t/data/test.gcgblast

   1 !!SEQUENCE_LIST 1.0
   2 BLASTP 2.2.1 [Apr-13-2001]
   3
   4
   5 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   6 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   7 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   8 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   9
  10 Query= /v0/people/staji002/test.gcg
  11          (146 letters)
  12
  13 Database: pir
  14            274,514 sequences; 93,460,074 total letters
  15
  16 Searching. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .done
  17
  18                                                          Score    E
  19  Sequences producing significant alignments:             (bits)  Value ..
  20
  21 PIR2:S44629  Begin: 342 End: 470
  22 !F22B7.10 protein - Caenorhabditis elegans                   57  2e-08
  23 PIR2:T21398  Begin: 40 End: 108
  24 !hypothetical protein F26D2.1 - Caenorhabditis elegans       33  0.40
  25 PIR1:WMBELM  Begin: 307 End: 385
  26 !membrane protein LMP-2A - human herpesvirus 4               32  0.53
  27 \\End of List
  28
  29 >PIR2:S44629 F22B7.10 protein - Caenorhabditis elegans
  30           Length = 628
  31
  32  Score = 57.0 bits (136), Expect = 2e-08
  33  Identities = 38/135 (28%), Positives = 69/135 (50%), Gaps = 8/135 (5%)
  34
  35 Query: 3   CAAEFDFMEKETPLRYTKTXXXXXXXXXXXXXXRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGE 62
  36            C+AEFDF++  T  +   T                 + +   +L +    +     ++GE
  37 Sbjct: 342 CSAEFDFIQYSTIEKLCGTLLIPLALISLVTFVFNFVKNT-NLLWRNSEEIG----ENGE 396
  38
  39 Query: 63  LVYHALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPYMCVMASLICSRQLFGW--LFCKVHPGAIVFVI 120
  40            ++Y+ +QL   T +  LIMRLKLF+TP++C++A+L  + +L G   +   +   A+V VI
  41 Sbjct: 397 ILYNVVQLCCSTVMAFLIMRLKLFMTPHLCIVAALFANSKLLGGDRISKTIRVSALVGVI 456
  42
  43 Query: 121 LAAMSIQGSANLQTQ 135
  44             A +  +G  N++ Q
  45 Sbjct: 457 -AILFYRGIPNIRQQ 470
  46
  47
  48 >PIR2:T21398 hypothetical protein F26D2.1 - Caenorhabditis elegans
  49           Length = 346
  50
  51  Score = 32.7 bits (73), Expect = 0.40
  52  Identities = 20/71 (28%), Positives = 41/71 (57%), Gaps = 11/71 (15%)
  53
  54 Query: 66  HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPYMCV---------MASLICSRQLFGWLFCKVHPGAI 116
  55            + + ++A+ +LGI+   L++F+ PY+ V         +++ I ++ L  WLF  +  G +
  56 Sbjct: 40  YRIMIVAFASLGIIYSGLEVFIKPYLHVYNNCILYFSLSTWISAKPLLPWLFA-IWSG-M 97
  57
  58 Query: 117 VFVILAAMSIQ 127
  59              V++A +SIQ
  60 Sbjct: 98  YLVVIAFISIQ 108
  61
  62
  63 >PIR1:WMBELM membrane protein LMP-2A - human herpesvirus 4
  64           Length = 497
  65
  66  Score = 32.3 bits (72), Expect = 0.53
  67  Identities = 26/79 (32%), Positives = 38/79 (47%), Gaps = 4/79 (5%)
  68
  69 Query: 67  ALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPYMCVMASLICSR----QLFGWLFCKVHPGAIVFVILA 122
  70            AL LLA   LG L +     L     ++  LICS      L   L  ++   A+  ++LA
  71 Sbjct: 307 ALALLASLILGTLNLTTMFLLMLLWTLVVLLICSSCSSCPLSKILLARLFLYALALLLLA 366
  72
  73 Query: 123 AMSIQGSANLQTQWKSTAS 141
  74            +  I G + LQT +KS +S
  75 Sbjct: 367 SALIAGGSILQTNFKSLSS 385
  76
  77
  78   Database: pir
  79     Posted date:  Jan 3, 2002  1:13 PM
  80   Number of letters in database: 93,460,074
  81   Number of sequences in database:  274,514
  82
  83 Lambda     K      H
  84    0.329    0.137    0.426
  85
  86 Gapped
  87 Lambda     K      H
  88    0.267   0.0410    0.140
  89
  90
  91 Matrix: BLOSUM62
  92 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
  93 Number of Hits to DB: 21,034,208
  94 Number of Sequences: 274514
  95 Number of extensions: 620007
  96 Number of successful extensions: 1381
  97 Number of sequences better than  1.0: 3
  98 Number of HSP's better than  1.0 without gapping: 1
  99 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 2
 100 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 1379
 101 Number of HSP's gapped (non-prelim): 3
 102 length of query: 146
 103 length of database: 93,460,074
 104 effective HSP length: 102
 105 effective length of query: 44
 106 effective length of database: 65,459,646
 107 effective search space: 2880224424
 108 effective search space used: 2880224424
 109 T: 11
 110 A: 40
 111 X1: 15 ( 7.1 bits)
 112 X2: 38 (14.6 bits)
 113 X3: 64 (24.7 bits)
 114 S1: 40 (21.9 bits)
 115 S2: 70 (31.6 bits)