t/data/frac_problems3.blast

   1 BLASTP 2.2.15 [Oct-15-2006]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= PAO1/1/1119519/1118158
  10          (453 letters)
  11
  12 Database: AES1.pep
  13            7167 sequences; 1,831,049 total letters
  14
  15 Searching..................................................done
  16
  17
  18
  19                                                                  Score    E
  20 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  21
  22 AES1/1/1154592/1158227 putative exonuclease {AES_1265} {PAN04385}      47   2e-06
  23
  24 >AES1/1/1154592/1158227 putative exonuclease {AES_1265} {PAN04385}
  25           Length = 1211
  26
  27  Score = 47.4 bits (111), Expect = 2e-06
  28  Identities = 52/195 (26%), Positives = 88/195 (45%), Gaps = 24/195 (12%)
  29
  30 Query: 15  GLNAQLETSREAYQQLGERHARFAGEVAALRREAE---LMGEERQRASQAEARWASER-- 69
  31            GL     + RE   Q  +      G++AAL R+ +   L  E R     A+  W ++R
  32 Sbjct: 647 GLREGYSSQRERLNQSRQEQQELTGQLAALDRQLDQWTLPEELRLLQPSAQLEWLAQRLD 706
  33
  34 Query: 70  --QGREEELRR-----LASERAA--LAAELREQQESHQQRLTDLQSARDELRAQFAELAG 120
  35               G+ ++ +R     +A +R    L  ELR  +   QQR    Q A  E R ++  L
  36 Sbjct: 707 DLAGQRQQCQRDFDRLIARQRQTQQLQQELRAAETILQQR----QQALTEQRQRYEHLQQ 762
  37
  38 Query: 121 KIFDEREQRFAETSQQRLGQ-MLDPLKERIQAFEKRVEESYQQEARERFSLSKELERLQQ 179
  39            ++ ++ +Q     S +   +   DPL+   QA  + +E+  QQ+AR    L +  +RLQ+
  40 Sbjct: 763 QVEEDSQQLRPLLSNEHWQRWQADPLRT-FQALGESIEQRRQQQAR----LQQIEQRLQE 817
  41
  42 Query: 180 LNLRLGEEATNLTRA 194
  43            L  R  E +  L ++
  44 Sbjct: 818 LKQRCDESSWQLKQS 832
  45
  46
  47
  48  Score = 44.7 bits (104), Expect = 2e-05
  49  Identities = 55/217 (25%), Positives = 97/217 (44%), Gaps = 21/217 (9%)
  50
  51 Query: 4    ERLATAQLAQDGLNAQLETSREAYQ-----QLGERHARFAGEVAALRREAEL--MGEERQ 56
  52             E  A A+LA+  LN +L      +      QL   HA  A + A    +A L  + EE+
  53 Sbjct: 843  EERAQAELAE--LNGRLGAHLGQHACAQDWQLSLEHAAQAAQSAVETLQAPLDSLREEQL 900
  54
  55 Query: 57   RASQAEARWASERQGREEELRRLASERAALAAELREQQES-HQQRLTDLQSARDELRAQF 115
  56             R ++A      +RQ +++E +RL ++  A     RE+Q++    RL  L    +E   Q+
  57 Sbjct: 901  RLAEALEHLQQQRQRQQDEFQRLQADWQA----WRERQDNLDDSRLDALLGLSEEQATQW 956
  58
  59 Query: 116  AELAGKIFDEREQRFAETSQQRLGQMLDPLKERIQAFEKRVEESYQQEARERFSLSKE-- 173
  60              E   ++  E   R      +R  Q+L   ++R +   + +E++ +Q+ RER + S++
  61 Sbjct: 957  REQLQRL-QEEITRQQTLEAERQAQLLQHRRQRPETDREALEDNLRQQ-RERLAASEQAY 1014
  62
  63 Query: 174  ---LERLQQLNLRLGEEATNLTRALKGQKTQGNWGEL 207
  64                  +LQ  N R  +    L    + +     WG L
  65 Sbjct: 1015 LDTYSQLQADNQRREQSQALLAELERARAEFRRWGRL 1051
  66
  67
  68
  69  Score = 39.7 bits (91), Expect = 5e-04
  70  Identities = 63/231 (27%), Positives = 99/231 (42%), Gaps = 25/231 (10%)
  71
  72 Query: 14  DGLNAQLETSREAYQQLGERHARFAGEVAALRREAELMGEERQRASQAEAR--WASERQ- 70
  73            D    QLE   E    L E+ AR AG  AAL   A+   +E+Q   + E +  W +E Q
  74 Sbjct: 213 DEQRKQLEQRLEGSLPLAEQ-AR-AGLEAALESHAQARLQEQQALQRLEGQQQWFTEEQR 270
  75
  76 Query: 71  ---GREEELRRLASERAALAAELREQQESHQ--QRLTDLQSARDELRAQFAELAGKIFDE 125
  77                 E    +LA  R A  A L  ++E+ Q  +RL  ++   + L+    EL      E
  78 Sbjct: 271 LLQSCEHAQGQLAEARQAWDA-LATERETLQWLERLAPVRGLIERLKQLEQELR---HSE 326
  79
  80 Query: 126 REQRFAETSQQRLGQMLDPLKERIQAFEKRVEESYQQEARERFSLSKELERLQQLNLRLG 185
  81            ++QR   T QQ  G       ER+Q  + R++E+ +++A+    L +    L++   +L
  82 Sbjct: 327 QQQR-QRTEQQAAGA------ERLQGLQARLQEARERQAQADNHLRQAQAPLREA-FQLE 378
  83
  84 Query: 186 EEATNLTRALKGQK---TQGNWGELVLERVLEHAGLEKGREYETQVSLKGA 233
  85             EA  L R L  ++    Q N              +E+ R    Q  L+ A
  86 Sbjct: 379 SEARRLERTLAERQELHRQSNQRHAQQSDAARQLDMEQQRHVAEQAQLQAA 429
  87
  88
  89
  90  Score = 39.7 bits (91), Expect = 5e-04
  91  Identities = 58/232 (25%), Positives = 96/232 (41%), Gaps = 50/232 (21%)
  92
  93 Query: 5   RLATAQLAQDGLNAQLETSR------------EAYQQLGERHARFAGEVAALRREAELMG 52
  94            +LA A+ A D L  + ET +            E  +QL E+  R + +    R E +  G
  95 Sbjct: 281 QLAEARQAWDALATERETLQWLERLAPVRGLIERLKQL-EQELRHSEQQQRQRTEQQAAG 339
  96
  97 Query: 53  EERQRASQAEARWASERQGREE-----------ELRRLASERAALAAELREQQESHQQRL 101
  98             ER +  QA  + A ERQ + +           E  +L SE   L   L E+QE H+Q
  99 Sbjct: 340 AERLQGLQARLQEARERQAQADNHLRQAQAPLREAFQLESEARRLERTLAERQELHRQ-- 397
 100
 101 Query: 102 TDLQSARDELRAQFAELAGKIFDEREQRFAETSQQR-----------LGQMLDPLKERIQ 150
 102                   ++  AQ ++ A ++  E+++  AE +Q +           LG      + ++
 103 Sbjct: 398 ------SNQRHAQQSDAARQLDMEQQRHVAEQAQLQAALRDSQTLAALGDAWVTHQGQLA 451
 104
 105 Query: 151 AFEKRVEESYQQEA------RERFSLSKELERLQ-QLNLRLGEEATNLTRAL 195
 106            AF +R + + + +A      +      + LERLQ Q     G E  +L   L
 107 Sbjct: 452 AFVQRRQRALESQAQLPELEKSLAHAGEPLERLQAQWTALHGSEPDDLAARL 503
 108
 109
 110
 111  Score = 38.9 bits (89), Expect = 9e-04
 112  Identities = 44/150 (29%), Positives = 61/150 (40%), Gaps = 23/150 (15%)
 113
 114 Query: 56  QRASQAEARWASERQGREEELRRLASERAALAAELREQQESHQQRLTDLQSARDELRAQ- 114
 115            QRASQA+ +     Q  E  L      RA L A L    ESH Q     Q A   L  Q
 116 Sbjct: 207 QRASQADEQRKQLEQRLEGSLPLAEQARAGLEAAL----ESHAQARLQEQQALQRLEGQQ 262
 117
 118 Query: 115 --FAE----------LAGKIFDEREQRFAETSQQRLGQMLDPLK------ERIQAFEKRV 156
 119              F E            G++ + R+   A  +++   Q L+ L       ER++  E+ +
 120 Sbjct: 263 QWFTEEQRLLQSCEHAQGQLAEARQAWDALATERETLQWLERLAPVRGLIERLKQLEQEL 322
 121
 122 Query: 157 EESYQQEARERFSLSKELERLQQLNLRLGE 186
 123              S QQ+ +     +   ERLQ L  RL E
 124 Sbjct: 323 RHSEQQQRQRTEQQAAGAERLQGLQARLQE 352
 125
 126
 127
 128  Score = 37.4 bits (85), Expect = 0.003
 129  Identities = 74/300 (24%), Positives = 121/300 (40%), Gaps = 38/300 (12%)
 130
 131 Query: 2   LGERLATAQLAQDGLNAQLETSREAYQQLGERH--ARFAGEV--AALRREAELMGEERQR 57
 132            L  RL   +   D L  Q    +E  Q L +R   AR  GE+    + +E  L+  +RQ
 133 Sbjct: 499 LAARLVELRRQTDSLERQQALHKEWQQVLDQRAGLARRLGELDQRMVEQEQALLDLKRQG 558
 134
 135 Query: 58  ASQAEARWASER--QGREEELRRLASERAALAAELREQQ-ESHQQRLTDLQSARDELRAQ 114
 136            +  AE   A+E+  Q   E L+R    R+A   +LR    +     +   Q        Q
 137 Sbjct: 559 SQCAEEVKAAEQALQVTRELLQRQRLARSASVEQLRAGLVDGEACPVCGSQEHPYHHSEQ 618
 138
 139 Query: 115 FAELAGKIFDEREQRFAETSQQRLGQMLDPLKERIQAFEKRVEESYQQEAR--------- 165
 140                 G+  D++EQ  AE S +RL Q L  L+E   +  +R+ +S Q++
 141 Sbjct: 619 LLAALGE-HDDQEQVRAEQSLERLRQTLVGLREGYSSQRERLNQSRQEQQELTGQLAALD 677
 142
 143 Query: 166 ---ERFSLSKELERLQQLNLRLGEEATNLTRALKGQKTQGNWGELVLERVLEHAGLEKGR 222
 144               ++++L +EL RL Q + +L   A  L   L GQ+ Q        +R  +     + +
 145 Sbjct: 678 RQLDQWTLPEEL-RLLQPSAQLEWLAQRLD-DLAGQRQQ-------CQRDFDRLIARQRQ 728
 146
 147 Query: 223 EYETQVSLKGAEGERFQPDVLIRLPGDKQVVVDAKVSLTAYQQYIAADDDLLRQQALKQH 282
 148              + Q  L+ AE           L   +Q + + +      QQ +  D   LR     +H
 149 Sbjct: 729 TQQLQQELRAAE---------TILQQRQQALTEQRQRYEHLQQQVEEDSQQLRPLLSNEH 779
 150