Bio::Align::Graphics: move into its own distribution and drop dependency on GD
[bioperl-live.git] / t / data / test.phd
blob017ae8a14c2e6aaa13984fb367ea6d260e021dff
1 BEGIN_SEQUENCE ML4924R
3 BEGIN_COMMENT
5 CHROMAT_FILE: ML4924R
6 ABI_THUMBPRINT: 0
7 PHRED_VERSION: 0.980904.e
8 CALL_METHOD: phred
9 QUALITY_LEVELS: 99
10 TIME: Thu Jun 21 11:27:03 2001
11 TRACE_ARRAY_MIN_INDEX: 0
12 TRACE_ARRAY_MAX_INDEX: 8792
13 CHEM: term
14 DYE: big
16 END_COMMENT
18 BEGIN_DNA
19 a 6 1
20 c 6 20
21 t 6 17
22 t 8 26
23 t 8 35
24 g 12 48
25 g 18 58
26 t 16 66
27 c 14 83
28 g 11 98
29 c 9 104
30 c 6 122
31 t 6 128
32 g 9 140
33 c 19 147
34 a 20 159
35 g 32 167
36 g 34 178
37 t 34 190
38 a 39 200
39 c 39 208
40 c 39 221
41 g 29 233
42 g 40 243
43 t 28 255
44 c 21 267
45 c 13 277
46 g 4 288
47 n 4 297
48 g 4 298
49 a 8 314
50 t 8 328
51 t 23 339
52 c 29 349
53 c 39 359
54 c 40 369
55 g 40 381
56 g 40 390
57 g 40 401
58 t 46 413
59 c 34 425
60 g 33 436
61 a 29 447
62 c 29 453
63 c 32 466
64 c 33 476
65 a 34 485
66 c 34 492
67 g 34 505
68 c 34 514
69 g 40 527
70 t 40 537
71 c 34 548
72 c 34 559
73 g 34 572
74 c 34 579
75 t 34 592
76 t 34 602
77 t 39 613
78 g 40 625
79 c 40 633
80 t 40 645
81 c 40 656
82 a 40 664
83 t 40 673
84 c 40 685
85 t 46 697
86 c 51 707
87 c 51 718
88 c 56 728
89 t 51 738
90 c 51 749
91 t 35 760
92 g 35 772
93 a 35 783
94 c 35 790
95 t 35 803
96 t 35 813
97 t 39 824
98 g 40 836
99 c 40 844
100 a 40 855
101 t 40 865
102 c 56 876
103 c 42 887
104 c 51 898
105 t 46 909
106 t 46 921
107 a 46 931
108 a 46 940
109 t 46 951
110 c 46 962
111 c 46 974
112 t 46 985
113 c 40 995
114 a 40 1004
115 g 40 1015
116 a 40 1028
117 a 40 1037
118 t 40 1048
119 g 35 1060
120 g 35 1071
121 c 35 1080
122 g 35 1096
123 t 35 1106
124 c 35 1116
125 a 40 1125
126 g 40 1138
127 a 40 1150
128 g 51 1160
129 a 51 1172
130 a 51 1182
131 g 51 1193
132 a 40 1204
133 a 35 1214
134 g 35 1226
135 c 39 1235
136 t 39 1250
137 c 39 1259
138 t 39 1272
139 c 40 1282
140 g 51 1295
141 a 51 1305
142 a 51 1315
143 c 51 1325
144 c 51 1337
145 c 51 1348
146 a 51 1358
147 a 51 1368
148 t 51 1381
149 g 51 1393
150 a 51 1403
151 g 51 1415
152 g 51 1427
153 g 39 1440
154 a 39 1450
155 t 39 1462
156 a 39 1470
157 t 39 1483
158 c 35 1494
159 a 40 1503
160 a 40 1514
161 g 40 1528
162 g 40 1540
163 t 40 1552
164 t 39 1565
165 c 39 1574
166 a 39 1583
167 g 39 1598
168 a 38 1609
169 a 40 1619
170 g 39 1632
171 c 39 1642
172 t 39 1657
173 c 39 1666
174 g 39 1680
175 t 40 1691
176 t 45 1703
177 c 51 1713
178 t 51 1726
179 c 51 1736
180 a 51 1746
181 a 51 1757
182 c 51 1767
183 a 45 1778
184 t 45 1791
185 c 45 1802
186 t 45 1816
187 c 45 1826
188 c 45 1838
189 g 45 1852
190 t 51 1863
191 t 51 1875
192 g 56 1887
193 g 43 1899
194 t 43 1911
195 g 43 1924
196 a 43 1933
197 g 43 1946
198 a 43 1958
199 g 56 1970
200 t 56 1982
201 g 56 1994
202 g 56 2006
203 t 56 2017
204 g 51 2030
205 a 43 2041
206 t 43 2053
207 c 43 2063
208 g 43 2079
209 t 43 2089
210 c 43 2100
211 t 43 2114
212 c 43 2124
213 a 43 2135
214 c 43 2144
215 c 43 2157
216 c 43 2169
217 g 43 2184
218 t 43 2195
219 g 43 2207
220 c 43 2216
221 c 43 2229
222 t 43 2244
223 c 43 2253
224 c 43 2265
225 a 46 2277
226 a 56 2288
227 g 56 2299
228 g 56 2311
229 t 56 2324
230 t 56 2336
231 t 56 2348
232 t 56 2360
233 g 56 2373
234 g 51 2385
235 a 51 2397
236 a 51 2408
237 c 51 2418
238 a 43 2430
239 g 43 2443
240 c 45 2454
241 t 45 2469
242 c 45 2480
243 a 45 2491
244 g 56 2503
245 t 56 2516
246 g 56 2528
247 g 51 2540
248 t 51 2552
249 c 51 2564
250 a 51 2574
251 a 51 2585
252 a 51 2598
253 c 45 2608
254 a 45 2620
255 c 45 2630
256 c 45 2644
257 t 45 2658
258 g 51 2671
259 t 51 2682
260 c 51 2693
261 t 51 2707
262 t 45 2719
263 c 45 2730
264 t 51 2743
265 c 51 2753
266 c 51 2765
267 a 51 2775
268 a 51 2787
269 g 43 2798
270 g 43 2810
271 c 43 2822
272 g 43 2837
273 a 43 2847
274 g 43 2859
275 g 51 2872
276 t 51 2884
277 a 51 2894
278 c 43 2904
279 a 43 2917
280 c 43 2927
281 t 43 2943
282 g 43 2956
283 t 43 2967
284 g 51 2980
285 a 51 2992
286 g 45 3003
287 g 45 3017
288 t 45 3029
289 c 45 3039
290 t 45 3053
291 t 45 3065
292 t 51 3077
293 c 51 3088
294 g 51 3102
295 g 51 3113
296 t 51 3125
297 a 43 3136
298 t 43 3148
299 t 43 3161
300 a 43 3170
301 g 43 3183
302 a 43 3196
303 c 43 3205
304 g 43 3220
305 t 43 3231
306 a 45 3243
307 a 56 3254
308 t 56 3266
309 g 56 3279
310 a 56 3290
311 a 56 3302
312 a 56 3314
313 a 51 3325
314 g 51 3337
315 a 51 3350
316 t 43 3360
317 t 43 3373
318 g 43 3385
319 c 43 3394
320 g 43 3410
321 t 43 3421
322 g 43 3434
323 c 43 3443
324 t 43 3458
325 a 43 3468
326 c 43 3477
327 g 43 3493
328 t 43 3505
329 c 43 3515
330 a 43 3527
331 c 43 3536
332 c 43 3550
333 g 43 3565
334 t 43 3576
335 g 43 3588
336 a 45 3601
337 g 45 3611
338 a 45 3625
339 g 45 3635
340 g 45 3648
341 a 43 3660
342 g 43 3672
343 a 38 3684
344 c 38 3692
345 a 38 3705
346 a 43 3717
347 g 56 3729
348 g 56 3741
349 c 56 3752
350 a 56 3765
351 a 51 3776
352 t 51 3789
353 g 51 3801
354 c 51 3811
355 a 43 3824
356 g 43 3836
357 c 43 3846
358 t 43 3862
359 t 43 3874
360 c 43 3884
361 t 51 3897
362 t 51 3909
363 g 56 3922
364 a 56 3933
365 g 56 3944
366 a 56 3957
367 g 56 3968
368 t 43 3980
369 g 43 3992
370 g 43 4004
371 c 43 4013
372 t 43 4029
373 t 43 4041
374 g 43 4053
375 a 56 4064
376 a 56 4075
377 a 51 4087
378 g 51 4098
379 t 51 4111
380 c 51 4121
381 a 51 4132
382 a 51 4144
383 g 56 4155
384 g 56 4168
385 a 51 4181
386 g 51 4192
387 t 43 4205
388 a 43 4215
389 c 43 4225
390 g 43 4240
391 a 43 4250
392 g 43 4263
393 c 43 4274
394 t 45 4289
395 g 45 4301
396 t 45 4312
397 t 56 4324
398 g 56 4336
399 a 56 4347
400 g 56 4358
401 g 56 4371
402 a 56 4383
403 g 56 4394
404 g 51 4407
405 a 43 4419
406 a 43 4430
407 c 43 4440
408 t 43 4455
409 t 43 4467
410 c 43 4477
411 a 51 4488
412 g 51 4500
413 t 51 4513
414 g 51 4525
415 a 51 4536
416 c 45 4546
417 a 45 4558
418 c 45 4569
419 t 51 4583
420 g 45 4595
421 g 45 4607
422 c 45 4618
423 t 45 4633
424 g 45 4645
425 t 45 4656
426 t 56 4668
427 t 56 4680
428 t 56 4692
429 g 56 4704
430 g 56 4716
431 a 56 4727
432 t 56 4738
433 t 56 4751
434 c 56 4762
435 g 56 4775
436 g 56 4787
437 t 51 4798
438 a 51 4809
439 t 51 4821
440 c 51 4831
441 c 51 4844
442 a 51 4854
443 g 51 4866
444 g 51 4879
445 a 56 4892
446 g 51 4903
447 c 51 4914
448 a 51 4926
449 c 51 4936
450 a 51 4948
451 t 51 4960
452 t 56 4973
453 g 56 4985
454 a 56 4997
455 t 56 5008
456 c 56 5020
457 t 56 5033
458 t 56 5045
459 g 56 5057
460 g 56 5069
461 a 56 5080
462 a 40 5091
463 t 40 5104
464 c 40 5115
465 a 40 5124
466 a 40 5136
467 g 40 5149
468 t 40 5162
469 a 40 5172
470 c 40 5182
471 g 40 5197
472 a 40 5207
473 t 40 5220
474 c 51 5231
475 c 56 5243
476 t 56 5256
477 t 51 5268
478 c 51 5279
479 t 51 5292
480 a 51 5302
481 c 51 5312
482 g 51 5325
483 g 51 5338
484 g 51 5350
485 t 51 5362
486 a 45 5372
487 t 45 5384
488 c 45 5395
489 t 45 5409
490 a 45 5419
491 t 45 5431
492 g 51 5444
493 g 56 5456
494 a 56 5468
495 a 56 5479
496 t 56 5492
497 g 40 5503
498 g 39 5516
499 a 39 5528
500 c 39 5537
501 t 39 5552
502 t 39 5564
503 c 39 5575
504 t 40 5588
505 a 40 5597
506 t 40 5609
507 g 40 5622
508 t 56 5634
509 t 56 5646
510 g 51 5658
511 t 51 5669
512 t 51 5682
513 c 51 5692
514 t 51 5705
515 t 51 5718
516 g 51 5730
517 a 45 5741
518 a 40 5752
519 c 40 5762
520 g 37 5776
521 c 37 5785
522 c 40 5798
523 c 40 5810
524 g 56 5823
525 g 56 5834
526 g 51 5846
527 a 51 5859
528 t 40 5870
529 a 40 5880
530 c 40 5890
531 c 40 5904
532 g 40 5918
533 t 51 5929
534 g 51 5941
535 t 37 5953
536 t 37 5966
537 g 37 5978
538 c 37 5987
539 a 37 5999
540 c 40 6009
541 g 40 6023
542 t 34 6035
543 c 34 6047
544 g 29 6060
545 c 29 6068
546 c 29 6083
547 g 29 6096
548 t 32 6107
549 a 29 6118
550 g 25 6128
551 g 19 6142
552 t 27 6154
553 g 27 6167
554 c 32 6176
555 a 32 6187
556 a 34 6199
557 g 40 6212
558 a 34 6224
559 c 40 6234
560 t 34 6248
561 c 35 6258
562 g 35 6272
563 c 35 6281
564 g 35 6296
565 t 39 6307
566 t 40 6320
567 g 56 6331
568 g 56 6342
569 g 56 6355
570 a 51 6367
571 t 51 6378
572 t 46 6391
573 c 46 6401
574 a 42 6411
575 g 42 6424
576 c 42 6435
577 a 46 6447
578 t 40 6459
579 a 37 6469
580 g 37 6482
581 a 40 6494
582 g 29 6506
583 t 29 6518
584 t 29 6531
585 a 29 6539
586 c 29 6549
587 c 27 6563
588 a 32 6573
589 a 29 6585
590 g 29 6596
591 g 34 6609
592 a 48 6622
593 t 48 6633
594 g 48 6645
595 a 32 6656
596 t 34 6668
597 g 34 6681
598 c 34 6690
599 c 31 6704
600 a 31 6714
601 t 37 6726
602 g 46 6739
603 a 48 6750
604 a 48 6762
605 g 40 6774
606 t 40 6786
607 g 40 6797
608 g 27 6810
609 t 25 6821
610 t 21 6834
611 c 16 6842
612 c 16 6856
613 a 18 6865
614 a 19 6877
615 g 23 6889
616 t 27 6901
617 t 25 6915
618 a 29 6923
619 a 24 6936
620 g 29 6947
621 t 32 6960
622 a 29 6970
623 c 29 6980
624 g 25 6995
625 a 25 7004
626 a 21 7018
627 g 15 7026
628 g 15 7041
629 t 23 7053
630 g 27 7065
631 t 27 7075
632 t 27 7089
633 a 27 7098
634 t 25 7110
635 c 22 7120
636 c 24 7133
637 t 29 7147
638 c 32 7157
639 a 32 7168
640 a 40 7179
641 c 29 7189
642 a 29 7200
643 a 29 7211
644 g 48 7224
645 t 48 7237
646 c 40 7248
647 t 40 7261
648 c 40 7272
649 a 29 7282
650 g 29 7294
651 a 25 7306
652 a 29 7317
653 c 29 7327
654 a 40 7338
655 t 40 7350
656 c 32 7362
657 a 32 7372
658 c 32 7383
659 t 32 7397
660 g 32 7409
661 g 25 7422
662 t 25 7432
663 t 25 7445
664 g 29 7457
665 a 40 7467
666 a 36 7479
667 g 40 7491
668 a 36 7503
669 g 36 7514
670 t 37 7525
671 t 33 7537
672 t 46 7549
673 g 24 7561
674 t 24 7571
675 t 24 7584
676 t 32 7596
677 c 32 7606
678 t 40 7619
679 t 34 7630
680 t 22 7642
681 t 25 7654
682 c 25 7665
683 a 27 7674
684 t 25 7685
685 t 22 7698
686 t 29 7709
687 t 29 7721
688 g 25 7734
689 t 21 7744
690 t 21 7757
691 t 22 7767
692 t 29 7779
693 g 24 7791
694 t 24 7802
695 g 24 7814
696 g 31 7827
697 t 31 7838
698 g 28 7850
699 t 28 7861
700 t 24 7873
701 g 19 7884
702 g 19 7897
703 c 23 7906
704 t 27 7921
705 c 25 7931
706 t 22 7943
707 t 29 7954
708 t 34 7965
709 t 32 7976
710 t 32 7988
711 t 32 8000
712 a 25 8009
713 t 18 8020
714 a 18 8031
715 a 18 8039
716 t 18 8053
717 t 23 8066
718 t 32 8077
719 g 26 8089
720 c 25 8099
721 g 19 8112
722 g 15 8124
723 t 15 8134
724 t 15 8148
725 c 23 8157
726 t 23 8170
727 g 22 8182
728 g 34 8193
729 a 37 8205
730 t 40 8216
731 g 32 8227
732 a 32 8238
733 t 29 8250
734 a 22 8259
735 a 18 8269
736 g 18 8281
737 g 13 8294
738 c 22 8305
739 t 16 8318
740 t 20 8328
741 t 25 8341
742 g 29 8353
743 t 24 8364
744 t 24 8376
745 g 25 8388
746 t 19 8398
747 t 19 8412
748 g 25 8422
749 t 24 8433
750 g 21 8444
751 g 21 8455
752 t 27 8467
753 g 21 8479
754 g 20 8491
755 t 26 8502
756 a 25 8512
757 g 18 8524
758 a 15 8536
759 a 15 8545
760 t 10 8558
761 c 13 8566
762 c 13 8581
763 t 17 8593
764 c 21 8603
765 a 22 8613
766 a 25 8624
767 g 29 8635
768 t 25 8647
769 a 25 8657
770 c 25 8666
771 c 24 8678
772 c 19 8691
773 t 10 8703
774 c 10 8712
775 g 11 8726
776 a 17 8736
777 g 17 8747
778 a 12 8759
779 t 19 8768
780 a 16 8778
781 t 11 8787
782 END_DNA
784 END_SEQUENCE