t/data/test.infernal

   1
   2 CPU time (band calc): 0.01u 0.00s 00:00:00.01 Elapsed: 00:00:00
   3 sequence: gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115
   4 hit 0   :  15589  15691    78.40 bits
   5 hit 1   :  15589  15691    78.40 bits
   6            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
   7          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
   8             A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:G
   9      15589 CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCG 15648
  10
  11            <<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::
  12         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu 102
  13            GCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++
  14      15649 GCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA 15691
  15
  16 hit 2   :  13198  13294     5.41 bits
  17 hit 3   :  13198  13294     5.41 bits
  18            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  19          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  20            +A+ +U + AAAA AA : :U:::A AA:C::::G A  UGGC::::G: UUU U  ::
  21      13198 UAUCUUCUUAAAAUAAGGAAUGAAAAAACCAGCUGCAC-UGGCAGCUGGUUUUUUUUGU- 13255
  22
  23            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  24         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  25               : C  AA :U+++::  U:::A: : AUAU+   U +U
  26      13256 ---UGCAAAAGAUAAAACCAUUUCAUACGAUAUACCGUCAUG 13294
  27
  28 hit 4   :  11655  11756    81.29 bits
  29 hit 5   :  11655  11756    81.29 bits
  30            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  31          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  32            A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:
  33      11655 AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAA 11714
  34
  35            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  36         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  37            GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU
  38      11715 GCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU 11756
  39
  40 hit 0   :    825    748     2.84 bits
  41 hit 1   :    825    748     2.84 bits
  42            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  43          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  44            +AAAA+ AA AAAA  A: ::C:U:U A           UG  C+ A A   UCUAC
  45      15073 UAAAAACAACAAAAGGAGCUGCUUUUUA-----------UGCUCACACACGAUCUAC--- 15118
  46
  47            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  48         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  49                  G AAA      +AC:A:G:: :A ++UU  AU+U+U
  50      15119 ----AUGAAAA------AACAAAGCAUUACAUUUCCAUUUAU 15150
  51
  52 hit 2   :   4125   4023     1.38 bits
  53 hit 3   :   4125   4023     1.38 bits
  54            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______.>>>.>>>>,,,,,,,,<
  55          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGG.ccc.gagaGUuUCUACC 58
  56             AAA +AAA A  A AA: :U:::AUAA :+:G:: AU U   ::C :+:  UUUC AC
  57      11773 CAAACAAAACACUACAAAUUUGAAAUAAGCUGGUAUAUUUUCuUACaCGAAUUUUCGAC- 11831
  58
  59            <<<<<<_______>>>...>>>>,,))))))))::::::::::::::
  60         59 aGgcaaCCGUAAAuug...cCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  61               :AAC GUA AUU:   + +GA U:::A: :A+ AU+A+AU+ +
  62      11832 ---AAACUGUAUAUUUaugAUAGAGUUUCAAUUAUCAUAAUAUUCAG 11875
  63
  64 hit 4   :   8105   8018     1.70 bits
  65 hit 5   :   8105   8018     1.70 bits
  66            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  67          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  68             A+A   A +A    AA   U:::AU A         UAUGGC ++A+ GU UC A
  69       7793 GAUACGGAUUACGGCAAAAGUGGCAUCA---------UAUGGCGUAAAGGUAUCAAG--- 7840
  70
  71            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  72         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  73              A  CGUAA  U+C   ACU:::A   AA+A +AAA+ +++
  74       7841 --AAUCGUAAUAUACGCUACUGUCAUCAAAAAGAAAAACAAA 7880
  75
  76 hit 6   :  11759  11658     9.64 bits
  77 hit 7   :  11759  11658     9.64 bits
  78            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  79          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  80            A  AA+  AAA AAA+   : CGUA  +::::: :  UA GG: :::::GU    AC: G
  81       4139 AUCAAACGAAAGAAAUGUUUACGUA-GUCAAGCCAUUUACGGUAGCUUGGUAGAGACUUG 4197
  82
  83            <<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::
  84         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  85            :: :CC UA  : ::C :   UACG :   AU UUA++U +UU
  86       4198 CGAGCCAUAUUCCCGCGAUUaUACGAAUUCAUCUUAUUUGAUU 4240
  87
  88 hit 8   :  13350  13253     0.79 bits
  89 hit 9   :  13350  13253     0.79 bits
  90            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  91          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  92            +AA  UA   AA A + :A +C:U:    C:::  AA       :::G G   C  C:A
  93       2548 UAAGGUACCGAACAGUCAAGUCAUU---UCCAUUUAAGUAAAGCAUGGCGGCACAUCUAC 2604
  94
  95            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  96         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  97            : :AC GUA AU: : U:A :A:G+ U: AU UU++  A+ +
  98       2605 AUGACGGUAUAUCGUAUGA-AAUGGUUUUAUCUUUUGCAACA 2645
  99
 100 hit 10  :  13846  13740     6.35 bits
 101 hit 11  :  13846  13740     6.35 bits
 102            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,.....
 103          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCU..... 55
 104             A  A+A+A A AA AA:A  :::A A :C ::::A  A G :::: G:  UUCU
 105       2052 CAGCAAAUACACAAGAACAACUAAAAACCCGUCAUAGAAAGCAUGAUGGCGUUCUccgaa 2111
 106
 107            ,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 108         56 ACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 109            ACC::GC :CCG    : GC::G CU:::  U:AA+  +A++   ++
 110       2112 ACCGAGCGGCCGAUUCCAGCUUGCCUUUAACUGAAACCAAUUCCCAA 2158
 111
 112 hit 12  :  14215  14125     0.90 bits
 113 hit 13  :  14215  14125     0.90 bits
 114            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 115          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 116            AA    AA  AA  A    :+ :UAUA+U: :+++ A A GG   : :AGU
 117       1683 AAGCGGAAUCAACGACGCCGUAAUAUAUUCAGAAAUAAACGG---CCAAGUCA------- 1732
 118
 119            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 120         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 121             C::CCGUAAA::GC+   CUA: +:   ++ U+ AA+++ +
 122       1733 -CUGCCGUAAACAGCAGCGCUAUCGCAACUACUGCAAAUACA 1773
 123
 124 hit 14  :  15695  15594     7.88 bits
 125 hit 15  :  15695  15594     7.88 bits
 126            :::::::::::::::::((((((((,,.,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<
 127          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUA.aucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCa 59
 128             A ++U+A   A  A ++ C :: AUA +:C:::::  UA GG:::::G:GU    AC::
 129        203 CAGUUUUAUCGAUCACUUCCCUGCAUAgUCCGGCAAUUUACGGUUGCCGGGUAGAAACUU 262
 130
 131            <<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 132         60 GgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 133            +::::CC UA  :::: ::A U :: G + +  U++++U +UU
 134        263 AUGGGCCAUAUUCCCA-AGAUUAUAUGAGGUCGUGUUUUGAUU 304
 135
 136 sequence: gi|633168|emb|X83878.1|
 137 hit 0   :    168    267    79.36 bits
 138 hit 1   :    168    267    79.36 bits
 139            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 140          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 141            + A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G
 142        168 UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGG 227
 143
 144            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 145         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 146             CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+
 147        228 GCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC 267
 148
 149 hit 0   :    270    171     2.25 bits
 150 hit 1   :    270    171     2.25 bits
 151            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 152          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 153              +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G
 154       2144 CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUG 2200
 155
 156            <<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::
 157         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 158            ::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU
 159       2201 CGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG 2243
 160
 161
 162 CPU time (search)   : 56.03u 0.38s 00:00:56.41 Elapsed: 00:00:58
 163 CYK memory          :       0.66 MB
 164