t/Tools/Sim4.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Sim4.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7
   8     test_begin(-tests => 27);
   9
  10         use_ok('Bio::Tools::Sim4::Results');
  11 }
  12
  13 my $sim4 = Bio::Tools::Sim4::Results->new(-file=> test_input_file('sim4.rev'), -estisfirst=>0);
  14 ok ( $sim4, 'new Sim4 results instance') ;
  15
  16
  17 my $exonset = $sim4->next_exonset;
  18 my @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  19
  20 is (scalar(@exons), 10);
  21
  22 my $exon = 1;
  23 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'HSHNCPA1';
  24 like($exons[$exon]->seq_id(), qr/human/);
  25 is $exons[$exon]->strand(), -1;
  26 is $exons[$exon]->start(), 1048;
  27 is $exons[$exon]->end(), 1117;
  28 is $exons[$exon]->score, 93;
  29 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 1198;
  30
  31
  32 $sim4 = Bio::Tools::Sim4::Results->new(-file=> test_input_file('sim4.for.for'), -estisfirst=>0);
  33 ok ( $sim4, 'new Sim4 results instance') ;
  34
  35 $exonset = $sim4->next_exonset;
  36 @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  37
  38 is (scalar(@exons), 4);
  39
  40 $exon = 1;
  41 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'hs_est';
  42 is $exons[$exon]->seq_id(), 'human';
  43 is $exons[$exon]->strand(), 1;
  44 is $exons[$exon]->start(), 1377;
  45 is $exons[$exon]->end(), 1500;
  46 is $exons[$exon]->score, 99;
  47 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 479;
  48
  49 ok($sim4->next_exonset);
  50 @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  51
  52 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'hs_est';
  53 is $exons[$exon]->seq_id(), 'human';
  54 is $exons[$exon]->strand(), 1;
  55 is $exons[$exon]->est_hit->start(), 120;
  56 is $exons[$exon]->est_hit->end(), 243;
  57 is $exons[$exon]->score, 99;
  58 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 479;