t/data/ecolitst.noseqs.wublastp

   1 BLASTP 2.0MP-WashU [18-Mar-2004] [linux26-ILP32F64 2004-03-13T04:13:13]
   2
   3 Copyright (C) 1996-2004 Washington University, Saint Louis, Missouri USA.
   4 All Rights Reserved.
   5
   6 Reference:  Gish, W. (1996-2004) http://blast.wustl.edu
   7
   8 Query=  gi|1786183|gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine
   9     dehydrogenase I [Escherichia coli]
  10         (820 letters)
  11
  12 Database:  ecoli.aa
  13            4289 sequences; 1,358,990 total letters.
  14 Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
  15
  16                                                                      Smallest
  17                                                                        Sum
  18                                                               High  Probability
  19 Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  P(N)      N
  20
  21 gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine deh...  4141  0.        1
  22 gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine...   907  6.6e-93   1
  23 gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensi...   483  2.8e-47   1
  24
  25
  26
  27 >gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine dehydrogenase I
  28             [Escherichia coli]
  29         Length = 820
  30
  31  Score = 4141 (1462.8 bits), Expect = 0., P = 0.
  32  Identities = 820/820 (100%), Positives = 820/820 (100%)
  33
  34 Query: 1 - 820
  35 Sbjct: 1 - 820
  36
  37
  38 >gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II
  39             [Escherichia coli]
  40         Length = 810
  41
  42  Score = 907 (324.3 bits), Expect = 6.6e-93, P = 6.6e-93
  43  Identities = 250/818 (30%), Positives = 413/818 (50%)
  44
  45 Query: 5 - 812
  46 Sbjct: 16 - 805
  47
  48
  49 >gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensitive [Escherichia
  50             coli]
  51         Length = 449
  52
  53  Score = 483 (175.1 bits), Expect = 2.8e-47, P = 2.8e-47
  54  Identities = 149/467 (31%), Positives = 233/467 (49%)
  55
  56 Query: 3 - 460
  57 Sbjct: 6 - 448
  58
  59
  60 Parameters:
  61   -i t/data/ecolitst.fa
  62   -d /data/blast/ecoli.aa
  63   noseqs
  64   E=1e-5
  65   postsw
  66
  67   ctxfactor=1.00
  68
  69   Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
  70   Frame  MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
  71    +0      0   BLOSUM62        0.319   0.135   0.384    same    same    same
  72                Q=9,R=2         0.244   0.0300  0.180     n/a     n/a     n/a
  73
  74   Query
  75   Frame  MatID  Length  Eff.Length     E     S W   T  X   E2     S2
  76    +0      0      820       820   1.0e-05  121 3  11 22  0.19    34
  77                                                      37  0.22    37
  78
  79
  80 Statistics:
  81
  82   Database:  /data/blast/ecoli.aa
  83    Title:  ecoli.aa
  84    Posted:  1:55:19 PM EDT Jun 3, 2004
  85    Created:  1:55:19 PM EDT Jun 3, 2004
  86    Format:  XDF-1
  87    # of letters in database:  1,358,990
  88    # of sequences in database:  4289
  89    # of database sequences satisfying E:  3
  90   No. of states in DFA:  618 (66 KB)
  91   Total size of DFA:  358 KB (2179 KB)
  92   Time to generate neighborhood:  0.00u 0.01s 0.01t  Elapsed: 00:00:00
  93   No. of threads or processors used:  2
  94   Search cpu time:  1.54u 0.03s 1.57t  Elapsed: 00:00:01
  95   Total cpu time:  1.58u 0.04s 1.62t  Elapsed: 00:00:01
  96   Start:  Thu Jun  3 14:00:59 2004   End:  Thu Jun  3 14:01:00 2004