t/Variation/SeqDiff.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 44);
  11
  12         use_ok('Bio::Variation::SeqDiff');
  13         use_ok('Bio::Variation::DNAMutation');
  14         use_ok('Bio::Variation::Allele');
  15 }
  16
  17 my ($obj, $mm, $aa, $dna, $m);
  18
  19 ok $obj = Bio::Variation::SeqDiff->new();
  20
  21 ok $obj->id('id');
  22 is $obj->id, 'id';
  23
  24 ok $obj->sysname('sysname');
  25 is $obj->sysname, 'sysname';
  26
  27 $obj->trivname('trivname');
  28 is $obj->trivname, 'trivname';
  29
  30 ok $obj->chromosome('chr');
  31 is $obj->chromosome, 'chr';
  32
  33 ok $obj->description('desc');
  34 is $obj->description, 'desc';
  35
  36 ok $obj->numbering('numbering');
  37 is $obj->numbering, 'numbering';
  38
  39 ok $obj->offset(100);
  40 is $obj->offset, 100;
  41 #                  12345678901234567890
  42 ok $obj->dna_ori ('gctgctgatcgatcgtagctagctag');
  43 is $obj->dna_ori, 'gctgctgatcgatcgtagctagctag';
  44
  45 # generate mutated DNA seq from the mutation
  46 ok $m = Bio::Variation::DNAMutation->new(-isMutation => 1, -start=>14, -end=>14);
  47 ok $a = Bio::Variation::Allele->new(-seq=>'c');
  48 $b = Bio::Variation::Allele->new(-seq=>'g');
  49 ok $m->allele_ori($a);
  50 ok $m->allele_mut($b);
  51 ok $obj->add_Variant($m);
  52 my $m2 = Bio::Variation::DNAMutation->new(-isMutation => 1, -start=>19, -end=>19);
  53 my $a2 = Bio::Variation::Allele->new(-seq=>'c');
  54 my $b2 = Bio::Variation::Allele->new(-seq=>'g');
  55 $m2->allele_ori($a2);
  56 $m2->allele_mut($b2);
  57 $obj->add_Variant($m2);
  58
  59 #ok $obj->dna_mut('gctgctgatcggtcgtagctagctag');
  60 is $obj->dna_mut, 'gctgctgatcgatggtaggtagctag';
  61
  62 ok $obj->rna_ori('gctgctgatcgatcgtagctagctag');
  63 is $obj->rna_ori, 'gctgctgatcgatcgtagctagctag';
  64
  65 $obj->rna_mut('gctgctgatcgatcgtagctagctag');
  66 is $obj->rna_mut, 'gctgctgatcgatcgtagctagctag';
  67
  68 ok $obj->aa_ori('MHYTRD');
  69 is $obj->aa_ori, 'MHYTRD';
  70
  71 ok $obj->aa_mut('MHGTRD');
  72 is $obj->aa_mut, 'MHGTRD';
  73
  74 foreach $mm ( $obj->each_Variant ) {
  75     $mm->primary_tag('a');
  76     isa_ok($mm,'Bio::Variation::VariantI');
  77 }
  78
  79
  80 ok $obj->gene_symbol('fos');
  81 is $obj->gene_symbol, 'fos';
  82
  83 ok $obj->rna_offset(10);
  84 is $obj->rna_offset, 10;
  85
  86 ok $obj->rna_id('transcript#3');
  87 is $obj->rna_id, 'transcript#3';
  88
  89 ok $dna = $obj->seqobj('dna_ori');
  90 isa_ok($dna,'Bio::PrimarySeq');
  91
  92 $obj->aa_mut('');
  93 $aa = $obj->seqobj('aa_mut');
  94 ok not defined $aa;
  95
  96 eval {
  97     $dna = $obj->seqobj('dna_ri');
  98 };
  99 ok $@;