t/Map/MicrosatelliteMarker.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 8);
  11
  12         use_ok('Bio::Map::SimpleMap');
  13         use_ok('Bio::Map::Position');
  14         use_ok('Bio::Map::Microsatellite');
  15 }
  16
  17 my $map = Bio::Map::SimpleMap->new(-units => 'MB',
  18                                   -type  => 'oo-121');
  19 my $position = Bio::Map::Position->new(-map => $map,
  20                                       -value => 20
  21                                       );
  22
  23 my $o_usat = Bio::Map::Microsatellite->new
  24     (-name=>'Chad Super Marker 2',
  25      -sequence => 'gctgactgatcatatatatatatatatatatatatatatatcgcgatcgtgatttt',
  26      -motif => 'at',
  27      -repeats => 15,
  28      -repeat_start_position => 12,
  29      -position => $position,
  30      );
  31
  32 is($o_usat->get_leading_flank(), "gctgactgatc");
  33 is($o_usat->get_trailing_flank(), "cgcgatcgtgatttt");
  34 is($o_usat->motif(), 'at');
  35 is($o_usat->repeats(), 15);
  36 is($o_usat->repeat_start_position, 12);