t/data/dnaEbsub_ecoli.wutblastx

   1 TBLASTX 2.0MP-WashU [12-Feb-2001] [linux-i686 01:36:08 31-Jan-2001]
   2
   3 Copyright (C) 1996-2000 Washington University, Saint Louis, Missouri USA.
   4 All Rights Reserved.
   5
   6 Reference:  Gish, W. (1996-2000) http://blast.wustl.edu
   7
   8 Notice:  statistical significance is estimated under the assumption that the
   9 equivalent of one entire reading frame of the query sequence and one entire
  10 reading frame of the database code for protein and that significant alignments
  11 will only involve coding reading frames.
  12
  13 Query=  gi|142864|gb|M10040.1|BACDNAE B.subtilis dnaE gene encoding DNA
  14     primase, complete cds
  15         (2001 letters)
  16
  17   Translating both strands of query sequence in all 6 reading frames
  18
  19 Database:  ecoli.nt
  20            400 sequences; 4,662,239 total letters.
  21 Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
  22
  23                                                                      Smallest
  24                                                                        Sum
  25                                                      Reading  High  Probability
  26 Sequences producing High-scoring Segment Pairs:        Frame Score  P(N)      N
  27
  28 gi|1789441|gb|AE000388.1|AE000388 Escherichia coli K-1... +2   318  6.4e-70   5
  29 gi|2367383|gb|AE000509.1|AE000509 Escherichia coli K-1... -3    59  0.9992    2
  30
  31
  32
  33 >gi|1789441|gb|AE000388.1|AE000388 Escherichia coli K-12 MG1655 section 278 of
  34             400 of the complete genome
  35         Length = 10,334
  36
  37   Plus Strand HSPs:
  38
  39  Score = 318 (148.6 bits), Expect = 6.4e-70, Sum P(5) = 6.4e-70
  40  Identities = 57/127 (44%), Positives = 81/127 (63%), Frame = +3 / +2
  41
  42 Query:   618 FDRFRNRVMFPIHDHHGAVVAFSGRALGSQQPKYMNSPETPLFHKSKLLYNFYKARLHIR 797
  43              +DRFR RVMFPI D  G V+ F GR LG+  PKY+NSPET +FHK + LY  Y+A+
  44 Sbjct:  5366 YDRFRERVMFPIRDKRGRVIGFGGRVLGNDTPKYLNSPETDIFHKGRQLYGLYEAQQDNA 5545
  45
  46 Query:   798 KQERAVLFEGFADVYTAVSSDVKESIATMGTSLTDDHVKILRRNVEEIILCYDSDKAGYE 977
  47              +  R ++ EG+ DV       +  ++A++GTS T DH+++L R    +I CYD D+AG +
  48 Sbjct:  5546 EPNRLLVVEGYMDVVALAQYGINYAVASLGTSTTADHIQLLFRATNNVICCYDGDRAGRD 5725
  49
  50 Query:   978 ATLKASE 998
  51              A  +A E
  52 Sbjct:  5726 AAWRALE 5746
  53
  54  Score = 247 (116.1 bits), Expect = 6.4e-70, Sum P(5) = 6.4e-70
  55  Identities = 44/98 (44%), Positives = 61/98 (62%), Frame = +3 / +2
  56
  57 Query:    21 MGNRIPDEIVDQVQKSADIVEVIGDYVQLKKQGRNYFGLCPFHGESTPSFSVSPDKQIFH 200
  58              M  RIP   ++ +    DIV++I   V+LKKQG+N+   CPFH E TPSF+V+ +KQ +H
  59 Sbjct:  4778 MAGRIPRVFINDLLARTDIVDLIDARVKLKKQGKNFHACCPFHNEKTPSFTVNGEKQFYH 4957
  60
  61 Query:   201 CFGCGAGGNVFSFLRQMEGYSFAESVSHLADKYQIDFP 314
  62              CFGCGA GN   FL   +   F E+V  LA  + ++ P
  63 Sbjct:  4958 CFGCGAHGNAIDFLMNYDKLEFVETVEELAAMHNLEVP 5071
  64
  65  Score = 85 (41.8 bits), Expect = 6.4e-70, Sum P(5) = 6.4e-70
  66  Identities = 19/59 (32%), Positives = 28/59 (47%), Frame = +3 / +2
  67
  68 Query:   441 ALDYLLSRGFTKELINEFQIGYALDSWDFITKFLVKRGFSEAQMEKAGLLIRREDGSGY 617
  69              A  YL  RG + E+I  F IG+A   WD + K       +   +  AG+L+  + G  Y
  70 Sbjct:  5192 ARQYLEKRGLSHEVIARFAIGFAPPGWDNVLKRFGGNPENRQSLIDAGMLVTNDQGRSY 5368
  71
  72  Score = 65 (32.7 bits), Expect = 6.4e-70, Sum P(5) = 6.4e-70
  73  Identities = 12/28 (42%), Positives = 18/28 (64%), Frame = +3 / +2
  74
  75 Query:  1014 GCKVRVAMIPDGLDPDDYIKKFGGEKFK 1097
  76              G ++R   +PDG DPD  ++K G E F+
  77 Sbjct:  5771 GRQLRFMFLPDGEDPDTLVRKEGKEAFE 5854
  78
  79  Score = 48 (24.9 bits), Expect = 0.89, Sum P(4) = 0.59
  80  Identities = 15/49 (30%), Positives = 21/49 (42%), Frame = +3 / +2
  81
  82 Query:   639 VMFPIHDHHGAVVAFSGRALGSQQPKYMNSPETPLFHKSKLLYNFYKAR 785
  83              V F  HD    V A   R+  +  P Y     T LFH+ K    F++ +
  84 Sbjct:  4046 VRFYAHDRGRPVQARRRRSQRAISPDYTIGWLTNLFHRRKWRCRFHRRK 4192
  85
  86  Score = 46 (24.0 bits), Expect = 1.5, Sum P(4) = 0.78
  87  Identities = 8/17 (47%), Positives = 10/17 (58%), Frame = +3 / +2
  88
  89 Query:   150 GESTPSFSVSPDKQIFH 200
  90              G  TP +  SP+  IFH
  91 Sbjct:  5447 GNDTPKYLNSPETDIFH 5497
  92
  93  Score = 42 (22.1 bits), Expect = 6.4e-70, Sum P(5) = 6.4e-70
  94  Identities = 6/16 (37%), Positives = 10/16 (62%), Frame = +1 / +2
  95
  96 Query:  1129 WRSKCNISEKERTCPM 1176
  97              W S   + +K+R CP+
  98 Sbjct:  7151 WNSTIVLKQKKRVCPI 7198
  99
 100  Score = 42 (22.1 bits), Expect = 2.0e-42, Sum P(5) = 2.0e-42
 101  Identities = 6/18 (33%), Positives = 14/18 (77%), Frame = +3 / +2
 102
 103 Query:    21 MGNRIPDEIVDQVQKSAD 74
 104              +  R+PD++VD++++  D
 105 Sbjct:   206 ISTRMPDDVVDKLKQLKD 259
 106
 107   Minus Strand HSPs:
 108
 109  Score = 102 (49.6 bits), Expect = 4.9e-08, Sum P(3) = 4.9e-08
 110  Identities = 32/83 (38%), Positives = 42/83 (50%), Frame = -3 / -3
 111
 112 Query:   319 SSGKSIWYLSAR*ETDSAKE*PSICLKKEKTLPPAPQPKQ*KICLSGDTENEGVLSP*KG 140
 113              S+G S   ++A   T S     S  ++K   LP AP PKQ   C S  T  +GV S   G
 114 Sbjct:  5076 SNGTSRLCIAASSSTVSTNSSLS*FIRKSIALPCAPHPKQW*NCFSPLTVKDGVFSLWNG 4897
 115
 116 Query:   139 QSPK*FRPCFFN*T*SPMTSTIS 71
 117              Q    F PCFF+ T + + ST+S
 118 Sbjct:  4896 QHAWKFLPCFFSFTRASIRSTMS 4828
 119
 120  Score = 71 (35.4 bits), Expect = 4.9e-08, Sum P(3) = 4.9e-08
 121  Identities = 18/35 (51%), Positives = 20/35 (57%), Frame = -3 / -3
 122
 123 Query:   724 FIYLGCWLPRALPEKATTAP**SWIGNMTRFLKRS 620
 124              F YLG  LP   P K  T P  S +GN+TR  KRS
 125 Sbjct:  5472 FRYLGVSLPSTRPPKPITRPRLSRMGNITRSRKRS 5368
 126
 127  Score = 65 (32.7 bits), Expect = 0.0034, Sum P(3) = 0.0034
 128  Identities = 18/71 (25%), Positives = 34/71 (47%), Frame = -2 / -2
 129
 130 Query:   233 ENIAARSAAKAMKNLFVGRYGKRRCAFSMKRTESKVVSALLL*LNIITYDFNDICRLLHL 54
 131              + +A R+ +KA+  LF+   G+ R    ++ T    + ALL  L+      +D+     +
 132 Sbjct:  4990 DRVAVRATSKAVVKLFLTVNGEGRGFLVVEWTTRVEILALLFQLHTGIDQIDDVSACQQI 4811
 133
 134 Query:    53 IHNFIWYPISH 21
 135              I+ + W   SH
 136 Sbjct:  4810 INEYAWDSSSH 4778
 137
 138  Score = 42 (22.1 bits), Expect = 4.9e-08, Sum P(3) = 4.9e-08
 139  Identities = 10/18 (55%), Positives = 12/18 (66%), Frame = -3 / -3
 140
 141 Query:  1093 NFSPPNFLM*SSGSNPSG 1040
 142              N S P+F    SGS+PSG
 143 Sbjct:  5850 NASLPSFRTSVSGSSPSG 5797
 144
 145
 146 >gi|2367383|gb|AE000509.1|AE000509 Escherichia coli K-12 MG1655 section 399 of
 147             400 of the complete genome
 148         Length = 10,589
 149
 150   Minus Strand HSPs:
 151
 152  Score = 59 (29.9 bits), Expect = 7.1, Sum P(2) = 1.00
 153  Identities = 15/40 (37%), Positives = 19/40 (47%), Frame = -3 / -3
 154
 155 Query:   706 WLPRALPEKATTAP**SWIGNMTRFLKRSKYPLPSSRLIR 587
 156              WL R     +T +P   WI  M   L  SK  LPS++  R
 157 Sbjct:  4227 WLSRTTVGSSTVSPRTFWITRMKVKLSSSKVTLPSTKSTR 4108
 158
 159  Score = 51 (26.3 bits), Expect = 7.1, Sum P(2) = 1.00
 160  Identities = 8/15 (53%), Positives = 10/15 (66%), Frame = -3 / -1
 161
 162 Query:   382 CASAIFCSPEDSGRA 338
 163              C S + C P+D GRA
 164 Sbjct:  1097 CTSLMLCRPQDGGRA 1053
 165
 166
 167 Parameters:
 168   novalidctxok
 169   nonnegok
 170   gapall
 171   Q=12
 172   R=1
 173   cpus=1
 174   filter=seg
 175   nogaps
 176   matrix=blosum62
 177   W=3
 178   S2=41
 179   gapS2=68
 180   X=16
 181   gapX=38
 182   hitdist=40
 183   gi
 184   gapL=0.27
 185   gapK=0.047
 186   gapH=0.23
 187
 188   ctxfactor=36.0
 189   E=10
 190
 191   Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
 192   Frame  MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
 193    +3      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.324   0.139   0.405
 194    +2      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.365   0.163   0.618
 195    +1      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.356   0.155   0.528
 196    -1      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.350   0.155   0.543
 197    -2      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.350   0.155   0.505
 198    -3      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.358   0.157   0.543
 199
 200   Query
 201   Frame  MatID  Length  Eff.Length     E    S W   T  X   E2     S2
 202    +3      0      666       666       10.  54 3  13 16  0.021   41
 203    +2      0      666       666       10.  54 3  13 16  0.021   41
 204    +1      0      667       667       10.  54 3  13 16  0.021   41
 205    -1      0      667       667       10.  54 3  13 16  0.021   41
 206    -2      0      666       666       10.  54 3  13 16  0.021   41
 207    -3      0      666       666       10.  54 3  13 16  0.021   41
 208
 209
 210 Statistics:
 211
 212   Database:  /home/jes12/db/ecoli.nt
 213    Title:  ecoli.nt
 214    Posted:  3:16:20 PM EST Nov 18, 2001
 215    Created:  10:10:31 AM EST Nov 18, 2001
 216    Format:  XDF-1
 217    # of letters in database:  4,662,239
 218    # of sequences in database:  400
 219    # of database sequences satisfying E:  2
 220   No. of states in DFA:  598 (64 KB)
 221   Total size of DFA:  416 KB (1196 KB)
 222   Time to generate neighborhood:  0.02u 0.02s 0.04t  Elapsed: 00:00:00
 223   No. of threads or processors used:  1
 224   Search cpu time:  2.41u 0.01s 2.42t  Elapsed: 00:00:05
 225   Total cpu time:  2.44u 0.03s 2.47t  Elapsed: 00:00:07
 226   Start:  Sat Apr 20 18:19:43 2002   End:  Sat Apr 20 18:19:50 2002