t/Tools/Analysis/Protein/ELM.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests               => 16,
  10                -requires_modules    => [qw(IO::String
  11                                            LWP::UserAgent
  12                                            HTML::HeadParser
  13                                            Data::Stag)],
  14                -requires_networking => 1);
  15
  16     use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM');
  17     use_ok('Bio::SeqIO');
  18     use_ok('Bio::WebAgent');
  19 }
  20
  21 my $verbose = test_debug();
  22
  23 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  24
  25 my $seqio=Bio::SeqIO->new( -verbose => $verbose,
  26                   -format => 'swiss',
  27                   -file   => test_input_file('swiss.dat'));
  28
  29 my $seq = $seqio->next_seq();
  30 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM->new(
  31                                         -seq=>$seq->primary_seq), 'new object';
  32 ok $tool->compartment(['golgi', 'er']), 'set compartment';
  33 ok my $cmp = $tool->compartment(), 'get compartment';
  34 is $cmp->[1], 'GO:0005783', 'check compartment';
  35 ok $tool->species(9606), 'set species()';
  36 is $tool->species, 9606, 'get species()';;
  37
  38 my $req_status = $tool->run();
  39
  40 ok $req_status, 'run';
  41
  42 my $status = $tool->status();
  43
  44 ok(defined($status), 'This returns something valid');
  45
  46 SKIP: {
  47     skip "Bad run() status, possible time out or error so skipping tests", 4 if !$req_status or $status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  48
  49     ok my $raw = $tool->result('');
  50     print $raw if $verbose;
  51     ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  52
  53     is $parsed->{'CLV_NRD_NRD_1'}{'locus'}[0], '54-56';
  54     ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  55 };