t/Tools/Signalp.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 11);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::Signalp');
  12 }
  13
  14 # global setting
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 # shared variables
  19
  20 my $infile;
  21 my $parser;
  22 my @feat;
  23
  24 # negative example without "YES" features
  25
  26 ok $infile = test_input_file('signalp.negative.out');
  27 ok $parser = Bio::Tools::Signalp->new(-file=>$infile, -verbose=>$verbose);
  28
  29 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  30   push @feat, $feat;
  31 }
  32 is @feat, 0;
  33 is $parser->_seqname, 'my_fasta_id';
  34 is $parser->_fact1,   'NO';
  35
  36 # positive example with "YES" features
  37
  38 ok $infile = test_input_file('signalp.positive.out');
  39 ok $parser = Bio::Tools::Signalp->new(-file=>$infile, -verbose=>$verbose);
  40
  41 #
  42 #  The current module does NOT parse stuff properly
  43 #  It is probably from version 2 but version 3 is used today
  44 #  This has to be investigated!!!! --Torsten
  45 #  FIXME / TODO? / BUG / ***
  46 #
  47
  48 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  49   push @feat, $feat;
  50 }
  51 is @feat , 1;
  52 is $parser->_seqname, 'my_fasta_id';
  53 is $parser->_fact1,   'YES';