t/data/multiseq.bls

   1 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= gi|10038724|dbj|BAB12759.1| DNA-binding protein hu-alpha
  10 [Buchnera sp. APS]
  11          (92 letters)
  12
  13 Database: mycge
  14            1 sequences; 607 total letters
  15
  16 Searchingdone
  17
  18  ***** No hits found ******
  19
  20   Database: mycge
  21     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
  22   Number of letters in database: 607
  23   Number of sequences in database:  1
  24
  25 Lambda     K      H
  26    0.310    0.127    0.323
  27
  28 Gapped
  29 Lambda     K      H
  30    0.270   0.0470    0.230
  31
  32
  33 Matrix: BLOSUM62
  34 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
  35 Number of Hits to DB: 99
  36 Number of Sequences: 1
  37 Number of extensions: 4
  38 Number of successful extensions: 0
  39 Number of sequences better than 1.0e-15: 0
  40 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
  41 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
  42 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
  43 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
  44 length of query: 92
  45 length of database: 607
  46 effective HSP length: 24
  47 effective length of query: 68
  48 effective length of database: 583
  49 effective search space:    39644
  50 effective search space used:    39644
  51 T: 11
  52 A: 40
  53 X1: 16 ( 7.2 bits)
  54 X2: 38 (14.8 bits)
  55 X3: 64 (24.9 bits)
  56 S1: 42 (21.8 bits)
  57 S2: 156 (65.2 bits)
  58 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
  59
  60
  61 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
  62 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
  63 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
  64 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
  65
  66 Query= gi|10038744|dbj|BAB12779.1| DNA primase [Buchnera sp. APS]
  67          (577 letters)
  68
  69 Database: mycge
  70            1 sequences; 607 total letters
  71
  72 Searchingdone
  73
  74                                                                    Score     E
  75 Sequences producing significant alignments:                        (bits)
  76 Value
  77
  78 gi|12045104|ref|NP_072915.1| DNA primase (dnaE) [Mycoplasma gen...   125  7e-33
  79
  80 >gi|12045104|ref|NP_072915.1| DNA primase (dnaE) [Mycoplasma
  81            genitalium]
  82           Length = 607
  83
  84  Score =  125 bits (310), Expect = 7e-33
  85  Identities = 118/461 (25%), Positives = 222/461 (47%), Gaps = 57/461 (12%)
  86
  87 Query: 10  ITELLSRTNIIELI-NTRLELKKYGKNYQTNCPFHHDKTPSFTVSNEKQFYYCFGCNAHG 68
  88            + ELL +  I E+I +  ++++  G +    CPFH DK PS ++S+ K  + C+ CNA G
  89 Sbjct: 8   LDELLKQIKITEIIQHYGVKIQTKGNSLLALCPFHDDKNPSMSISSSKNIFKCWACNAAG 67
  90
  91 Query: 69  NAIDFLIQYEHLSFIESIEELALIHGVKIPFENTVQNSIYVKKQKLYLLMEKICKLY--- 125
  92            N I F+ +++ L +  ++++   I G+K+   N+   +    KQK Y  +      Y
  93 Sbjct: 68  NGIAFIQKHDQLDWKTALKKAIEICGIKLENWNSNLLTKVDPKQKRYWEINNALITYYQT 127
  94
  95 Query: 126 --KKNINVTHLANKYLARRGINQNMIDFFLIGFSSLKWNEFYKKINISKEFEQELLINNI 183
  96              K+  N   + N  + +R +N+ +I+ F +G +    +++     + +  E+   IN
  97 Sbjct: 128 RLKRETNPNGM-NYLVEKRKLNKTLIEQFQLGLAFHNEDKY-----LCESMERYPFINPK 181
  98
  99 Query: 184 I---------ATDKNGY-IYD------RFQGRIIFPIQDNHGRIIGFGGRSLNDMSP-KY 226
 100            I          T++ G   +D       FQ +I+ PI D +G  +GF  RS+++++  KY
 101 Sbjct: 182 IKPSELYLFSKTNQQGLGFFDFNTKKATFQNQIMIPIHDFNGNPVGFSARSVDNINKLKY 241
 102
 103 Query: 227 LNSPETDIFYKRKQIYGLYQVIKKCSKPVYLLVVEGYIDVITLTQYNIDYAVSILGTSTT 286
 104             NS + + F K + ++  +++ K  ++   L +VEGY DV TLT    + AV+++G +
 105 Sbjct: 242 KNSADHEFFKKGELLFNFHRLNKNLNQ---LFIVEGYFDVFTLTNSKFE-AVALMGLALN 297
 106
 107 Query: 287 TEHIQLL---FKNTDIIICCYDGDDAGKNAAWKTLKKALPYISDKKTLKFILL--PNQED 341
 108               I+ +   FK    ++   D D +G+NA +  ++K    +++   +  I+    N +D
 109 Sbjct: 298 DVQIKAIKAHFKELQTLVLALDNDASGQNAVFSLIEK----LNNNNFIVEIVQWEHNYKD 353
 110
 111 Query: 342 PDTIIRKEGREKF----QKRIDNAITMSKFFFKNILKNINLSSDDDKFHLSVHALPLINT 397
 112             D +   +G E+      KR +    +  FF K  L    +++    F      L    T
 113 Sbjct: 354 WDELYLNKGSEQVILQANKRQNLIEYLVSFFKKQQLDQRVITNKIIAF------LTKNQT 407
 114
 115 Query: 398 ISSD-TIRIYLRQILARMIGILDDNQFEKFLYEKETKNTQK 437
 116            I +D +  I+L + L +++   D    EK LYE   K+ +K
 117 Sbjct: 408 ILNDHSFLIFLIKNLVKLLEYSD----EKTLYETVLKHKEK 444
 118
 119
 120   Database: mycge
 121     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
 122   Number of letters in database: 607
 123   Number of sequences in database:  1
 124
 125 Lambda     K      H
 126    0.322    0.140    0.406
 127
 128 Gapped
 129 Lambda     K      H
 130    0.270   0.0470    0.230
 131
 132
 133 Matrix: BLOSUM62
 134 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 135 Number of Hits to DB: 932
 136 Number of Sequences: 1
 137 Number of extensions: 63
 138 Number of successful extensions: 4
 139 Number of sequences better than 1.0e-15: 1
 140 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
 141 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 1
 142 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 1
 143 Number of HSP's gapped (non-prelim): 1
 144 length of query: 577
 145 length of database: 607
 146 effective HSP length: 24
 147 effective length of query: 553
 148 effective length of database: 583
 149 effective search space:   322399
 150 effective search space used:   322399
 151 T: 11
 152 A: 40
 153 X1: 16 ( 7.4 bits)
 154 X2: 38 (14.8 bits)
 155 X3: 64 (24.9 bits)
 156 S1: 41 (21.9 bits)
 157 S2: 164 (68.3 bits)
 158 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
 159
 160
 161 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 162 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 163 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 164 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 165
 166 Query= gi|10038814|dbj|BAB12849.1| integration host factor
 167 alpha-subunit [Buchnera sp. APS]
 168          (102 letters)
 169
 170 Database: mycge
 171            1 sequences; 607 total letters
 172
 173 Searchingdone
 174
 175  ***** No hits found ******
 176
 177   Database: mycge
 178     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
 179   Number of letters in database: 607
 180   Number of sequences in database:  1
 181
 182 Lambda     K      H
 183    0.321    0.138    0.372
 184
 185 Gapped
 186 Lambda     K      H
 187    0.270   0.0470    0.230
 188
 189
 190 Matrix: BLOSUM62
 191 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 192 Number of Hits to DB: 101
 193 Number of Sequences: 1
 194 Number of extensions: 4
 195 Number of successful extensions: 0
 196 Number of sequences better than 1.0e-15: 0
 197 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
 198 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 199 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 200 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
 201 length of query: 102
 202 length of database: 607
 203 effective HSP length: 21
 204 effective length of query: 81
 205 effective length of database: 586
 206 effective search space:    47466
 207 effective search space used:    47466
 208 T: 11
 209 A: 40
 210 X1: 16 ( 7.4 bits)
 211 X2: 38 (14.8 bits)
 212 X3: 64 (24.9 bits)
 213 S1: 41 (21.9 bits)
 214 S2: 157 (65.6 bits)
 215 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
 216
 217
 218 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 219 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 220 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 221 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 222
 223 Query= gi|10038947|dbj|BAB12982.1| DNA-binding protein H-ns [Buchnera
 224 sp. APS]
 225          (135 letters)
 226
 227 Database: mycge
 228            1 sequences; 607 total letters
 229
 230 Searchingdone
 231
 232  ***** No hits found ******
 233
 234   Database: mycge
 235     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
 236   Number of letters in database: 607
 237   Number of sequences in database:  1
 238
 239 Lambda     K      H
 240    0.319    0.137    0.390
 241
 242 Gapped
 243 Lambda     K      H
 244    0.270   0.0470    0.230
 245
 246
 247 Matrix: BLOSUM62
 248 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 249 Number of Hits to DB: 132
 250 Number of Sequences: 1
 251 Number of extensions: 3
 252 Number of successful extensions: 0
 253 Number of sequences better than 1.0e-15: 0
 254 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
 255 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 256 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 257 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
 258 length of query: 135
 259 length of database: 607
 260 effective HSP length: 23
 261 effective length of query: 112
 262 effective length of database: 584
 263 effective search space:    65408
 264 effective search space used:    65408
 265 T: 11
 266 A: 40
 267 X1: 16 ( 7.4 bits)
 268 X2: 38 (14.8 bits)
 269 X3: 64 (24.9 bits)
 270 S1: 41 (21.7 bits)
 271 S2: 158 (66.0 bits)
 272 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
 273
 274
 275 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 276 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 277 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 278 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 279
 280 Query= gi|10038982|dbj|BAB13017.1| integration host factor
 281 beta-subunit [Buchnera sp. APS]
 282          (94 letters)
 283
 284 Database: mycge
 285            1 sequences; 607 total letters
 286
 287 Searchingdone
 288
 289  ***** No hits found ******
 290
 291   Database: mycge
 292     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
 293   Number of letters in database: 607
 294   Number of sequences in database:  1
 295
 296 Lambda     K      H
 297    0.319    0.136    0.372
 298
 299 Gapped
 300 Lambda     K      H
 301    0.270   0.0470    0.230
 302
 303
 304 Matrix: BLOSUM62
 305 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 306 Number of Hits to DB: 114
 307 Number of Sequences: 1
 308 Number of extensions: 6
 309 Number of successful extensions: 0
 310 Number of sequences better than 1.0e-15: 0
 311 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
 312 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 313 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 314 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
 315 length of query: 94
 316 length of database: 607
 317 effective HSP length: 21
 318 effective length of query: 73
 319 effective length of database: 586
 320 effective search space:    42778
 321 effective search space used:    42778
 322 T: 11
 323 A: 40
 324 X1: 16 ( 7.4 bits)
 325 X2: 38 (14.8 bits)
 326 X3: 64 (24.9 bits)
 327 S1: 41 (21.7 bits)
 328 S2: 157 (65.6 bits)
 329 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
 330
 331
 332 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 333 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 334 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 335 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 336
 337 Query= gi|10038996|dbj|BAB13030.1| cold shock-like protein cspC
 338 [Buchnera sp. APS]
 339          (69 letters)
 340
 341 Database: mycge
 342            1 sequences; 607 total letters
 343
 344 Searchingdone
 345
 346  ***** No hits found ******
 347
 348   Database: mycge
 349     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
 350   Number of letters in database: 607
 351   Number of sequences in database:  1
 352
 353 Lambda     K      H
 354    0.316    0.136    0.399
 355
 356 Gapped
 357 Lambda     K      H
 358    0.270   0.0470    0.230
 359
 360
 361 Matrix: BLOSUM62
 362 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 363 Number of Hits to DB: 100
 364 Number of Sequences: 1
 365 Number of extensions: 5
 366 Number of successful extensions: 0
 367 Number of sequences better than 1.0e-15: 0
 368 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
 369 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 370 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 371 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
 372 length of query: 69
 373 length of database: 607
 374 effective HSP length: 20
 375 effective length of query: 49
 376 effective length of database: 587
 377 effective search space:    28763
 378 effective search space used:    28763
 379 T: 11
 380 A: 40
 381 X1: 16 ( 7.3 bits)
 382 X2: 38 (14.8 bits)
 383 X3: 64 (24.9 bits)
 384 S1: 41 (21.6 bits)
 385 S2: 155 (64.8 bits)
 386 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
 387
 388
 389 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 390 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 391 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 392 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 393
 394 Query= gi|10039073|dbj|BAB13107.1| carbon storage regulator [Buchnera
 395 sp. APS]
 396          (57 letters)
 397
 398 Database: mycge
 399            1 sequences; 607 total letters
 400
 401 Searchingdone
 402
 403  ***** No hits found ******
 404
 405   Database: mycge
 406     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
 407   Number of letters in database: 607
 408   Number of sequences in database:  1
 409
 410 Lambda     K      H
 411    0.318    0.138    0.362
 412
 413 Gapped
 414 Lambda     K      H
 415    0.270   0.0470    0.230
 416
 417
 418 Matrix: BLOSUM62
 419 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 420 Number of Hits to DB: 64
 421 Number of Sequences: 1
 422 Number of extensions: 2
 423 Number of successful extensions: 0
 424 Number of sequences better than 1.0e-15: 0
 425 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
 426 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 427 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 428 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
 429 length of query: 57
 430 length of database: 607
 431 effective HSP length: 22
 432 effective length of query: 35
 433 effective length of database: 585
 434 effective search space:    20475
 435 effective search space used:    20475
 436 T: 11
 437 A: 40
 438 X1: 16 ( 7.3 bits)
 439 X2: 38 (14.8 bits)
 440 X3: 64 (24.9 bits)
 441 S1: 41 (21.7 bits)
 442 S2: 154 (64.4 bits)
 443 BLASTP 2.1.2 [Oct-19-2000]
 444
 445
 446 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
 447 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
 448 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
 449 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
 450
 451 Query= gi|10039151|dbj|BAB13185.1| cold shock-like protein cspE
 452 [Buchnera sp. APS]
 453          (69 letters)
 454
 455 Database: mycge
 456            1 sequences; 607 total letters
 457
 458 Searchingdone
 459
 460  ***** No hits found ******
 461
 462   Database: mycge
 463     Posted date:  May 8, 2001  3:12 PM
 464   Number of letters in database: 607
 465   Number of sequences in database:  1
 466
 467 Lambda     K      H
 468    0.313    0.132    0.375
 469
 470 Gapped
 471 Lambda     K      H
 472    0.270   0.0470    0.230
 473
 474
 475 Matrix: BLOSUM62
 476 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 477 Number of Hits to DB: 80
 478 Number of Sequences: 1
 479 Number of extensions: 2
 480 Number of successful extensions: 0
 481 Number of sequences better than 1.0e-15: 0
 482 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 0
 483 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 484 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 485 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
 486 length of query: 69
 487 length of database: 607
 488 effective HSP length: 21
 489 effective length of query: 48
 490 effective length of database: 586
 491 effective search space:    28128
 492 effective search space used:    28128
 493 T: 11
 494 A: 40
 495 X1: 16 ( 7.2 bits)
 496 X2: 38 (14.8 bits)
 497 X3: 64 (24.9 bits)
 498 S1: 42 (21.9 bits)
 499 S2: 155 (64.8 bits)