t/data/mpath.ontology.test

   1 !autogenerated-by:     Pathbase version 2.0
   2 !saved-by:              mgruenb
   3 !date:                  Mon Oct 20 20:15:35 BST 2003
   4 !version: $Revision: 1.1 $
   5 !The Pathbase mouse pathology ontology provides a description of mutant and transgenic mouse pathology phenotypes and incorporates 425 known mouse pathologies hierarchically organised as "instances of" pathological processes.
   6 !Questions, comments and suggestions for amendment should be sent to the Co-ordinator, Dr. Paul Schofield, Dept. of Anatomy, University of Cambridge (PS@mole.bio.cam.ac.uk).
   7 !The ontology was developed by the Pathbase consortium (http://www.pathbase.net) funded under the European Commission's Fifth Framework programme, Contract number QLRI-CT-1999-00320.
   8 $pathology_ontology ; MPATH:0
   9  %cell and tissue damage ; MPATH:1
  10   %cell death ; MPATH:2
  11    %apoptosis ; MPATH:3 ; synonym:programmed cell death
  12    %necrosis ; MPATH:4
  13     %bridging necrosis ; MPATH:5
  14     %caseous necrosis ; MPATH:6
  15     %coagulation necrosis ; MPATH:7
  16     %fat necrosis ; MPATH:8
  17     %fibrinoid necrosis ; MPATH:9
  18     %gangrene ; MPATH:10 ; synonym:mortification
  19     %hemorrhagic necrosis ; MPATH:11
  20     %liquefactive necrosis ; MPATH:12
  21     %piecemeal necrosis ; MPATH:13
  22   %degenerative change ; MPATH:14
  23    %general degenerative change ; MPATH:15
  24     %myxoid/myxomatous degeneration ; MPATH:16 ; synonym:mucoid degeneration ; synonym:myxomatosis
  25    %subcellular defect ; MPATH:17
  26     %cytoskeletal defect ; MPATH:18
  27     %endoplasmic reticulum defect ; MPATH:19
  28     %golgi defect ; MPATH:20
  29     %lysosomal defect ; MPATH:21
  30     %mitochondrial defect ; MPATH:22
  31     %peroxysomal defect ; MPATH:23
  32     %plasma membrane defect ; MPATH:24
  33     %nuclear defect ; MPATH:460
  34    %tissue specific degenerative process ; MPATH:25
  35     %alopecia ; MPATH:26
  36     %arthrosis ; MPATH:27 ; synonym:osteoarthritis ; synonym:degenerative joint disease ; synonym:osteoarthrosis
  37     %atherosclerosis ; MPATH:28 ; synonym:nodular sclerosis
  38     %cataract ; MPATH:29
  39      %cataract- capsular-epithelial ; MPATH:461
  40      %cataract- nuclear and cortical ; MPATH:462
  41      %cataract- cortical liquefactive ; MPATH:463
  42      %cataract- lens extrusion ; MPATH:464
  43     %cystic medial necrosis ; MPATH:30 ; synonym:erdheim disease ; synonym:mucoid medial degeneration ; synonym:media necrosis aortae idiopathica cystica ; synonym:media necrosis of the aorta
  44     %emphysema ; MPATH:31
  45     %glaucoma ; MPATH:32
  46      %glaucoma developmental ; MPATH:465
  47      %glaucoma- open angle ; MPATH:466
  48      %glaucoma- angle closure ; MPATH:467
  49    %dystrophy ; MPATH:554
  50   %intracellular and extracellular accumulation ; MPATH:33
  51    %amyloid deposition ; MPATH:34
  52    %bile deposition ; MPATH:35
  53    %ceroid deposition ; MPATH:37
  54    %glycogen deposition ; MPATH:39
  55    %hyalinosis ; MPATH:40 ; synonym:hyaline degeneration, eosinophilic cytoplasmic change
  56    %lipid deposition ; MPATH:42
  57    %lipofuscin deposition ; MPATH:43
  58    %melanin deposition ; MPATH:44
  59    %protein deposition ; MPATH:45
  60     %copper deposition ; MPATH:38  % mineralisation ; MPATH:555
  61     %iron deposition ; MPATH:41  % mineralisation ; MPATH:555
  62    %uric acid deposition ; MPATH:46
  63    %pseudocyst ; MPATH:468
  64    %mucous secretions ; MPATH:547
  65    %mineralisation ; MPATH:555
  66     %calcium deposition ; MPATH:36
  67     %copper deposition ; MPATH:38  % protein deposition ; MPATH:45
  68     %iron deposition ; MPATH:41  % protein deposition ; MPATH:45
  69   %intracellular and extracellular depletion ; MPATH:47
  70    %decalcification ; MPATH:48
  71    %demyelination ; MPATH:49
  72    %glycogen depletion ; MPATH:50
  73    %hypocalcification ; MPATH:51
  74    %lipid depletion ; MPATH:52
  75    %osteopenia ; MPATH:53
  76    %osteoporosis ; MPATH:54
  77  %developmental and structural abnormality ; MPATH:55
  78   %general developmental defect ; MPATH:56
  79    %agenesis ; MPATH:57 ; synonym:agenesia
  80    %aplasia ; MPATH:58
  81    %branching morphogenesis defect ; MPATH:59
  82    %communication defect ; MPATH:60
  83    %curvature defect ; MPATH:61
  84    %cyst ; MPATH:62
  85    %depletion ; MPATH:63
  86    %developmental dysplasia ; MPATH:64
  87     %developmental cystic dysplasia ; MPATH:473
  88    %developmental hypoplasia ; MPATH:65
  89    %dilatation ; MPATH:66
  90     %ectasia ; MPATH:474
  91      %lymphangiectasis ; MPATH:98  % cardiovascular developmental defect ; MPATH:89
  92      %ductal ectasia ; MPATH:475
  93      %telangiectasia ; MPATH:476
  94    %displacement and deformity ; MPATH:67
  95    %diverticulum ; MPATH:68
  96    %fistula ; MPATH:70
  97    %fusion defect ; MPATH:71
  98    %growth acceleration ; MPATH:72
  99    %growth arrest ; MPATH:73
 100    %hamartoma ; MPATH:74