t/RemoteDB/GenBank.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 44,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::DB::GenBank');
  17 }
  18
  19 my %expected_lengths = (
  20     'MUSIGHBA1' => 408,
  21         'J00522.1' => 408,
  22     'AF303112'  => 1611,
  23     'AF303112.1' => 1611,
  24     'AF041456'  => 1156,
  25     'CELRABGDI' => 1743,
  26     'JH374761'  => 38055,
  27 );
  28
  29 my ($gb, $seq, $seqio, $seqin);
  30
  31 #
  32 # Bio::DB::GenBank
  33 #
  34
  35 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'=>0), 'Bio::DB::GenBank';
  36
  37 # get a single seq
  38 SKIP: {
  39     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('J00522');1};
  40     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Do you have network access? Skipping GenBank tests: $@", 4 if $@;
  41     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  42     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  43     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests: $@", 3 if $@;
  44     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  45     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_version('AF303112.1');};
  46     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests: $@", 2 if $@;
  47     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  48     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_gi('405830');};
  49     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests: $@", 1 if $@;
  50     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  51 }
  52
  53 $seq = $seqio = undef;
  54
  55 # batch mode
  56 SKIP: {
  57     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
  58     skip "Batch access test failed for Genbank. Skipping those tests", 4 if $@;
  59     my $done = 0;
  60     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  61         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
  62         $done++;
  63     }
  64     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
  65     is $done, 3;
  66 }
  67
  68 $seq = $seqio = undef;
  69
  70 # test the temporary file creation and fasta
  71 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-format' => 'fasta', '-retrievaltype' => 'tempfile', '-delay' => 0);
  72 SKIP: {
  73     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('J00522');};
  74     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
  75     # last part of id holds the key
  76     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]}, $seq->display_id;
  77     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  78     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
  79     # last part of id holds the key
  80     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]}, $seq->display_id;
  81     # batch mode requires genbank format
  82     $gb->request_format("gb");
  83     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
  84     skip "Couldn't connect to complete GenBank batch tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
  85     my $done = 0;
  86     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  87         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
  88         undef $gb; # test the case where the db is gone,
  89         # but a temp file should remain until seqio goes away.
  90         $done++;
  91     }
  92     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
  93     is $done, 3;
  94 }
  95
  96 $seq = $seqio = undef;
  97
  98 # test pipeline creation
  99 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-retrievaltype' => 'pipeline', '-delay' => 0);
 100 SKIP: {
 101     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('J00522');};
 102     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
 103     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 104     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
 105     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
 106     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 107     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
 108     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 109     my $done = 0;
 110     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 111         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
 112         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 113         # but the pipeline should remain until seqio goes away
 114         $done++;
 115     }
 116     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 117     is $done, 3;
 118 }
 119
 120 $seq = $seqio = undef;
 121
 122 # test contig retrieval
 123 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'  => 0, '-format' => 'gbwithparts');
 124 SKIP: {
 125     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('JH374761');};
 126     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 3 if $@;
 127     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 128     # now to check that postprocess_data in NCBIHelper catches CONTIG...
 129     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0, '-format' => 'gb');
 130     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('JH374761');};
 131     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 1 if $@;
 132     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 133 }
 134
 135 $seq = $seqio = undef;
 136
 137 # bug 1405
 138 my @result;
 139 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -seq_start  => 2, -seq_stop   => 7);
 140 SKIP: {
 141     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc("A11111");};
 142     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 15 if $@;
 143     is $seq->length, 6;
 144     # complexity tests
 145     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -complexity => 0);
 146     eval {$seqin = $gb->get_Stream_by_acc("5");};
 147     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 13 if $@;
 148     @result = (1136, 'dna', 342, 'protein');
 149     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 150         is $seq->length, shift(@result);
 151         is $seq->alphabet, shift(@result);
 152     }
 153     is @result, 0;
 154     # Real batch retrieval using epost/efetch
 155     # these tests may change if integrated further into Bio::DB::Gen*
 156     # Currently only useful for retrieving GI's via get_seq_stream
 157     $gb = Bio::DB::GenBank->new();
 158     eval {$seqin = $gb->get_seq_stream(-uids => [4887706 ,431229, 147460], -mode => 'batch');};
 159     skip "Couldn't connect to complete GenBank batchmode epost/efetch tests. Skipping those tests", 8 if $@;
 160     my %result = ('M59757' => 12611 ,'X76083'=> 3140, 'J01670'=> 1593);
 161         my $ct = 0;
 162     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 163                 $ct++;
 164                 my $acc = $seq->accession;
 165         ok exists $result{ $acc };
 166         is $seq->length, $result{ $acc };
 167                 delete $result{$acc};
 168     }
 169     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
 170         is $ct, 3;
 171     is %result, 0;
 172 }