t/data/pfamOutput-bug3376.out

   1 hmmpfam - search one or more sequences against HMM database
   2 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
   3 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
   4 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
   5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   6 HMM file:                 testInput.hmm
   7 Sequence file:            testInput.fasta
   8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   9
  10 Query sequence: Test
  11 Accession:      [none]
  12 Description:    [none]
  13
  14 Scores for sequence family classification (score includes all domains):
  15 Model    Description                                    Score    E-value  N
  16 -------- -----------                                    -----    ------- ---
  17 TEST                                                    184.7    2.5e-56   1
  18
  19 Parsed for domains:
  20 Model    Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
  21 -------- ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
  22 TEST       1/1       8    97 .]     1    95 []   184.7  2.5e-56
  23
  24 Alignments of top-scoring domains:
  25 TEST: domain 1 of 1, from 8 to 97: score 184.7, E = 2.5e-56
  26                    *->svfqqqqssksttgstvtAiAiAigYRYRYRAvtWnsGsLssGvnDn
  27                       sv+qqqq+  +    +vtAiAiAigYRYRYRAv Wn GsLs G nDn
  28         Test     8    SVYQQQQGGSA----MVTAIAIAIGYRYRYRAVVWNKGSLSTGTNDN 50
  29
  30                    DnDqqsdgLYtiYYsvtvpssslpsqtviHHHaHkasstkiiikiePr<-
  31                    DnDq +d LYtiYYsvtv +ss+p q+v+HHHaH+asstkiiiki P
  32         Test    51 DNDQAAD-LYTIYYSVTVSASSWPGQSVTHHHAHPASSTKIIIKIAPS   97
  33
  34                    *
  35
  36         Test     -   -
  37
  38 //