t/Tools/Analysis/Protein/Sopma.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 0,
  10                -requires_modules => [qw(IO::String
  11                                         LWP::UserAgent)],
  12                -requires_networking => 1);
  13
  14     use_ok('Bio::PrimarySeq');
  15     use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma');
  16 }
  17
  18 my $verbose = test_debug();
  19
  20 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  21
  22 my $seq = Bio::PrimarySeq->new(
  23     -seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  24     -display_id => 'test2'
  25 );
  26 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma->new( -seq=>$seq,
  27                                                      #-verbose => $verbose,
  28                                                       -window_width => 15);
  29
  30 SKIP: {
  31     ok $tool->run();
  32     skip "Tool was terminated by some error: problem connecting to server?", 11 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  33
  34     ok my $raw    = $tool->result('');
  35     ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  36     is ($parsed->[0]{'helix'}, '102');
  37     ok my @res  = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  38     ok my $meta = $tool->result('meta', "ww15");
  39
  40     ok $tool->window_width(21);
  41     ok $tool->clear();
  42     ok $tool->run;
  43     ok my $meta2 = $tool->result('meta', "ww21");
  44
  45     SKIP: {
  46         test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  47         is $meta->named_submeta_text('Sopma_helix|ww15',1,2), '102 195';
  48         is $meta->seq, 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS';
  49     }
  50 }