t/data/AE003528_ecoli.bls

   1 BLASTN 2.1.2 [Oct-19-2000]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= AE003528 Drosophila melanogaster genomic scaffold
  10 142000013386050 section 40 of 54, complete sequence.
  11          (283,821 letters)
  12
  13 Database: ecoli.nt
  14            400 sequences; 4,662,239 total letters
  15
  16 Searching.................................................done
  17
  18                                                                    Score     E
  19 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
  20
  21 gb|AE000450.1|AE000450 Escherichia coli K-12 MG1655 section 340 ...    60  1e-06
  22 gb|AE000359.1|AE000359 Escherichia coli K-12 MG1655 section 249 ...    48  0.004
  23 gb|AE000281.1|AE000281 Escherichia coli K-12 MG1655 section 171 ...    40  1.1
  24 gb|AE000274.1|AE000274 Escherichia coli K-12 MG1655 section 164 ...    40  1.1
  25 gb|AE000117.1|AE000117 Escherichia coli K-12 MG1655 section 7 of...    40  1.1
  26 gb|AE000502.1|AE000502 Escherichia coli K-12 MG1655 section 392 ...    38  4.3
  27 gb|AE000454.1|AE000454 Escherichia coli K-12 MG1655 section 344 ...    38  4.3
  28 gb|AE000443.1|AE000443 Escherichia coli K-12 MG1655 section 333 ...    38  4.3
  29 gb|AE000404.1|AE000404 Escherichia coli K-12 MG1655 section 294 ...    38  4.3
  30 gb|AE000369.1|AE000369 Escherichia coli K-12 MG1655 section 259 ...    38  4.3
  31 gb|AE000287.1|AE000287 Escherichia coli K-12 MG1655 section 177 ...    38  4.3
  32 gb|AE000283.1|AE000283 Escherichia coli K-12 MG1655 section 173 ...    38  4.3
  33 gb|AE000253.1|AE000253 Escherichia coli K-12 MG1655 section 143 ...    38  4.3
  34 gb|AE000201.1|AE000201 Escherichia coli K-12 MG1655 section 91 o...    38  4.3
  35
  36 >gb|AE000450.1|AE000450 Escherichia coli K-12 MG1655 section 340 of 400 of the complete genome
  37           Length = 11414
  38
  39  Score = 60.0 bits (30), Expect = 1e-06
  40  Identities = 36/38 (94%)
  41  Strand = Plus / Minus
  42
  43
  44 Query: 79116 gacatcatcgccattctgggaatggatgaactgtctga 79153
  45              |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
  46 Sbjct: 4712  gacatcatcgccatcctgggtatggatgaactgtctga 4675
  47
  48
  49  Score = 40.1 bits (20), Expect = 1.1
  50  Identities = 23/24 (95%)
  51  Strand = Plus / Minus
  52
  53
  54 Query: 78617 tggccagatgaacgagcccccggg 78640
  55              |||||||||||||||||| |||||
  56 Sbjct: 5208  tggccagatgaacgagccgccggg 5185
  57
  58
  59 >gb|AE000359.1|AE000359 Escherichia coli K-12 MG1655 section 249 of 400 of the complete genome
  60           Length = 11001
  61
  62  Score = 48.1 bits (24), Expect = 0.004
  63  Identities = 24/24 (100%)
  64  Strand = Plus / Minus
  65
  66
  67 Query: 193000 tgttgctgctgttgcagattgctg 193023
  68               ||||||||||||||||||||||||
  69 Sbjct: 10696  tgttgctgctgttgcagattgctg 10673
  70
  71
  72 >gb|AE000281.1|AE000281 Escherichia coli K-12 MG1655 section 171 of 400 of the complete genome
  73           Length = 11855
  74
  75  Score = 40.1 bits (20), Expect = 1.1
  76  Identities = 23/24 (95%)
  77  Strand = Plus / Plus
  78
  79
  80 Query: 211974 ataaatatgtgcaccattagtaac 211997
  81               |||||||||||| |||||||||||
  82 Sbjct: 3068   ataaatatgtgcgccattagtaac 3091
  83
  84
  85 >gb|AE000274.1|AE000274 Escherichia coli K-12 MG1655 section 164 of 400 of the complete genome
  86           Length = 13793
  87
  88  Score = 40.1 bits (20), Expect = 1.1
  89  Identities = 23/24 (95%)
  90  Strand = Plus / Plus
  91
  92
  93 Query: 227803 ctggagatgctggaaatgctcact 227826
  94               |||||||||||||||||| |||||
  95 Sbjct: 3532   ctggagatgctggaaatggtcact 3555
  96
  97
  98 >gb|AE000117.1|AE000117 Escherichia coli K-12 MG1655 section 7 of 400 of the complete genome
  99           Length = 13416
 100
 101  Score = 40.1 bits (20), Expect = 1.1
 102  Identities = 20/20 (100%)
 103  Strand = Plus / Minus
 104
 105
 106 Query: 2754 gctgctgctgttgctgccac 2773
 107             ||||||||||||||||||||
 108 Sbjct: 3441 gctgctgctgttgctgccac 3422
 109
 110
 111 >gb|AE000502.1|AE000502 Escherichia coli K-12 MG1655 section 392 of 400 of the complete genome
 112           Length = 11313
 113
 114  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 115  Identities = 22/23 (95%)
 116  Strand = Plus / Plus
 117
 118
 119 Query: 171913 ttttatgtagattttacttgtta 171935
 120               |||||||| ||||||||||||||
 121 Sbjct: 428    ttttatgttgattttacttgtta 450
 122
 123
 124 >gb|AE000454.1|AE000454 Escherichia coli K-12 MG1655 section 344 of 400 of the complete genome
 125           Length = 12175
 126
 127  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 128  Identities = 19/19 (100%)
 129  Strand = Plus / Minus
 130
 131
 132 Query: 176663 agacaaatttatgagcgtt 176681
 133               |||||||||||||||||||
 134 Sbjct: 9769   agacaaatttatgagcgtt 9751
 135
 136
 137 >gb|AE000443.1|AE000443 Escherichia coli K-12 MG1655 section 333 of 400 of the complete genome
 138           Length = 11577
 139
 140  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 141  Identities = 19/19 (100%)
 142  Strand = Plus / Plus
 143
 144
 145 Query: 160348 gcatttgttgtttgcggac 160366
 146               |||||||||||||||||||
 147 Sbjct: 8826   gcatttgttgtttgcggac 8844
 148
 149
 150 >gb|AE000404.1|AE000404 Escherichia coli K-12 MG1655 section 294 of 400 of the complete genome
 151           Length = 14000
 152
 153  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 154  Identities = 19/19 (100%)
 155  Strand = Plus / Minus
 156
 157
 158 Query: 193629 ttagcgaccaccacgtcgg 193647
 159               |||||||||||||||||||
 160 Sbjct: 13496  ttagcgaccaccacgtcgg 13478
 161
 162
 163 >gb|AE000369.1|AE000369 Escherichia coli K-12 MG1655 section 259 of 400 of the complete genome
 164           Length = 9720
 165
 166  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 167  Identities = 22/23 (95%)
 168  Strand = Plus / Minus
 169
 170
 171 Query: 50797 catcaatattattgaatatttca 50819
 172              ||||| |||||||||||||||||
 173 Sbjct: 869   catcactattattgaatatttca 847
 174
 175
 176 >gb|AE000287.1|AE000287 Escherichia coli K-12 MG1655 section 177 of 400 of the complete genome
 177           Length = 10876
 178
 179  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 180  Identities = 19/19 (100%)
 181  Strand = Plus / Plus
 182
 183
 184 Query: 94068 tcaccagccagccgctgcc 94086
 185              |||||||||||||||||||
 186 Sbjct: 443   tcaccagccagccgctgcc 461
 187
 188
 189 >gb|AE000283.1|AE000283 Escherichia coli K-12 MG1655 section 173 of 400 of the complete genome
 190           Length = 10857
 191
 192  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 193  Identities = 19/19 (100%)
 194  Strand = Plus / Minus
 195
 196
 197 Query: 104663 acgttagcggcactgactc 104681
 198               |||||||||||||||||||
 199 Sbjct: 893    acgttagcggcactgactc 875
 200
 201
 202 >gb|AE000253.1|AE000253 Escherichia coli K-12 MG1655 section 143 of 400 of the complete genome
 203           Length = 10582
 204
 205  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 206  Identities = 19/19 (100%)
 207  Strand = Plus / Minus
 208
 209
 210 Query: 191578 cgttgaaaatggaaatctt 191596
 211               |||||||||||||||||||
 212 Sbjct: 2595   cgttgaaaatggaaatctt 2577
 213
 214
 215 >gb|AE000201.1|AE000201 Escherichia coli K-12 MG1655 section 91 of 400 of the complete genome
 216           Length = 11275
 217
 218  Score = 38.2 bits (19), Expect = 4.3
 219  Identities = 19/19 (100%)
 220  Strand = Plus / Plus
 221
 222
 223 Query: 249230 tggctgctgctccagttgt 249248
 224               |||||||||||||||||||
 225 Sbjct: 2297   tggctgctgctccagttgt 2315
 226
 227
 228   Database: ecoli.nt
 229     Posted date:  Jun 14, 2001  3:27 PM
 230   Number of letters in database: 4,662,239
 231   Number of sequences in database:  400
 232
 233 Lambda     K      H
 234     1.37    0.711     1.31
 235
 236 Gapped
 237 Lambda     K      H
 238     1.37    0.711     1.31
 239
 240
 241 Matrix: blastn matrix:1 -3
 242 Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
 243 Number of Hits to DB: 592338
 244 Number of Sequences: 400
 245 Number of extensions: 592338
 246 Number of successful extensions: 42599
 247 Number of sequences better than 10.0: 14
 248 length of query: 283821
 249 length of database: 4,662,239
 250 effective HSP length: 20
 251 effective length of query: 283801
 252 effective length of database: 4,654,239
 253 effective search space: 1320877682439
 254 effective search space used: 1320877682439
 255 T: 0
 256 A: 0
 257 X1: 6 (11.9 bits)
 258 X2: 10 (19.8 bits)
 259 S1: 12 (24.3 bits)
 260 S2: 19 (38.2 bits)