t/SeqTools/ECnumber.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 27);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::ECnumber');
  13 }
  14
  15
  16
  17 my $EC1 = Bio::Tools::ECnumber->new( -ec_string => " EC  01. 02.03.00022  ",
  18                                      -comment   => "is 1.2.3.22" );
  19
  20
  21 my $EC2 = Bio::Tools::ECnumber->new( -ec_string => "ec:1.2.3.-",
  22                                      -comment   => "is 1.2.3.-" );
  23
  24
  25 my $EC3 = $EC1->copy();
  26
  27 isa_ok( $EC1,"Bio::Tools::ECnumber" );
  28
  29 isa_ok( $EC3,"Bio::Tools::ECnumber");
  30
  31 is( $EC1->EC_string(), "1.2.3.22" );
  32
  33 is( $EC1->EC_string(), "1.2.3.22" );
  34
  35 is( $EC1->to_string(), "1.2.3.22" );
  36
  37 is( $EC1->comment(),   "is 1.2.3.22" );
  38
  39 is( $EC1->enzyme_class(), "1" );
  40
  41 is( $EC1->sub_class(), "2" );
  42
  43 is( $EC1->sub_sub_class(), "3" );
  44
  45 is( $EC1->serial_number(), "22" );
  46
  47 ok( $EC3->is_equal( $EC1 ) );
  48
  49 ok( $EC3->is_equal( "1.2.3.22" ) );
  50
  51 ok( ! $EC3->is_equal( "1.2.3.-" ) );
  52
  53 ok( ! $EC3->is_equal( "1.2.3.23" ) );
  54
  55 ok( $EC1->is_member( $EC2 ) );
  56
  57 ok( $EC1->is_member( "1.2.3.-" ) );
  58
  59 $EC1->init();
  60
  61 ok( $EC2->is_member( $EC1 ) );
  62
  63 is( $EC1->to_string(), "-.-.-.-" );
  64
  65 $EC1->enzyme_class( 44 );
  66
  67 $EC1->sub_class( "033" );
  68
  69 $EC1->sub_sub_class( 22 );
  70
  71 $EC1->serial_number( "-" );
  72
  73 is( $EC1->to_string(), "44.33.22.-" );
  74
  75 ok( ! $EC1->is_member( "44.33.23.-" ) );
  76
  77 ok( ! $EC1->is_member( "44.33.22.1" ) );
  78
  79 ok( $EC1->is_member( "-.-.-.-" ) );
  80
  81 ok( $EC1->is_member( "44.-.-.-" ) );
  82
  83 ok( $EC1->is_member( "44.33.-.-" ) );
  84
  85 ok( $EC1->is_member( "EC 44.33.22.-" ) );
  86
  87 ok( ! $EC1->is_member( "45.33.22.-" ) );