t/Tools/Tmhmm.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 12);
  10
  11         use_ok('Bio::Tools::Tmhmm');
  12 }
  13
  14 my $infile = test_input_file('tmhmm.out');
  15
  16 ok my $parser = Bio::Tools::Tmhmm->new(-file=>$infile), 'new()';
  17
  18 my @feat;
  19 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  20   push @feat, $feat;
  21 }
  22
  23 is @feat, 3, 'got 3 feat';
  24
  25 is $feat[0]->seq_id,      'my_sequence_id';
  26 is $feat[0]->source_tag,  'TMHMM2.0';
  27 is $feat[0]->primary_tag, 'transmembrane';
  28
  29
  30 my $raa_test_data = [
  31   [ 54, 76],
  32   [116, 138],
  33   [151, 173],
  34 ];
  35
  36 for (0..(scalar(@feat)-1)) {
  37         is $feat[$_]->start, $raa_test_data->[$_]->[0];
  38         is $feat[$_]->end, $raa_test_data->[$_]->[1];
  39 }