t/data/bug2391.megablast

   1 MEGABLAST 2.2.17 [Aug-26-2007]
   2
   3
   4 Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
   5 "A greedy algorithm for aligning DNA sequences",
   6 J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
   7
   8 Database: hsapiens
   9            21,314 sequences; 59,699,290 total letters
  10
  11 Searching..................................................done
  12
  13 Query= c6_COX;c6_QBL;6|31508172;31503325;31478402|rs36223351|1|dbSNP|C
  14 /G
  15          (101 letters)
  16
  17  ***** No hits found ******
  18
  19
  20   Database: hsapiens
  21     Posted date:  Oct 16, 2007 10:46 AM
  22   Number of letters in database: 59,699,290
  23   Number of sequences in database:  21,314
  24
  25 Lambda     K      H
  26     1.37    0.711     1.31
  27
  28 Gapped
  29 Lambda     K      H
  30     1.37    0.711     1.31
  31
  32
  33 Matrix: blastn matrix:1 -3
  34 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 0
  35 Number of Sequences: 21314
  36 Number of Hits to DB: 11,376
  37 Number of sequences better than 10.0: 0
  38 Number of HSP's gapped: 0
  39 Number of HSP's successfully gapped: 0
  40 Length of query: 101
  41 Length of database: 59,699,290
  42 Length adjustment: 16
  43 Effective length of query: 85
  44 Effective length of database: 59,358,266
  45 Effective search space: 5045452610
  46 Effective search space used: 5045452610
  47 X1: 11 (21.8 bits)
  48 X2: 20 (39.6 bits)
  49 X3: 51 (101.1 bits)
  50 S1: 12 (24.3 bits)
  51 S2: 15 (30.2 bits)