t/Tools/Alignment/Consed.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 #####
   5 #
   6 # this script simply tests parsing ace* files
   7 # - it cares nothing about the chromat_dir,phd_dir,edit_dir types of things
   8 #
   9 #####
  10
  11 use strict;
  12
  13 BEGIN {
  14         use Bio::Root::Test;
  15
  16         test_begin(-tests => 15);
  17
  18         use_ok('Bio::Tools::Alignment::Consed');
  19 }
  20
  21 my $DEBUG = test_debug();
  22
  23 # scope some variables
  24 my($o_consed,@singlets,@singletons,@pairs,@doublets,@multiplets,$invoker);
  25
  26 # instantiate a new object
  27 my $passed_in_acefile = test_input_file('acefile.ace.1');
  28 $o_consed = Bio::Tools::Alignment::Consed->new(-acefile => $passed_in_acefile);
  29 ok defined $o_consed, 'new CSM::Consed object was created';
  30
  31 $o_consed->verbose($DEBUG);
  32
  33 isa_ok($o_consed,'Bio::Tools::Alignment::Consed');
  34
  35 isnt($o_consed->set_singlets(), 1,  'singlets can be successfully set');
  36
  37 @singlets = $o_consed->get_singlets();
  38 is (scalar(@singlets), 65, 'singlets can be retrieved');
  39
  40 isnt ($o_consed->set_doublets(), 1, 'doublets can be set');
  41
  42 ok @doublets = $o_consed->get_doublets(), 'doublets can be retreived';
  43
  44 print(scalar(@doublets)." doublets were found\n") if ($DEBUG > 0);
  45 is (scalar(@doublets), 45, 'doublets can be retrieved');
  46
  47 @pairs = $o_consed->get_pairs();
  48 is (scalar(@pairs),1, 'pairs can be retrieved');
  49
  50 @multiplets = $o_consed->get_multiplets();
  51 is (scalar(@multiplets), 4, 'multiplets can be retrieved');
  52
  53 @singletons = $o_consed->get_singletons();
  54 is (scalar(@singletons), 3, 'singletons can be retrieved');
  55 my($total_object_sequences, $total_grep_sequences);
  56 is($total_grep_sequences = $o_consed->count_sequences_with_grep(), 179, 'how many sequences there are in the acefile _and_ in the singlets file');
  57
  58 is($total_object_sequences = $o_consed->sum_lets("total_only"),179, 'statistics from the Bio::Tools::Alignment::Consed object to compare the total number of sequences accounted for there to the number of sequences found via grep');
  59 print("Match?\n") if($DEBUG > 0) ;
  60 is ($total_object_sequences, $total_grep_sequences);
  61
  62 print("These are the statistics. Look right? ".$o_consed->sum_lets()."\n") if($DEBUG > 0);
  63 is($o_consed->sum_lets(),'Singt/singn/doub/pair/mult/total : 65,3,45(90),1(2),4(19),179');
  64
  65 print("Dumping out the hash in a compact way...\n")if($DEBUG > 0)  ;
  66 $o_consed->dump_hash_compact() if($DEBUG > 0)  ;
  67
  68 # print("Dumping out the hash in an ugly way...\n");
  69 # $o_consed->dump_hash();
  70
  71 sub allele_script {
  72         my($a,$trunc,$rev);
  73         ok defined $a,
  74         isa_ok $a, 'Bio::Variation::Allele';
  75
  76         is $a->accession_number(), 'X677667';
  77         is $a->seq(), 'ACTGACTGACTG';
  78         is $a->display_id(),'new-id' ;
  79         is $a->desc, 'Sample Bio::Seq object';
  80         is $a->moltype(), 'dna';
  81
  82         ok defined($trunc = $a->trunc(1,4));
  83         is $trunc->seq(), 'ACTG', "Expecting ACTG. Got ". $trunc->seq();
  84
  85         ok defined($rev = $a->revcom());
  86         is $rev->seq(), 'CAGTCAGTCAGT';
  87
  88         $a->is_reference(1);
  89         ok $a->is_reference;
  90
  91         $a->repeat_unit('ACTG');
  92         is $a->repeat_unit, 'ACTG';
  93
  94         $a->repeat_count(3);
  95         is $a->repeat_count, 3;
  96 }