t/Tools/PrositeScan.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5
   6     test_begin(-tests => 3);
   7
   8     use_ok('Bio::Tools::PrositeScan');
   9     use_ok('Bio::SeqFeature::FeaturePair');
  10 }
  11
  12 # Note: data generated by running
  13 #
  14 #   ./ps_scan.pl --pfscan ./pfscan -d prosite.dat -o fasta \
  15 #       t/data/test.fasta > t/data/ps_scan/out.PrositeScan
  16 #
  17 # followed by a manual removal of some of the output to simplify the test.
  18
  19 subtest "Predictions" => sub {
  20     my $factory = Bio::Tools::PrositeScan->new(
  21           '-file'   => test_input_file('ps_scan/out.PrositeScan'),
  22           '-format' => 'fasta'
  23     );
  24
  25     my $expected_matches = [
  26         { seq_id => 'roa1_drome', coords => [253, 256], psac => 'PS00001', subseq => 'NNSF' },
  27         { seq_id => 'roa1_drome', coords => [270, 273], psac => 'PS00001', subseq => 'NNSW' },
  28         { seq_id => 'roa2_drome', coords => [344, 349], psac => 'PS00008', subseq => 'GNNQGF' },
  29         { seq_id => 'roa2_drome', coords => [217, 355], psac => 'PS50321', subseq => re(qr/NR.{135}NN/) },
  30     ];
  31
  32     my $actual_matches = [];
  33     while( my $match = $factory->next_prediction ) {
  34         push @$actual_matches, {
  35             seq_id  =>   $match->seq_id,
  36             coords  => [ $match->start, $match->end ],
  37             psac    =>   $match->hseq_id,
  38             subseq  =>   $match->feature1->seq->seq,
  39         };
  40     }
  41
  42     cmp_deeply( $actual_matches, $expected_matches, 'Comparing parsed prediction input' );
  43 };