t/data/fgenesh.out

   1  FGENESH 2.3 Prediction of potential genes in C_elegans genomic DNA
   2  Time    :   Wed Feb 27 13:43:15 2008
   3  Seq name: gi|1914348|emb|Z81551.1| Caenorhabditis elegans Cosmid F56A12, complete sequence
   4  Length of sequence: 26028
   5  Number of predicted genes 4 in +chain 1 in -chain 3
   6  Number of predicted exons 19 in +chain 4 in -chain 15
   7  Positions of predicted genes and exons:
   8    G Str   Feature   Start        End    Score           ORF           Len
   9
  10    1 -      PolA        29               -0.94
  11    1 -    1 CDSl       828 -       903    2.72       828 -       902     75
  12    1 -    2 CDSf       996 -      1201    9.86       998 -      1201    204
  13    1 -      TSS       1869               -4.49
  14
  15    2 -      PolA      9879                1.25
  16    2 -    1 CDSl     10132 -     10275    7.05     10132 -     10275    144
  17    2 -    2 CDSi     11180 -     11291    3.76     11180 -     11290    111
  18    2 -    3 CDSi     11786 -     12035    1.01     11788 -     12033    246
  19    2 -    4 CDSi     12238 -     12404    9.79     12239 -     12403    165
  20    2 -    5 CDSf     12884 -     12900    0.72     12886 -     12900     15
  21    2 -      TSS      13142               -4.89
  22
  23    3 +      TSS      14096               -7.69
  24    3 +    1 CDSf     14778 -     15104   27.84     14778 -     15104    327
  25    3 +    2 CDSi     15673 -     15802   20.10     15673 -     15801    129
  26    3 +    3 CDSi     16175 -     16524   28.83     16177 -     16524    348
  27    3 +    4 CDSl     16988 -     17212   15.92     16988 -     17212    225
  28    3 +      PolA     17223                1.25
  29
  30    4 -      PolA     17420                1.25
  31    4 -    1 CDSl     17552 -     17630    0.75     17552 -     17629     78
  32    4 -    2 CDSi     17690 -     17848   22.67     17692 -     17847    156
  33    4 -    3 CDSi     18221 -     18453   26.88     18223 -     18453    231
  34    4 -    4 CDSi     18501 -     18637   19.50     18501 -     18635    135
  35    4 -    5 CDSi     18850 -     19024    8.97     18851 -     19024    174
  36    4 -    6 CDSi     19073 -     19156    8.63     19073 -     19156     84
  37    4 -    7 CDSi     19206 -     19472   23.22     19206 -     19472    267
  38    4 -    8 CDSf     20381 -     20479   21.19     20381 -     20479     99
  39    4 -      TSS      21231               -5.29
  40
  41 Predicted protein(s):
  42 >FGENESH:   1   2 exon (s)    828  -   1201    93 aa, chain -
  43 MSCRHRSTSTTGCKHQNILYAREKMYVWECQHGNGKKGEKLIVGMGVLELLGVSMRILYA
  44 REKVSAWEICFGFYKFSFQKAENHETCRKIIEN
  45 >FGENESH:   2   5 exon (s)  10132  -  12900   229 aa, chain -
  46 MNLLQSTSIDYHVAHNVWLQMENNLYFLRIHLLSSPIWGVGAAVNTFLIETVDQITIAGV
  47 KRGLSLLNYFLFTYGKPLPIEHIVKGPLSTKIPSMCYWQLCSKIFRKMKTPKSGKTEFLC
  48 VSIFVAQAFFSFKDPEARDKAETLDNDHVAGVVKIVAPITYIYTSPSILLAQTSCLERRT
  49 PVKYIDLFLCFFFLFFFPDPLVLIGTGWHAWAPLTIICSMFSDEKSTNS
  50 >FGENESH:   3   4 exon (s)  14778  -  17212   343 aa, chain +
  51 MSSIPPYFMTDHPPIDTSSYFDCYQQHQLPLQYTFTSSSNSNTSNSSTSPSHISDQFSSS
  52 GGPPYELSSHILTPSSVIPTPSPSVASASISSPTIPAFGCTMSEYSMEQMEAISTSLFQA
  53 RDGDRLVAFFKQLESLYGPNAVDHLRSEAIIVAYTYALYHSNEFETLFHLLSNRHFQQRH
  54 YNDLQDIWHHARYKESQLKRGKELNPVEKYRLRRKFPAPKTIWDGEEIVYSFKDSSRKFL
  55 KQFFRNVSEYPTQEQKREISRATGLKIVQISNWFKNRRQRDKSNNSAKCSPPSSSSSTNG
  56 GSDFLPIITPQSFNLAAAPFNMNMIYGTLRDSQSDNDQFTFNP
  57 >FGENESH:   4   8 exon (s)  17552  -  20479   410 aa, chain -
  58 MNETDDNWTVFTKLYSCQYRASDDSPQFTLWLDGPVTISAAIFSAIGTVYAIGFLRNGHL
  59 NRRMSAALYTLCLMDFMLTMTTVLFLSIEPLSILLFRTNIFYQHQDMILILYGIRNSFAM
  60 SSPMLVCYITYIRYRVVNNPLKFASHYGRSRKSISASKMSTAAQPSSTESAKFTISFPAE
  61 MFYEFHTRSNAGKRGANFRRFFRPFLVPILLVILCFVIHSTSYFEFNLITCFDEVHQTES
  62 KMLQMTQLRGDSYWYFQFKVALTMTTETLGPMLFISTLSLFTEYKMHQNVKERRRLFESQ
  63 KRSRNTLVTEELKDKASKALAVFIVVKFLILRSLPTLIDLYEVLIENSINFGPFMTKVTR
  64 ISDFLVILNSATNTLAYFGKVRFEKWLERRIRCRIVKKEAKEILSTSLTG