t/SeqIO/asciitree.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(-tests => 2);
  12
  13         use_ok('Bio::SeqIO');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 # asciitree is a write-only format
  19 my $in = Bio::SeqIO->new(-format => 'genbank',
  20                                                 -verbose => $verbose,
  21                                                 -file => test_input_file('AE003644_Adh-genomic.gb'));
  22 my $seq = $in->next_seq;
  23
  24 my $out_file = test_output_file();
  25 my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">".$out_file,
  26                                                 -verbose => $verbose,
  27                                                 -format => 'asciitree');
  28 $out->write_seq($seq);
  29
  30 # this is a bug and is failing on some systems like IRIX (not sure why, maybe
  31 # File::Temp?)
  32
  33 if (-s $out_file) {
  34         ok(1, "File exists, has contents on ".$^O);
  35 } else {
  36         TODO: {
  37         local $TODO = "Output doesn't exists on ".$^O;
  38                 ok(-s $out_file);
  39         }
  40 }