t/data/testdat.exonerate

   1 C4 Alignment display:
   2   Model: est2genome
   3   Raw score: 1615
   4   Aligned positions 65->416 of query
   5   Aligned positions 0->939 of target
   6
   7 Query: ln27
   8 Target: Contig124
   9
  10   66 : GTGATGTAGGAAAGAAGCCGGCTGGGACTGGCGCGGTGATATCGACGTGA : 115
  11        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  12    1 : GTGATGTAGGAAAGAAACCGGCTGGGACTGGCGCGGTGATATCGACGTGA :  50
  13
  14  116 : TTGTTCATGCTGCCGCTAGGCTGGGAGTCTTCAAGGCGACAGGCATCGCT : 165
  15        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16   51 : TTGTTCATGCTGCCGCTAGGCTGGGAGTCTTCAAGGCGACAGGCATCGCT : 100
  17
  18  166 : GCAATAAGTGTCTCGTGGATTGTC  <<<< Intron 1 <<<<  CAAT : 193
  19        ||||||||||||||||||||||||         53 bp        ||||
  20  101 : GCAATAAGTGTCTCGTGGATTGTCct..................acCAAT : 181
  21
  22  194 : TGTTTAGAGCAAGCCAAACACCAAGCAGTATCCATACCCATATCAATCAT : 243
  23        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  24  182 : TGTTTAGAGCAAGCCAAACACCAAGCAGTATCCATACCCATATCAATCAT : 231
  25
  26  244 : AGTCATTTTGAGCGGTATTGTGTCGGGCCAAGAGTGATTGTAGATGTAGA : 293
  27        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  28  232 : AGTCATTTTGAGCGGTATTGTGTCGGGCCAAGAGTGATTGTAGATGTAGA : 281
  29
  30  294 : AGGGTAAAGAAAACGGGGCTGTTACAAGACAAAGGAGAAGAGAGTCGTCC : 343
  31        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32  282 : AGGGTAAAGAAAACGGGGCTGTTACAAGACAAAGGAGAAGAGAGTCGTCC : 331
  33
  34  344 : GAGGGAGTTAGTGATGGGGAGAGTCGAAATGC  <<<< Intron 2 << : 375
  35        ||||||||||||||||||||||||||||||||        535 bp
  36  332 : GAGGGAGTTAGTGATGGGGAGAGTCGAAATGCct................ : 898
  37
  38  376 : <<  CTACACCAGGCTGCAATATTCTCGCCTATAATTCTGCGCTT : 416
  39            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  40  899 : ..acCTACACCAGGCTGCAATATTCTCGCCTATAATTCTGCGCTT : 939
  41
  42 cigar: ln27 65 416 - Contig124 0 939 + 1615 M 124 D 53 M 186 D 535 M 41
  43 C4 Alignment display:
  44   Model: est2genome
  45   Raw score: 1152
  46   Aligned positions 385->644 of query
  47   Aligned positions 900->1296 of target
  48
  49 Query: ln74
  50 Target: Contig275
  51
  52   386 : CTTGGGGTCCTTCTCCGATTCACTGCTTCCACCGCTGCTGCCGC  <<<< :  429
  53         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  54   901 : CTTGGGGTCCTTCTCCGATTCACTGCTTCCACCGCTGCTGCCGCct.... :  997
  55
  56   430 :  Intron 1 <<<<  ACTTTTGCAAAATGAAGACATTTTCCCTCTTACC :  463
  57            53 bp        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
  58   998 : ..............acACTTTTGCAAAATGAAGACATTTTCCCTCTTACC : 1031
  59
  60   464 : ACCCCACTTTTCCAAGGCGTCCTTGACGCTCTTACTGTTTTTGTACATTT :  513
  61         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  62  1032 : ACCCCACTTTTCCAAGGCGTCCTTGACGCTCTTACTGTTTTTGTACATTT : 1081
  63
  64   514 : GAGCACAATCAATGTAGGTGTACCCGGTCTTCAAGGCTGAGACGAGATGC :  563
  65         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66  1082 : GAGCACAATCAATGTAGGTGTACCCGGTCTTCAAGGCTGAGACGAGATGC : 1131
  67
  68   564 : TCAACGCATTCCTTGCCGTAGTGGGTGGTGC  <<<< Intron 2 <<< :  594
  69         |||||||||||||||||||||||||||||||         84 bp
  70  1132 : TCAACGCATTCCTTGCCGTAGTGGGTGGTGCct................. : 1246
  71
  72   595 : <  CAAGACCAAACCCAATTTTGGGGATCTTGACACCATCATTGAGAGTT :  641
  73            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74  1247 : .acCAAGACCAAACCCAATTTTGGGGATCTTGACACCATCATTGAGAGTT : 1293
  75
  76   642 : ATG :  644
  77         |||
  78  1294 : ATG : 1296
  79
  80 cigar: ln74 385 644 - Contig275 900 1296 + 1152 M 44 D 53 M 165 D 84 M 50