t/SeqTools/GuessSeqFormat.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 105);
  11
  12     use_ok 'Bio::Tools::GuessSeqFormat';
  13     use_ok 'Bio::SeqIO';
  14     use_ok 'Bio::AlignIO';
  15 }
  16
  17
  18 ok my $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new;
  19 isa_ok $guesser, 'Bio::Tools::GuessSeqFormat';
  20
  21
  22 #
  23 # Test guesser interfaces
  24 #
  25
  26 # 1/ File guess
  27 ok $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  28     -file => test_input_file('test.fasta'),
  29 ), 'File input';
  30 is $guesser->guess, 'fasta';
  31
  32 # 2/ String guess
  33 my $string = ">test1 no comment
  34 agtgctagctagctagctagct
  35 >test2 no comment
  36 gtagttatgc
  37 ";
  38 ok $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  39     -text => $string,
  40 ), 'String input';
  41 is $guesser->guess, 'fasta';
  42
  43 # 3/ Filehandle guess
  44 SKIP: {
  45     test_skip(-tests => 2, -requires_modules => [qw(IO::String)]);
  46     require IO::String;
  47     my $fh = IO::String->new($string);
  48     ok $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  49         -fh => $fh,
  50     ), 'Filehandle input';
  51     is $guesser->guess, 'fasta';
  52 }
  53
  54
  55 #
  56 # Test behavior with unknown format
  57 #
  58
  59 is $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  60     -file => test_input_file('test.waba'), # Bio::SearchIO::waba
  61 )->guess, undef, 'Unknown file format';
  62
  63 throws_ok {
  64     Bio::SeqIO->new( -file=>test_input_file('test.waba') );
  65 } qr/Could not guess format/;
  66
  67
  68 #
  69 # Test SeqIO formats
  70 #
  71
  72 my @fmts = qw{ace embl fasta fastq game gcg genbank pir raw swiss tab};
  73
  74 for my $fmt (@fmts) {
  75     SKIP: {
  76         test_skip(
  77             -tests => 4,
  78             -requires_modules => [qw(XML::Writer XML::Parser::PerlSAX)]
  79         ) if $fmt eq 'game';
  80         test_skip(
  81             -tests => 4,
  82             -requires_module  => 'Data::Stag'
  83         ) if $fmt eq 'swiss';
  84
  85         my $guess = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  86             -file => test_input_file("test.$fmt"),
  87         )->guess;
  88         is $guess, $fmt, "$fmt format";
  89
  90         ok my $input = Bio::SeqIO->new( -file=>test_input_file("test.$fmt") );
  91         ok my $seq = $input->next_seq();
  92         isa_ok $seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  93     }
  94 }
  95
  96
  97 #
  98 # Test AlignIO formats
  99 #
 100
 101 @fmts = qw{clustalw fasta fastq mase mega msf nexus pfam phylip prodom selex stockholm};
 102 my %skip_module = map {$_=>1} qw{ fastq };
 103
 104 for my $fmt (@fmts) {
 105     my $guess = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
 106         -file => test_input_file("testaln.$fmt")
 107     )->guess;
 108     is $guess, $fmt, "$fmt format";
 109     next if $skip_module{$fmt};
 110
 111     ok my $input = Bio::AlignIO->new( -file=>test_input_file("testaln.$fmt") );
 112     ok my $seq = $input->next_aln();
 113     isa_ok $seq, 'Bio::Align::AlignI';
 114 }
 115
 116
 117 #
 118 # Other formats
 119 #
 120
 121 my %fmts = (
 122    blast    => test_input_file('blastp2215.blast'),
 123    gcgblast => test_input_file('test.gcgblast'),
 124    vcf      => test_input_file('example.vcf'),
 125 );
 126
 127 while (my ($fmt, $file) = each %fmts) {
 128     my $guess = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
 129         -file => $file,
 130     )->guess;
 131     is $guess, $fmt, "$fmt format";
 132 }