t/Ontology/OntologyStore.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 6,
  11                            -requires_module => 'Graph',
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok('Bio::Ontology::OntologyStore');
  15 }
  16
  17 ok my $store = Bio::Ontology::OntologyStore->get_instance;
  18 SKIP: {
  19         my $ontology;
  20         eval {$ontology = $store->get_ontology(-name => 'Sequence Ontology');};
  21         skip "Couldn't get sequence ontology, network problems? Skipping these tests", 4 if $@;
  22         ok(scalar($ontology->get_root_terms()) == 1);
  23         my($txt) = $ontology->find_terms(-name => 'transcript');
  24         is $txt->identifier, 'SO:0000673';
  25         is $txt->name, 'transcript';
  26         is $txt->definition, 'An RNA synthesized on a DNA or RNA template by an RNA polymerase.';
  27 }