t/Tools/Match.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Match.t,v 1.15 2007/06/27 10:16:38 sendu Exp $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 38,
  10                            -requires_module => 'URI::Escape');
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Match');
  13 }
  14
  15 ok my $parser = Bio::Tools::Match->new(-file => test_input_file('match.output'));
  16
  17 my $count = 0;
  18 my @expected = ([qw(4338 4349 1.000 0.945 V$MYOD_01)],
  19                 [qw(7390 7401 1.000 0.932 V$MYOD_01)],
  20                 [qw(8503 8514 1.000 0.941 V$MYOD_01)],
  21                 [qw(8767 8778 1.000 0.937 V$MYOD_01)],
  22                 [qw(33 47 0.693 0.779 V$E47_01)]);
  23 while (my $feat = $parser->next_result) {
  24     $count++;
  25     my @exp = @{shift(@expected)};
  26
  27     isa_ok $feat, 'Bio::SeqFeature::Generic';
  28     is $feat->source_tag, 'transfac_match', 'correct source';
  29     is $feat->start, shift(@exp), 'feature start correct';
  30     is $feat->end, shift(@exp), 'feature end correct';
  31
  32     my $core_score = $feat->score;
  33     my $matrix_score = ($feat->annotation->get_Annotations('matrix_score'))[0]->value;
  34     my $matrix_id = ($feat->annotation->get_Annotations('matrix_id'))[0]->value;
  35
  36     is $core_score, shift(@exp), 'feature core score correct';
  37     is $matrix_score, shift(@exp), 'feature matrix score correct';
  38     is $matrix_id, shift(@exp), 'feature matrix id correct';
  39
  40     last if $count == 5;
  41 }
  42
  43 is $count, 5, "correct number of results managed to get tested";