t/SeqTools/SeqPattern.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 28);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::SeqPattern');
  13 }
  14
  15 my ( $pattern,$pattern_obj,$pattern_obj2, $pattern_obj3);
  16
  17 $pattern     = '(CCCCT)N{1,200}(agyyg)N{1,80}(ag)';
  18 ok $pattern_obj = Bio::Tools::SeqPattern->new(-SEQ =>$pattern, -TYPE =>'dna');
  19 isa_ok $pattern_obj, 'Bio::Tools::SeqPattern';
  20
  21 $pattern_obj2  = $pattern_obj->revcom();
  22 is $pattern_obj2->str, '(CT)N(CRRCT){1,80}N(AGGGG){1,200}';
  23
  24 $pattern_obj3 = $pattern_obj->revcom(1);
  25 is $pattern_obj3->str, '(CT).{1,80}(C[GA][GA]CT).(AGGGG){1,200}';
  26
  27 $pattern     = '(CCCCT)N{1,200}(agyyg)N{1,80}(bb)'; # test protein object expand
  28 ok $pattern_obj = Bio::Tools::SeqPattern->new(-SEQ =>$pattern, -TYPE =>'protein');
  29 isa_ok $pattern_obj, 'Bio::Tools::SeqPattern';
  30
  31 is $pattern_obj2->expand, '(CT).(C[AG][AG]CT){1,80}.(AGGGG){1,200}';
  32
  33 # amino patterns
  34
  35 $pattern = 'ABZH';
  36 $pattern_obj2 = Bio::Tools::SeqPattern->new(-SEQ =>$pattern,
  37                                            -TYPE =>'amino');
  38 is $pattern_obj2->expand, 'A[EQ][DN]H';
  39
  40 SKIP: {
  41     test_skip(-tests => 19, -requires_module => 'List::MoreUtils');
  42     # Test reverse complement
  43     my $rev_pattern = $pattern_obj2->backtranslate;
  44     isa_ok $rev_pattern, 'Bio::Tools::SeqPattern';
  45     is $rev_pattern->str, 'GCNRAYSARCAY';
  46
  47     # Test exceptions.
  48     throws_ok { $pattern_obj2->revcom  } qr/revcom for .+ sequence types/;
  49     throws_ok { $rev_pattern->backtranslate } qr/backtranslate for .+ sequence types/;
  50
  51     # Test reverse translation more thoroughly
  52
  53     my @data;
  54     while (<DATA>) {
  55        chomp;
  56        push @data, [ split ];
  57     }
  58
  59     foreach my $line (@data) {
  60         my $pattern_obj = Bio::Tools::SeqPattern->new(
  61             -SEQ  => $line->[0],
  62             -TYPE => 'amino',
  63         );
  64
  65         isa_ok $pattern_obj, 'Bio::Tools::SeqPattern';
  66
  67         my $backtranslate = $pattern_obj->backtranslate;
  68         isa_ok $backtranslate, 'Bio::Tools::SeqPattern';
  69         is $backtranslate->str, $line->[1],
  70     }
  71 }
  72
  73 __DATA__
  74 MAEELKAVAP ATGGCNGARGARYTNAARGCNGTNGCNCCN
  75 LKGHB[WhYq]Q YTNAARGGNCAYRAYYRNCAR
  76 (LK){2,3}[^GHB][WHYQ]Q (YTNAAR){2,3}HBNYRNCAR
  77 LK[^GHB][WHYQ]Q YTNAARHBNYRNCAR
  78 (LK){2,3}[^GHB][WHYQ]QX.X (YTNAAR){2,3}HBNYRNCARNNNNNNNNN