t/Tools/Analysis/Protein/Domcut.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 26,
  10                            -requires_modules => [qw(IO::String
  11                                                                             LWP::UserAgent)],
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok('Bio::PrimarySeq');
  15         use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut');
  16 }
  17
  18 my $verbose = test_debug();
  19
  20 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  21
  22 SKIP: {
  23         ######## test using PrimarySeq object ##############
  24         my $seq = Bio::PrimarySeq->new(-seq        => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQPPPPPPPPPPPPPDQRS',
  25                                                                    -display_id => 'test2');
  26
  27         ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut->new( -seq=>$seq);
  28         ok $tool->run ();
  29         if ($tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR') {
  30                 skip('Problem with DomCut run, check status', 21);
  31         }
  32
  33         ok my $raw    = $tool->result('');
  34         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  35         is ($parsed->[23]{'score'}, '-0.209');
  36         my @res       = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  37         if (scalar @res > 0) {
  38                 ok 1;
  39         } else {
  40                 skip('No network access - could not connect to Domcut server', 18);
  41         }
  42         ok my $meta = $tool->result('meta');
  43
  44         SKIP: {
  45                 test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  46                 is($meta->named_submeta_text('Domcut', 1,2), "0.068 0.053");
  47                 is ($meta->seq, "MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQPPPPPPPPPPPPPDQRS");
  48         }
  49
  50         ########## test using Bio::Seq object ##############
  51         ok my $tool2 = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  52
  53         ok my $seq2  = Bio::Seq->new(-seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  54                                  -display_id => 'test2');
  55
  56         ok $tool2 = Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut->new( -seq=>$seq2->primary_seq);
  57         ok $tool2->run ();
  58
  59         @res = $tool2->result('Bio::SeqFeatureI');
  60
  61         if (scalar @res > 0) {
  62                 ok 1;
  63         } else {
  64                 skip('No network access - could not connect to Domcut server', 10);
  65         }
  66
  67         ok my $parsed2 = $tool2->result('parsed');
  68         is ($parsed2->[23]{'score'}, '-0.209');
  69
  70         ok my $meta2 = $tool2->result('meta');
  71
  72         is($meta2->named_submeta_text('Domcut', 1,2), "0.068 0.053");
  73         is ($meta2->seq, "MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS");
  74
  75         ok my $seq4 = Bio::Seq->new();
  76         ok $seq2->primary_seq($meta2);
  77         for (@res) {
  78                 ok $seq2->add_SeqFeature($_);
  79         }
  80         ok $seq2->primary_seq->named_submeta_text('Domcut', 1,2);
  81 }