t/data/KF527485.gbk

   1 LOCUS       KF527485                1444 bp    cRNA    linear   VRL 02-OCT-2013
   2 DEFINITION  Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) segment 5
   3             nucleocapsid protein (NP) gene, partial cds.
   4 ACCESSION   KF527485
   5 VERSION     KF527485.1  GI:537446968
   6 KEYWORDS    .
   7 SOURCE      Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1))
   8   ORGANISM  Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1))
   9             Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae;
  10             Influenzavirus A.
  11 REFERENCE   1  (bases 1 to 1444)
  12   AUTHORS   Le,V.L., Courtney,C.L., Steel,J. and Compans,R.W.
  13   TITLE     Closely Related Influenza Viruses Induce Contrasting Respiratory
  14             Tract Immunopathology
  15   JOURNAL   PLoS ONE 8 (9), E76708 (2013)
  16    PUBMED   24086762
  17   REMARK    Publication Status: Online-Only
  18 REFERENCE   2  (bases 1 to 1444)
  19   AUTHORS   Le,V.L., Courtney,C.L., Steel,J. and Compans,R.W.
  20   TITLE     Direct Submission
  21   JOURNAL   Submitted (07-AUG-2013) Microbiology and Immunology, Emory
  22             University, 1518 Clifton Rd Suite 5000, Atlanta, GA 30322, USA
  23 COMMENT     ##Assembly-Data-START##
  24             Assembly Method       :: Lasergene v. 10
  25             Sequencing Technology :: ABI37XL; Sanger dideoxy sequencing
  26             ##Assembly-Data-END##
  27 FEATURES             Location/Qualifiers
  28      source          1..1444
  29                      /organism="Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1))"
  30                      /mol_type="viral cRNA"
  31                      /strain="A/California/07/2009"
  32                      /serotype="H1N1"
  33                      /host="Homo sapiens"
  34                      /db_xref="taxon:641809"
  35                      /segment="5"
  36                      /country="USA"
  37                      /collection_date="09-Apr-2009"
  38                      /note="passage details: MDCK 6"
  39      gene            <1..>1444
  40                      /gene="NP"
  41      CDS             <1..>1444
  42                      /gene="NP"
  43                      /codon_start=2
  44                      /product="nucleocapsid protein"
  45                      /protein_id="AGU69828.1"
  46                      /db_xref="GI:537446969"
  47                      /translation="ASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCT
  48                      ELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVGGK
  49                      WMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDP
  50                      RMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAY
  51                      ERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLP
  52                      ACVYGLAVASGHDFEREGYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHS
  53                      AAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSG
  54                      GNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESA
  55                      KPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMS"
  56 ORIGIN
  57         1 ggcgtctcaa ggcaccaaac gatcatatga acaaatggag actggtgggg agcgccagga
  58        61 tgccacagaa atcagagcat ctgtcggaag aatgattggt ggaatcggga gattctacat
  59       121 ccaaatgtgc actgaactca aactcagtga ttatgatgga cgactaatcc agaatagcat
  60       181 aacaatagag aggatggtgc tttctgcttt tgatgagaga agaaataaat acctagaaga
  61       241 gcatcccagt gctgggaagg accctaagaa aacaggagga cccatatata gaagagtagg
  62       301 cggaaagtgg atgagagaac tcatccttta tgacaaagaa gaaataagga gagtttggcg
  63       361 ccaagcaaac aatggcgaag atgcaacagc aggtcttact catatcatga tttggcattc
  64       421 caacctgaat gatgccacat atcagagaac aagagcgctt gttcgcaccg gaatggatcc
  65       481 cagaatgtgc tctctaatgc aaggttcaac acttcccaga aggtctggtg ccgcaggtgc
  66       541 tgcggtgaaa ggagttggaa caatagcaat ggagttaatc agaatgatca aacgtggaat
  67       601 caatgaccga aatttctgga ggggtgaaaa tggacgaagg acaagggttg cttatgaaag
  68       661 aatgtgcaat atcctcaaag gaaaatttca aacagctgcc cagagggcaa tgatggatca
  69       721 agtaagagaa agtcgaaacc caggaaacgc tgagattgaa gacctcattt tcctggcacg
  70       781 gtcagcactc attctgaggg gatcagttgc acataaatcc tgcctgcctg cttgtgtgta
  71       841 tgggcttgca gtagcaagtg ggcatgactt tgaaagggaa gggtactcac tggtcgggat
  72       901 agacccattc aaattactcc aaaacagcca agtggtcagc ctgatgagac caaatgaaaa
  73       961 cccagctcac aagagtcaat tggtgtggat ggcatgccac tctgctgcat ttgaagattt
  74      1021 aagagtatca agtttcataa gaggaaagaa agtgattcca agaggaaagc tttccacaag
  75      1081 aggggtccag attgcttcaa atgagaatgt ggaaaccatg gactccaata ccctggaact
  76      1141 gagaagcaga tactgggcca taaggaccag gagtggagga aataccaatc aacaaaaggc
  77      1201 atccgcaggc cagatcagtg tgcagcctac attctcagtg cagcggaatc tcccttttga
  78      1261 aagagcaacc gttatggcag cattcagcgg gaacaatgaa ggacggacat ccgacatgcg
  79      1321 aacagaagtt ataagaatga tggaaagtgc aaagccagaa gatttgtcct tccaggggcg
  80      1381 gggagtcttc gagctctcgg acgaaaaggc aacgaacccg atcgtgcctt cctttgacat
  81      1441 gagt
  82 //