t/data/spidey.test1

   1 --SPIDEY version 1.40--
   2 Genomic: lcl|chr2 No definition line found, 145732769 bp
   3 mRNA: lcl|tmpseq_0 No definition line found, 1110 bp
   4 Strand: minus
   5 Number of exons: 6
   6 Exon 1(-): 36375691-36375798 (gen)  1-108 (mRNA)  id 97.2% mismatches 3 gaps 0  splice site (d  a): 1  0
   7 Exon 2(-): 36369345-36369492 (gen)  109-256 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 0  1
   8 Exon 3(-): 36367232-36367437 (gen)  257-462 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
   9 Exon 4(-): 36364083-36364229 (gen)  463-609 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
  10 Exon 5(-): 36358231-36358489 (gen)  610-868 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
  11 Exon 6(-): 36356457-36356698 (gen)  869-1110 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 0  1
  12 Number of splice sites: 4
  13 mRNA coverage: 100%
  14 overall percent identity: 99.7%
  15 Missing mRNA ends: neither
  16
  17 Genomic: lcl|chr2 No definition line found
  18 mRNA: lcl|tmpseq_0 No definition line found
  19 Exon 1: 36375798-36375691 (gen)  1-108 (mRNA)
  20
  21
  22 CCTCTTTTTCTTTGCAGGGTATATACCCAGTTACTTAGACAAGGATGAGCTATGTGTAGT
  23            |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  24           ATGTCAGGGTATATACCCAGTTACTTAGACAAGGATGAGCTATGTGTAGT
  25            M  S  G  Y  I  P  S  Y  L  D  K  D  E  L  C  V  V
  26
  27
  28 ATGTGGGGACAAAGCCACCGGATATCATTATCGCTGCATCACTTGTGAAGGTTGCAAGGT
  29 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30 ATGTGGGGACAAAGCCACCGGATATCATTATCGCTGCATCACTTGTGAAGGTTGCAAG
  31   C  G  D  K  A  T  G  Y  H  Y  R  C  I  T  C  E  G  C  K
  32
  33
  34 AAATGGCA
  35
  36 Exon 2: 36369492-36369345 (gen)  109-256 (mRNA)
  37
  38
  39 TTGCACTTAGGGATTTTTCAGAAGAACCATTCAGAAAAACCTCCATCCAACCTATTCCTG
  40           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  41           GGATTTTTCAGAAGAACCATTCAGAAAAACCTCCATCCAACCTATTCCTG
  42            G  F  F  R  R  T  I  Q  K  N  L  H  P  T  Y  S  C
  43
  44
  45 TAAATATGAAGGAAAATGTGTGATAGACAAAGTAACAAGAAATCAGTGCCAGGAATGTCG
  46 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  47 TAAATATGAAGGAAAATGTGTGATAGACAAAGTAACAAGAAATCAGTGCCAGGAATGTCG
  48   K  Y  E  G  K  C  V  I  D  K  V  T  R  N  Q  C  Q  E  C  R
  49
  50
  51 CTTCAAAAAATGTATCTTTGTTGGCATGGCAACAGATTGTGAGTATAT
  52 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  53 CTTCAAAAAATGTATCTTTGTTGGCATGGCAACAGATT
  54   F  K  K  C  I  F  V  G  M  A  T  D
  55
  56
  57 Exon 3: 36367437-36367232 (gen)  257-462 (mRNA)
  58
  59
  60 TCCCTGCTAGTGGTGTTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCAAAGAGGAAGCTGATAGAAGAA
  61           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  62           TGGTGTTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCAAAGAGGAAGCTGATAGAAGAA
  63           L  V  L  D  D  S  K  R  L  A  K  R  K  L  I  E  E
  64
  65
  66 AATCGAGAGAAGAGGCGTCGGGAAGAGCTGCAGAAAACGATTGGTCACAAACCAGAACCA
  67 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68 AATCGAGAGAAGAGGCGTCGGGAAGAGCTGCAGAAAACGATTGGTCACAAACCAGAACCA
  69  N  R  E  K  R  R  R  E  E  L  Q  K  T  I  G  H  K  P  E  P
  70
  71
  72 ACAGATGAGGAATGGGAGCTGATCAAAATTGTCACTGAAGCACATGTGGCCACCAATGCA
  73 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74 ACAGATGAGGAATGGGAGCTGATCAAAATTGTCACTGAAGCACATGTGGCCACCAATGCA
  75  T  D  E  E  W  E  L  I  K  I  V  T  E  A  H  V  A  T  N  A
  76
  77
  78 CAAGGAAGCCACTGGAAGCAGAAAAGGAAATTTCTGGTAGGGACTA
  79 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80 CAAGGAAGCCACTGGAAGCAGAAAAGGAAATTTCTG
  81  Q  G  S  H  W  K  Q  K  R  K  F  L
  82
  83
  84 Exon 4: 36364229-36364083 (gen)  463-609 (mRNA)
  85
  86
  87 ATATCCTTAGCCAGAAGACATTGGGCAAGCACCAATAGTTAATGCCCCAGAAGGGGGGAA
  88           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  89           CCAGAAGACATTGGGCAAGCACCAATAGTTAATGCCCCAGAAGGGGGGAA
  90            P  E  D  I  G  Q  A  P  I  V  N  A  P  E  G  G  K
  91
  92
  93 AGTGGATTTAGAAGCCTTCAGCCAGTTTACAAAAATTATCACACCAGCGATTACAAGAGT
  94 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  95 AGTGGATTTAGAAGCCTTCAGCCAGTTTACAAAAATTATCACACCAGCGATTACAAGAGT
  96   V  D  L  E  A  F  S  Q  F  T  K  I  I  T  P  A  I  T  R  V
  97
  98
  99 GGTGGATTTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAGGTAAGACAAA
 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101 GGTGGATTTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAG
 102   V  D  F  A  K  K  L  P  M  F  C  E
 103
 104
 105 Exon 5: 36358489-36358231 (gen)  610-868 (mRNA)
 106
 107
 108 ATTTCTGCAGCTGCCATGTGAAGACCAGATCATCCTTCTGAAAGGCTGCTGTATGGAGAT
 109           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110           CTGCCATGTGAAGACCAGATCATCCTTCTGAAAGGCTGCTGTATGGAGAT
 111            L  P  C  E  D  Q  I  I  L  L  K  G  C  C  M  E  I
 112
 113
 114 AATGTCCCTCCGAGCAGCAGTTCGCTATGACCCCGAGAGTGAGACTTTAACGCTAAATGG
 115 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116 AATGTCCCTCCGAGCAGCAGTTCGCTATGACCCCGAGAGTGAGACTTTAACGCTAAATGG
 117   M  S  L  R  A  A  V  R  Y  D  P  E  S  E  T  L  T  L  N  G
 118
 119
 120 GGAGATGGCGGTGACAAGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGCGTAGTTTCTGATGC
 121 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122 GGAGATGGCGGTGACAAGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGCGTAGTTTCTGATGC
 123   E  M  A  V  T  R  G  Q  L  K  N  G  G  L  G  V  V  S  D  A
 124
 125
 126 CATTTTTGACCTGGGCATGTCTCTTTCTTCATTTAACCTGGATGACACCGAGGTTGCCCT
 127 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128 CATTTTTGACCTGGGCATGTCTCTTTCTTCATTTAACCTGGATGACACCGAGGTTGCCCT
 129   I  F  D  L  G  M  S  L  S  S  F  N  L  D  D  T  E  V  A  L
 130
 131
 132 TCTCCAGGCTGTCCTGCTCATGTCATCAGGTGAGAACAG
 133 |||||||||||||||||||||||||||||
 134 TCTCCAGGCTGTCCTGCTCATGTCATCAG
 135   L  Q  A  V  L  L  M  S  S
 136
 137
 138 Exon 6: 36356698-36356457 (gen)  869-1110 (mRNA)
 139
 140
 141 GTATCTGCAGATCGCCCAGGCCTTGTTTGCGTCGAGAGAATAGAAAAGTGTCAAGAGGGT
 142           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143           ATCGCCCAGGCCTTGTTTGCGTCGAGAGAATAGAAAAGTGTCAAGAGGGT
 144           D  R  P  G  L  V  C  V  E  R  I  E  K  C  Q  E  G
 145
 146
 147 TTCCTCCTGGCATTTGAACACTACATTAATTACAGAAAACACCATGTTGCACATTTTTGG
 148 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149 TTCCTCCTGGCATTTGAACACTACATTAATTACAGAAAACACCATGTTGCACATTTTTGG
 150  F  L  L  A  F  E  H  Y  I  N  Y  R  K  H  H  V  A  H  F  W
 151
 152
 153 CCAAAACTGCTGATGAAAGTGACAGATCTGCGAATGATTGGAGCCTGCCATGCCAGCCGC
 154 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155 CCAAAACTGCTGATGAAAGTGACAGATCTGCGAATGATTGGAGCCTGCCATGCCAGCCGC
 156  P  K  L  L  M  K  V  T  D  L  R  M  I  G  A  C  H  A  S  R
 157
 158
 159 TTCCTGCACATGAAGGTGGAGTGCCCCACAGAACTCTTCCCTCCATTGTTCCTGGAGGTG
 160 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161 TTCCTGCACATGAAGGTGGAGTGCCCCACAGAACTCTTCCCTCCATTGTTCCTGGAGGTG
 162  F  L  H  M  K  V  E  C  P  T  E  L  F  P  P  L  F  L  E  V
 163
 164
 165 TTTGAGGATTAGAGAGACTGGA
 166 ||||||||||||
 167 TTTGAGGATTAG
 168  F  E  D  *
 169
 170