t/data/bl2seq.tblastn.out

   1 Query=
   2          (15 letters)
   3
   4 >WAN03UHTX_1 pSMED2_VHP_GVHS-001 Homo sapiens
   5           Length = 2367
   6
   7  Score = 42.4 bits (98), Expect = 4e-09
   8  Identities = 15/15 (100%), Positives = 15/15 (100%)
   9  Frame = -1
  10
  11 Query: 1   EPKSCDKTHTCPPCP 15
  12            EPKSCDKTHTCPPCP
  13 Sbjct: 990 EPKSCDKTHTCPPCP 946
  14
  15
  16
  17  Score = 19.6 bits (39), Expect = 0.026
  18  Identities = 5/9 (55%), Positives = 6/9 (66%)
  19  Frame = -1
  20
  21 Query: 7   KTHTCPPCP 15
  22            + H C PCP
  23 Sbjct: 390 ENHRCTPCP 364
  24
  25
  26
  27  Score = 16.9 bits (32), Expect = 0.17
  28  Identities = 5/10 (50%), Positives = 6/10 (60%)
  29  Frame = +2
  30
  31 Query: 5   CDKTHTCPPC 14
  32            C +  TC PC
  33 Sbjct: 542 CWRPCTCTPC 571
  34
  35
  36
  37  Score = 16.5 bits (31), Expect = 0.22
  38  Identities = 6/12 (50%), Positives = 6/12 (50%)
  39  Frame = +3
  40
  41 Query: 2    PKSCDKTHTCPP 13
  42             P SC  T  C P
  43 Sbjct: 2154 PDSCSCT*ECTP 2189
  44
  45
  46
  47  Score = 15.8 bits (29), Expect = 0.37
  48  Identities = 5/12 (41%), Positives = 5/12 (41%)
  49  Frame = +1
  50
  51 Query: 4   SCDKTHTCPPCP 15
  52            SC     C P P
  53 Sbjct: 250 SCSPAAHCSPTP 285
  54
  55
  56 Lambda     K      H
  57    0.316    0.138    0.541
  58
  59 Gapped
  60 Lambda     K      H
  61    0.267   0.0410    0.140
  62
  63
  64 Matrix: BLOSUM62
  65 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
  66 Number of Hits to DB: 303
  67 Number of Sequences: 0
  68 Number of extensions: 5
  69 Number of successful extensions: 5
  70 Number of sequences better than 10.0: 2
  71 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 4
  72 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
  73 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
  74 Number of HSP's gapped (non-prelim): 5
  75 length of query: 15
  76 length of database: 789
  77 effective HSP length: 0
  78 effective length of query: 24
  79 effective length of database: 789
  80 effective search space:    18936
  81 effective search space used:    18936
  82 frameshift window, decay const: 50,  0.1
  83 T: 13
  84 A: 40
  85 X1: 16 ( 7.3 bits)
  86 X2: 38 (14.6 bits)
  87 X3: 64 (24.7 bits)
  88 S1: 17 (10.6 bits)
  89 S2: 17 (11.2 bits)
  90