);
  18
  19 my $DEBUG = test_debug();
  20
  21 ok $feat = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  22     -start => 40,
  23     -end => 80,
  24     -strand => 1,
  25 );
  26 is $feat->primary_tag, '';
  27 is $feat->source_tag, '';
  28 is $feat->display_name, '';
  29
  30 ok $feat = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  31     -start => 40,
  32     -end => 80,
  33     -strand => 1,
  34     -primary => 'exon',
  35     -source  => 'internal',
  36     -display_name => 'my exon feature',
  37     -tag => {
  38         silly => 20,
  39         new => 1
  40     }
  41 );
  42
  43 is $feat->start, 40, 'Start of feature location';
  44 is $feat->end, 80, 'End of feature location';
  45 is $feat->primary_tag, 'exon', 'Primary tag';
  46 is $feat->source_tag, 'internal', 'Source tag';
  47 is $feat->display_name, 'my exon feature', 'Display name';
  48 is $feat->phase, undef, 'Undef phase by default';
  49 is $feat->phase(1), 1, 'Phase accessor returns';
  50 is $feat->phase, 1, 'Phase is persistent';
  51
  52 ok $feat->gff_string();
  53
  54 ok $feat2 = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  55     -start => 400,
  56     -end => 440,
  57     -strand => 1,
  58     -primary => 'other',
  59     -source  => 'program_a',
  60         -phase => 1,
  61         -tag => {
  62             silly => 20,
  63             new => 1
  64         }
  65 );
  66 is $feat2->phase, 1, 'Set phase from constructor';
  67
  68
  69 # Test attaching a SeqFeature::Generic to a Bio::Seq or SeqFeature::Generic
  70 {
  71     # Make the parent sequence object
  72     my $seq = Bio::Seq->new(
  73         -seq        => 'aaaaggggtttt',
  74         -display_id => 'test',
  75         -alphabet   => 'dna',
  76     );
  77
  78     # Make a SeqFeature
  79     ok my $sf1 = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  80         -start  => 4,
  81         -end    => 9,
  82         -strand => 1,
  83     );
  84
  85     # Add the SeqFeature to the parent
  86     ok $seq->add_SeqFeature($sf1);
  87
  88     # Test that it gives the correct sequence
  89     is $sf1->start, 4, 'Start of first seqfeature';
  90     is $sf1->end, 9, 'End of first seqfeature';
  91     is $sf1->strand, 1, 'Strand of first seqfeature';
  92     ok my $sf_seq1 = $sf1->seq;
  93     is $sf_seq1->seq, 'aggggt', 'Sequence of first seqfeature';
  94
  95     # Make a second seqfeature on the opposite strand
  96     ok my $sf2 = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  97         -start  => 4,
  98         -end    => 9,
  99         -strand => -1,
 100     );
 101
 102     # Now add the PrimarySeq to the seqfeature before adding it to the parent
 103     ok $sf2->attach_seq($seq->primary_seq);
 104     ok $seq->add_SeqFeature($sf2);
 105
 106     # Test again that we have the correct sequence
 107     is $sf2->start, 4, 'Start of second seqfeature';
 108     is $sf2->end, 9, 'End of second seqfeature';
 109     is $sf2->strand, -1, 'Strand of second seqfeature';
 110     ok my $sf_seq2 = $sf2->seq;
 111     is $sf_seq2->seq, 'acccct', 'Sequence of second seqfeature';
 112 }
 113
 114
 115 # Some tests for bug #947
 116
 117 ok my $sfeat = Bio::SeqFeature::Generic->new(-primary => 'test');
 118
 119 ok $sfeat->add_sub_SeqFeature(
 120     Bio::SeqFeature::Generic->new(
 121         -start => 2,
 122         -end   => 4,
 123         -primary => 'sub1'
 124     ),
 125     'EXPAND'
 126 );
 127
 128 ok $sfeat->add_sub_SeqFeature(
 129     Bio::SeqFeature::Generic->new(
 130         -start => 6,
 131         -end   => 8,
 132         -primary => 'sub2'
 133     ),
 134     'EXPAND'
 135 );
 136
 137 is $sfeat->start, 2, 'sfeat start for EXPAND-ED feature (bug #947)';
 138 is $sfeat->end, 8, 'sfeat end for EXPAND-ED feature (bug #947)';
 139
 140 # Some tests to see if we can set a feature to start at 0
 141 ok $sfeat = Bio::SeqFeature::Generic->new(-start => 0, -end => 0 );
 142
 143 ok defined $sfeat->start;
 144 is $sfeat->start, 0, 'Can create feature starting and ending at 0';
 145 ok defined $sfeat->end;
 146 is $sfeat->end, 0, 'Can create feature starting and ending at 0';
 147
 148
 149 # Test for bug when Locations are not created explicitly
 150
 151 ok my $feat1 = Bio::SeqFeature::Generic->new(
 152     -start => 1,
 153     -end   => 15,
 154     -strand=> 1
 155 );
 156
 157 ok $feat2 = Bio::SeqFeature::Generic->new(
 158     -start => 10,
 159     -end   => 25,
 160     -strand=> 1
 161 );
 162
 163 ok my $overlap = $feat1->location->union($feat2->location);
 164 is $overlap->start, 1;
 165 is $overlap->end,   25;
 166
 167 ok my $intersect = $feat1->location->intersection($feat2->location);
 168 is $intersect->start, 10;
 169 is $intersect->end,   15;
 170
 171
 172 # Now let's test spliced_seq
 173 ok my $seqio = Bio::SeqIO->new(
 174     -file => test_input_file('AY095303S1.gbk'),
 175     -format  => 'genbank'
 176 );
 177 isa_ok $seqio, 'Bio::SeqIO';
 178 ok my $geneseq = $seqio->next_seq;
 179 isa_ok $geneseq, 'Bio::Seq';
 180 ok my ($CDS) = grep { $_->primary_tag eq 'CDS' } $geneseq->get_SeqFeatures;
 181 my $db;
 182
 183 SKIP: {
 184     test_skip(-tests => 5,
 185               -requires_modules => [qw(Bio::DB::GenBank)],
 186               -requires_networking => 1);
 187
 188     use_ok 'Bio::DB::GenBank';
 189
 190     $db = Bio::DB::GenBank->new(-verbose=> $DEBUG);
 191     $CDS->verbose(-1);
 192     my $cdsseq = $CDS->spliced_seq(-db => $db,-nosort => 1);
 193
 194     is $cdsseq->subseq(1,76),
 195        'ATGCAGCCATACGCTTCCGTGAGCGGGCGATGTCTATCTAGACCAGATGCATTGCATGTGATACCGTTTGGGCGAC';
 196     is $cdsseq->translate->subseq(1,100),
 197        'MQPYASVSGRCLSRPDALHVIPFGRPLQAIAGRRFVRCFAKGGQPGDKKKLNVTDKLRLGNTPPTLDVLK'.
 198        'APRPTDAPSAIDDAPSTSGLGLGGGVASPR';
 199     # Test what happens without
 200     $cdsseq = $CDS->spliced_seq(-db => $db,-nosort => 1);
 201     is $cdsseq->subseq(1,76),
 202        'ATGCAGCCATACGCTTCCGTGAGCGGGCGATGTCTATCTAGACCAGATGCATTGCATGTGATACCGTTTGGGCGAC';
 203     is $cdsseq->translate->subseq(1,100),
 204        'MQPYASVSGRCLSRPDALHVIPFGRPLQAIAGRRFVRCFAKGGQPGDKKKLNVTDKLRLGNTPPTLDVLK'.
 205        'APRPTDAPSAIDDAPSTSGLGLGGGVASPR';
 206 }
 207
 208 ok $seqio = Bio::SeqIO->new(
 209     -file => test_input_file('AF032047.gbk'),
 210     -format  => 'genbank'
 211 );
 212 isa_ok $seqio, 'Bio::SeqIO';
 213 ok $geneseq = $seqio->next_seq;
 214 isa_ok $geneseq, 'Bio::Seq';
 215 ok( ($CDS) = grep { $_->primary_tag eq 'CDS' } $geneseq->get_SeqFeatures );
 216 SKIP: {
 217     test_skip(-tests => 2,
 218               -requires_modules => ['Bio::DB::GenBank', 'LWP::Protocol::https'],
 219               -requires_networking => 1);
 220
 221     my $cdsseq = $CDS->spliced_seq( -db => $db, -nosort => 1);
 222     is $cdsseq->subseq(1,70),
 223        'ATGGCTCGCTTCGTGGTGGTAGCCCTGCTCGCGCTACTCTCTCTGTCTGGCCTGGAGGCTATCCAGCATG';
 224     is $cdsseq->translate->seq,
 225        'MARFVVVALLALLSLSGLEAIQHAPKIQVYSRHPAENGKPNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGKKIEKVE'.
 226        'HSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPNEKDEYACRVSHVTFPTPKTVKWDRTM*';
 227 }
 228
 229
 230 # Trans-spliced
 231
 232 ok $seqio = Bio::SeqIO->new(
 233     -format => 'genbank',
 234     -file => test_input_file('NC_001284.gbk')
 235 );
 236 isa_ok $seqio, 'Bio::SeqIO';
 237 ok my $genome = $seqio->next_seq;
 238
 239 for my $cds (grep { $_->primary_tag eq 'CDS' } $genome->get_SeqFeatures) {
 240    ok my $spliced = $cds->spliced_seq(-nosort => 1)->translate->seq;
 241    chop $spliced; # remove stop codon
 242    is $spliced, ($cds->get_tag_values('translation'))[0], 'spliced_seq translation matches expected';
 243 }
 244
 245 # Spliced_seq phase
 246 ok my $seq = Bio::SeqIO->new(
 247     -format => 'fasta',
 248     -file   => test_input_file('sbay_c127.fas')
 249 )->next_seq;
 250
 251 ok my $sf = Bio::SeqFeature::Generic->new(
 252     -verbose => -1,
 253     -start => 263,
 254     -end => 721,
 255     -strand => 1,
 256     -primary => 'splicedgene'
 257 );
 258
 259 ok $sf->attach_seq($seq);
 260
 261 my %phase_check = (
 262     'TTCAATGACT' => 'FNDFYSMGKS',
 263     'TCAATGACTT' => 'SMTSIPWVNQ',
 264     'GTTCAATGAC' => 'VQ*LLFHG*I',
 265 );
 266
 267 for my $phase (-1..3) {
 268     ok my $sfseq = $sf->spliced_seq(-phase => $phase);
 269     ok exists $phase_check{$sfseq->subseq(1,10)};
 270     is $sfseq->translate->subseq(1,10), $phase_check{$sfseq->subseq(1,10)}, 'phase check';
 271 }
 272
 273 # Tags
 274 ok $sf->add_tag_value('note','n1');
 275 ok $sf->add_tag_value('note','n2');
 276 ok $sf->add_tag_value('comment','c1');
 277 is_deeply [sort $sf->get_all_tags()], [sort qw(note comment)] , 'Tags found';
 278 is_deeply [sort $sf->get_tagset_values('note')], [sort qw(n1 n2)] , 'get_tagset_values tag values found';
 279 is_deeply [sort $sf->get_tagset_values(qw(note comment))], [sort qw(c1 n1 n2)] , 'get_tagset_values tag values for multiple tags found';
 280 lives_ok {
 281   is_deeply [sort $sf->get_tag_values('note')], [sort qw(n1 n2)] , 'get_tag_values tag values found';
 282 } 'get_tag_values lives with tag';
 283 lives_ok {
 284   is_deeply [$sf->get_tagset_values('notag') ], [], 'get_tagset_values no tag values found';
 285 } 'get_tagset_values lives with no tag';
 286 throws_ok { $sf->get_tag_values('notag') } qr/tag value that does not exist/, 'get_tag_values throws with no tag';
 287
 288 # Circular sequence SeqFeature tests
 289 $seq = Bio::SeqIO->new(
 290     -format => 'genbank',
 291     -file   => test_input_file('PX1CG.gb')
 292 )->next_seq;
 293
 294 ok $seq->is_circular, 'Phi-X174 genome is circular';
 295
 296 # Retrieving the spliced sequence from any split location requires spliced_seq()
 297
 298 my %sf_data = (
 299     #       start
 300     'A'  => [3981, 136, 1, 1542, 'join(3981..5386,1..136)', 'ATGGTTCGTT'],
 301     'A*' => [4497, 136, 1, 1026, 'join(4497..5386,1..136)', 'ATGAAATCGC'],
 302     'B'  => [5075, 51,  1, 363,  'join(5075..5386,1..51)',  'ATGGAACAAC'],
 303 );
 304
 305 ok my @split_sfs = grep {
 306     $_->location->isa('Bio::Location::SplitLocationI')
 307     } $seq->get_SeqFeatures();
 308
 309 is @split_sfs, 3, 'Only 3 split locations';
 310
 311 for my $sf (@split_sfs) {
 312     isa_ok $sf->location, 'Bio::Location::SplitLocationI';
 313     ok my ($tag) = $sf->get_tag_values('product');
 314     my ($start, $end, $strand, $length, $ftstring, $first_ten) = @{$sf_data{$tag}};
 315
 316     is $sf->location->to_FTstring, $ftstring, 'Feature string';
 317     is $sf->spliced_seq->subseq(1,10), $first_ten, 'First ten nucleotides';
 318     is $sf->strand, $strand, 'Strand';
 319     is $sf->start, $start, 'Start';
 320     is $sf->end, $end, 'End';
 321     is $sf->length, $length, 'Expected length';
 322 }
 323
 324 # spliced_seq() on the reverse strand, bug #88 (github)
 325 $seq = Bio::SeqIO->new( -file => test_input_file('AF222649-rc.gbk') )->next_seq;
 326 # All should start with "ATG"
 327 for my $feat ( $seq->get_SeqFeatures('CDS') ) {
 328     ok $feat->spliced_seq->seq =~ /^ATG/, "Reverse strand is spliced correctly";
 329 }