t/Tools/Seg.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 15);
  10
  11         use_ok('Bio::Tools::Seg');
  12 }
  13
  14 my ($infile, $parser) ;
  15
  16 $infile = test_input_file('seg.out');
  17 ok ($parser = Bio::Tools::Seg->new(-file=>$infile), 'parser defined') ;
  18
  19 my @feat;
  20 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  21         push @feat, $feat;
  22 }
  23
  24 is scalar(@feat), 3;
  25
  26 # seq 0
  27 #>LBL_0012(32-46) complexity=2.47 (12/2.20/2.50)
  28 #gdggwtfegwggppe
  29
  30 # seq 1
  31 #>LBL_0012(66-80) complexity=2.31 (12/2.20/2.50)
  32 #kfssrasakavakks
  33
  34 # seq 2
  35 #>LBL_0012(123-138) complexity=2.31 (12/2.20/2.50)
  36 #svivsqsqgvvkgvgv
  37
  38 my $raa_testdata = [
  39         [ 'LBL_0012', 32, 46, 2.47   ],
  40         [ 'LBL_0012', 66, 80, 2.31   ],
  41         [ 'LBL_0012', 123, 138, 2.31 ],
  42 ] ;
  43
  44 for (0..( scalar(@feat)-1 )) {
  45         is ( $feat[$_]->seq_id, $raa_testdata->[$_]->[0], "seq id for seq $_ identified" ) ;
  46         is ( $feat[$_]->start,  $raa_testdata->[$_]->[1], "start for seq $_ identified"  ) ;
  47         is ( $feat[$_]->end,    $raa_testdata->[$_]->[2], "end for seq $_ identified"    ) ;
  48         is ( $feat[$_]->score,  $raa_testdata->[$_]->[3], "score for seq $_ identified"  ) ;
  49 }