t/Map/Linkage.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 18);
  11
  12         use_ok('Bio::Map::LinkagePosition');
  13         use_ok('Bio::Map::Microsatellite');
  14         use_ok('Bio::Map::LinkageMap');
  15 }
  16
  17 #require_ok('dumpvar.pl');
  18
  19 my $verbose = test_debug();
  20 ok my $map = Bio::Map::LinkageMap->new('-verbose' => $verbose,
  21                                    '-name'    => 'Leviathon',
  22                                    '-type'    => 'Genetic',
  23                                    '-units'   => 'cM',
  24                                    '-species' => "Brassica");
  25 is ref($map), 'Bio::Map::LinkageMap';
  26 is $map->name, 'Leviathon';
  27 is $map->type, 'Genetic';
  28 is $map->units, 'cM';
  29 is $map->species, 'Brassica';
  30 is $map->unique_id, '1';
  31
  32 ok my $position = Bio::Map::LinkagePosition->new('-order' => 2,
  33                                                 '-map' =>  $map,
  34                                                 '-value' => 22.3
  35                                                 );
  36
  37 is $position->order, 2;
  38 ok my $map2 = $position->map;
  39 is $position->value, 22.3;
  40
  41 ok my $o_usat = Bio::Map::Microsatellite->new('-name'     => "Chad marker",
  42                                              '-position' => $position);
  43
  44 is $o_usat->name, 'Chad marker';
  45 is $o_usat->position, $position ;
  46 ok $map->add_element($o_usat);
  47
  48 #use Data::Dumper; print Dumper($map);
  49 #----------------------------
  50 #ok my $position2 = Bio::Map::LinkagePosition->new(-order => qw(3 4 5),
  51 #                                                );
  52 # print("position2 looks like this:\n");
  53 # dumpValue($position2);
  54 #is(($position2->each_position_value('fakemap'))[0], 0);
  55 #is $position2->order, 3;
  56
  57 #-------------
  58 #is($position->order, 2);
  59 #is(($position->each_position_value($map))[0], 22.3);
  60         # what should be printed if this was ok?
  61         # ok(1);
  62
  63 #ok my $o_usat = Bio::Map::Microsatellite->new('-name'     => "Chad marker",
  64 #                                             '-position' => $position);
  65 #
  66 #is $o_usat->name, 'Chad marker';
  67 #is $o_usat->position, $position ;
  68 #ok $map->add_element($o_usat);
  69 # what should be printed if this is ok?
  70 #dumpValue($map);
  71
  72 # add more tests
  73 # see also t/microsatellite.t and t/linkageposition.t